1986年，全省市（州）级药品检验所8个，有药检人员537名。1991年增加到9个，并覆盖全省9个市（州）。
1994年，按照省卫生厅制定《吉林省市（州）级药品检验所达标认证基本标准》，市（州）药政药检机构启动达标认证工作。
1995年初，省卫生厅制定下发《市（州）药检所达标认证标准》《市（州）药检所达标认证验收细则》。年底，组织有关专家、管理人员对市（州）级药检所进行实地检查验收，全省9个市（州）级药检所基本达到《市（州）药检所达标认证标准》要求。
1996年，省卫生厅根据《药品管理法》《药品检验所工作管理办法》以及《吉林省市（州）级药检所达标基本标准》，对市（州）药检所达标认证做评审，按照实验室条件改善和业务技术练兵水平得分依次为：吉林市、四平市、通化市、白城市、延边朝鲜族自治州、辽源市。普遍存在问题：人员超编、非业务人员比例高、大型精密仪器不全、实验动物管理较差。(www.xing528.com)
1998年起，全省药品流通体制改革启动，全省各市（州）药检所陆续划归同级药品监督管理局。
2000年，全省市（州）药检所9个，专业技术人员260名。
市（州）药品检验所的主要职责是：负责本辖区的药品检验和技术仲裁；草拟本辖区药品抽验计划，承担核定的抽验任务。提供本辖区药品质量公报所需的技术数据和质量分析报告；承担药品标准的拟订、修订和药品新产品、医院新制剂的有关质量技术复核工作；开展药品检验、药品质量等有关方面的科研工作；指导本辖区内药品检验所及药品生产、经营、使用单位质量检验机构的业务技术工作，协助解决技术疑难问题，培训有关的技术和管理人员；综合上报和反馈药品质量情报信息；执行卫生行政部门交办的有关药品监督任务。
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