1986年，全省有卫生防疫所、站91个，专科防治所、站57个。全省计划免疫“四苗”（麻疹疫苗、脊髓灰质炎疫苗、百白破三联制剂、卡介苗）覆盖率提前两年达到国家规定的省级85%的标准。1989年，全省开始进行艾滋病、性病立法和完善法规配套工作。1990年，性病防治进入法制化阶段。吉林省在全国率先开展省直单位肺结核病人实行归口管理工作。1991年，全省计划免疫工作名列全国第一。1992年4月，重新设立省卫生防疫站，全省卫生监督体制改革启动。全省发生末例脊髓灰质炎野毒株病人。1993年，省内发现艾滋病疫情。全省发生末例白喉病人。1994年，开始实施卫生部结核病防治项目工作。1995年，全省首次从献血员中检出艾滋病感染者。梅毒发病率上升并居全国首位。1996年，成立省卫生厅公共卫生监督所。计划免疫“四苗”全程调查接种率均为100%。1998年，淋病、梅毒疫情快速上升，落实预防与控制艾滋病中长期计划。1993～2000年，无脊髓灰质炎野毒株病例发生，并完成消灭本土脊髓灰质炎野毒株的证实工作。2000年，卫生监督与疾病防控改革进入实质性阶段，全省有卫生防疫机构103个，有卫生防疫专业技术人员7270人。
中共十一届三中全会到“九五”末期，吉林省传染病防治大体经两个阶段。第一阶段（1978年9月～1989年8月），将传染病分为甲、乙二类25种进行防治，甲类3种，乙类22种；第二阶段（1989年9月～2000年），将传染病分为甲、乙、丙三类，对甲类（2种）实行强制管理、乙类（22种）实行严格管理，丙类（11种）实行监测管理。至2000年末，总发病率呈显著下降趋势。发病率最低年度为1999年(183.16/10万)。
1986～2000年，全省重点传染病防治主要针对性病艾滋病、结核病、肝炎、霍乱、麻风、流行性出血热。2000年管理的35种传染病中，吉林省有疫情记载的30种，黑热病、登革热、血吸虫病、丝虫病、包虫病无疫情记载。至2000年，流行性出血热死亡率仍为传染病死亡率之首。地方性甲状腺肿病患者得到妥善治疗。麻风病发病率大幅度下降。吉林省成为艾滋病、性病低发病省份。全省县（市、区）级结防机构的健全程度居全国领先位置。“九五”期间，全省疫情报告发病率较高的地区为吉林、延边、白山、松原、白城。传染病发病率顺位不断变化。（见表2-1）(www.xing528.com)
表2-1 “一五”至“九五”期间吉林省甲乙类传染病发病顺位（前5位）表
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