全省药政管理主要包括药品生产、经营、使用管理，特殊药品管理、药品监督检验和药品许可证制度。
1986～1990年，全省药品生产一律以药典为准，未收入药典的药品以行业标准为准，未收入行业标准的以地方标准为准。完成4405种中西药品注册工作，共对140个药品生产企业的5000余个品种进行注册登记。编印《吉林省中药资源名录》，收录中药（植物、动物、矿物）1781种、中药材1428种。下发《吉林省医院制剂管理办法（试行）》。依据《药品管理法》，对麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品，从生产、供应、使用方面实行特殊管理。对药品生产企业、经营企业和医疗单位配制制剂分别核发许可证。省药品检验所负责药品质量监督检查检验，药品合格率提高到96.8%。
1991年末，全省共注册登记药品品种1780种，其中，中药910种，西药750种，保健药品120种。1993年，国家级新药中药评审居全国第一位，全省首次推行药品GMP认证工作。1994年，全省新药研发工作再次名列全国之首。依法取缔药品非法经营活动。审批药品广告512件。对医疗卫生单位制剂核发生产批准文号，并限于本院临床，不得外销。医疗单位麻醉药品严格管理，一类精神药品的限量供应改为计划供应，为建国以来重大改革。全省900个药品生产、经营企业、医院制剂室获批许可证。到1995年，全省有化学制药、中成药、医疗器械、卫生材料、饮片加工企业192户。(www.xing528.com)
至2000年，全省有制药工业企业241户。中药新药投产占国家批复中药新药品种的26%。15户企业（车间）通过国家GMP认证。全省医药商业批零企业突破5000户。强化国营主渠道购药，打击假冒伪劣药品。批准药品广告2710件，清理整顿医疗单位制剂，严禁非药学技术人员从事制剂工作。特殊药品管理实行品种、剂量、保管责任制。药品监督检验合格率近89%。全省共核发药品（含医疗器械）许可证3269户。医疗机构严格执行《中华人民共和国药典》（2000年版）标准。
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