甲午战争失败后，李鸿章代表清政府前往日本进行谈判，谈判地点定在了日本马关的春帆楼。李鸿章和日本首相伊藤博文唇枪舌剑，经历了多轮谈判。但正所谓“弱国无外交”，这期间还发生日本浪人用枪打伤李鸿章眼睛的事件，最终伊藤博文做出一些让步，双方于1895年4月17日签订了《马关条约》。
《马关条约》主要内容如下：
1.割让辽东半岛、台湾全岛及所有附属各岛屿、澎湖列岛给日本。
2.增开沙市、重庆、苏州、杭州为通商口岸。
3.允许日本在中国开办工厂。
4.赔偿日本军费白银二亿两。
虽然后来经过俄、德、法三国的干预，清政府将辽东地区用钱赎回，但《马关条约》依旧是自签订《南京条约》以来，中国近代签订的最不平等条约，除了日本获取大量的在华利益之外，西方各国也纷纷在中国划分势力范围，同时，列强还在中国大量掠夺铁路和工矿权利。
事实上，就算《马关条约》不是李鸿章所签，换了任何一个人去谈判，最终的结局也一样，因为在他的背后没有一个强大的国家。不可否认光绪即位后，洋务运动如火如荼地进行，但器物革新终究代替不了体制变革，所以甲午战争一败涂地，也标志着洋务运动的失败。
甲午战争的失败，当时震惊朝野，他们无论如何没有想到，大清不仅败给英国、法国、德国等欧洲列强，而且也败给了蕞尔小国—日本，这真是让人意想不到的存在。《马关条约》的签订更是让全国一片愤慨，当时一千多名正在北京参加会试的举子们联名上书光绪，要求拒绝承认《马关条约》，大清应该迁都再战，并进行变法维新。
举人进京应试俗称为“公车”，所以这次上书事件名为“公车上书”，领头的是一个叫康有为的人。当时公车上书虽然被清政府守旧势力压制，但在社会上却产生了巨大影响，人们纷纷认为只是停留在“中学为体，西学为用”的洋务运动，已经不能让中国实现富国强兵，中国想要赶超世界列强唯有变法图强。
当时除了康有为之外，支持维新变法的还有严复、谭嗣同等人，他们的主张得到了光绪的重视，让光绪越来越感觉到变法已经迫在眉睫。于是在1898年正月，光绪召见康有为问话后，他决定实行变法。由于这一年是中国农历的戊戌年，所以称为“戊戌变法”。
1.大誓群臣以革旧维新。
2.开制度局于宫中。
3.设待诏所。
……
上述三项内容，是康有为变法维新的既定方针。康有为七次上书光绪，希望皇帝陛下能够效仿俄国彼得大帝，利用君权实行变法，并组织成立保国会，以促进变法维新的快速开展，康有为被光绪任命为总理各国事务衙门章京。
1898年四月，光绪颁布《定国是诏》，宣布开始维新变法。总结戊戌变法的内容，主要有改革政府机构，裁撤只拿工资不干活的官员，任用维新人士，鼓励私人兴办工矿企业，开办新式学堂，创办报刊，开放言论，训练新式陆军，废除八股文，等等。
这些措施其实都是利国利民的，但同时也触动了当时的既得利益集团，所以遭到了守旧派们的疯狂抵制，其中的代表人物就是身在幕后的慈禧太后。历史上的任何一次改革，都会遭到守旧派们的抵制，事实上这也是考验康有为、谭嗣同等维新派人士的政治智慧，然而他们对于守旧派的态度就是以抵制反抵制。
维新派有了上述这些想法，就注定他们的结局十分悲惨，更为幼稚的是他们妄想劫持慈禧太后，甚至向慈禧的亲信荣禄借兵。慈禧太后先发制人，于1898年9月21日囚禁皇帝，然后将维新派代表谭嗣同、康广仁、林旭、杨深秀、杨锐、刘光第六人斩首。康有为和弟子梁启超因为事先得到消息逃到了日本，幸免于难。
戊戌变法持续了103天后宣告失败，慈禧太后将光绪囚禁在中南海瀛台涵元殿，立端郡王载漪之子为大阿哥，有意废掉光绪，史称“乙亥建储”。由于遭到西方列强的反对，慈禧太后最终不得不放弃这个想法。(www.xing528.com)
事实上，当时清政府虽然要看洋人的脸色，但是民间对洋人有种本能的仇恨，特别是1900年起自于山东的义和团运动，让当时的中国陷入了一场动乱之中，甚至最终让慈禧太后带着光绪不得不重蹈当年咸丰的覆辙—跑路。
义和团是当时民间的团体组织，由山东、直隶一带的义和拳、民间秘密结社和练拳习武的组织发展而来。最初这些组织的活动十分单纯，就是一群人在一起练习拳脚，大家一起强身健体。但是正所谓“人上一百，形形色色”，这些组织有的也不是那么纯粹，有的和宗教牵涉上关系，甚至演变成了专搞封建迷信的团体。
义和团组织越做越大，最终变成了山东地方政府对抗外国教会，以恐吓威胁教民脱离教会的工具。后来西方列强给清政府施加压力，于是清政府将袁世凯派到山东取缔义和团。由此义和团组织被迫走出山东，向北京、河北地区延伸。
当时，无论义和团走到哪里，清政府对其都是镇压态势，但是慈禧太后对西方列强反对她废掉光绪一直心生不满，在看到义和团有仇恨、对抗西方教会的表现后，老太后决定招安义和团，让义和团为大清效力对抗西方列强。
由此，义和团开始走上“扶清灭洋”的道路。他们烧教堂、杀洋人、四处毁坏铁路和电线杆等洋人修建的设施，一时间成了保卫大清朝的重要中坚力量。但是洋人并不会善罢甘休，1900年5月，以英国为首的西方列强，以保护北京使馆区本国人员为借口向北京增兵，慈禧太后也不甘示弱，让义和团大举进入北京，一时间双方剑拔弩张。
当时在北京的义和团人数超过十万，慈禧太后听从协办大学士刚毅的报告，认为义和团忠勇可嘉，而且本身很有法力，所以对义和团予以大力支持，朝廷内也有很多皇亲国戚主张利用义和团对抗洋人，于是慈禧太后决定向西方列强宣战。
1900年6月21日，对于慈禧来讲是一个颇为疯狂的日子，这一天慈禧太后以光绪的名义，向英国、法国、德国、意大利、日本、俄国、美国、西班牙、比利时、荷兰、奥匈帝国等十一个国家宣战，同时下令捕杀洋人，联合义和团围攻各国在北京的使馆。但是结果正应了那句话：没有金刚钻，别揽瓷器活。
西方列强对清政府的宣战迅速做出反应，由英国、日本、美国、法国、德国、俄国、意大利、奥匈帝国组成的八国联军，共计四万五千人从天津大沽口登陆，一路长驱直入，于1900年8月16日晚间占领北京城，此前慈禧太后带着光绪已经仓皇逃离北京。
在慈禧太后逃出北京城的同时，迫于时局和洋人的压力，她下令在全国范围内强力镇压义和团。清政府将八国联军占领北京城的所有罪过推到了义和团身上。于是在中外势力的联合绞杀下，轰轰烈烈的义和团运动宣告失败。义和团运动虽然失败，但他们表现出的精神或许可以通过下边这段话反映出：
义和团虽然被中外联合绞杀，但西方列强并没有就此善罢甘休，随之而来的就是大清帝国再次签订不平等条约，于1901年9月7日与11国列强签订了丧权辱国的条约。由于这一年是中国农历的辛丑年，所以这些条约称为《辛丑条约》，又称《北京议定书》。
《辛丑条约》主要内容包括：
1.赔偿各国4.5亿两白银，包括利息合计9.8亿两白银；
2.划定北京东交民巷为使馆界，允许各国派兵保护，不准中国人在界内居住；
3.拆毁天津大沽口到北京沿线设防的炮台，允许列强各国派兵驻扎北京到山海关沿线；
4.清政府保证禁止本国人参加反对列强的一切运动；
5.清政府允许各国提出的一切通商事宜和修改方案；
6.清政府公开对各国道歉。
《辛丑条约》被认为是中国近代史上失权最严重的不平等条约，进一步加强了西方列强对中国的全面控制和掠夺，大清帝国已经完全成为列强们的盘中餐，同时也标志着中国已经完全沦为半殖民地半封建社会。
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