所谓三藩，是指当初归顺清朝的吴三桂、尚可喜、耿精忠三个人。清朝为了笼络人心将他们封王，并给他们各自一块封地，吴三桂封地云南，尚可喜封地广东，耿精忠封地福建。清朝虽然大力嘉奖他们，但是却始终对他们放心不下。
康熙十二年（1673年）三月，平南王尚可喜请求回归辽东养老，但是想留儿子尚之信继续镇守广东，谁都知道尚可喜这是想将“平南王”封号世袭化，由此引发了朝廷内是否削藩的争论。
最终康熙以三藩尾大不掉、不利于国家为理由，决定削藩。三藩中的吴三桂第一个起兵造反，他在云南提出反清复明，杀掉云南巡抚朱国治后，派大军进攻湖南，接连攻陷常德、长沙、岳州、衡州等地。由于吴三桂接连取胜，引致耿精忠、尚之信以及江西、陕西、甘肃等地也接连反叛。
三藩虽然来势汹汹，但康熙决不妥协，他的策略是对于跟着吴三桂起哄架秧子造反的，予以招抚分化，对于吴三桂本人则坚决予以打击。在这个指导方针下，康熙将湖南作为军事进攻重点，派大军进击湖南，顶住吴三桂的大军。
朝廷大军源源不断地开往湖南，让湖南战场呈现胶着状态，吴三桂的军队也不像造反之初那样势如破竹。随着时间的推移加上康熙的分化之策，陕西的王辅臣和福建耿精忠先后投降，尚之信也在一年后投降，只剩下吴三桂还在扛着造反大旗。
康熙十七年（1678年）三月，面对朝廷大军的日益紧逼，吴三桂在衡州匆忙称帝，过了一把皇帝瘾后，于八月份病死。此后清军先后收复湖南、广西和四川。康熙二十年（1681年）十二月，清军攻破吴三桂的老巢昆明，其子吴世藩自杀，至此三藩彻底平定。
平定三藩意味着大清帝国完全实现中央集权，但当时国家的领土并不完整，所以三藩之后的下一个目标便是久悬海上的宝岛台湾。自从明朝郑成功从荷兰人手中收复台湾后，郑氏家族一直经营着台湾，依旧以明朝为正朔，所以无论从哪个方面来讲，统一台湾都势在必行。
康熙二十年（1681年），郑成功之子郑经去世，台湾内部发生政变，年仅12岁的郑克塽继任延平王之位，但实际大权掌握在家臣冯锡范和将领刘国轩手中，其他官员人心浮动，甚至还有人暗中私通清朝。
福建总督姚启圣认为，此时是进攻台湾的绝好机会，于是向康熙举荐战将施琅担任进攻台湾的水师提督。康熙二十二年（1683年），施琅带领水军进攻台湾，在澎湖打败刘国轩的水军，随后郑氏军队一败涂地，清军顺利收复台湾。
从平定三藩到收复台湾，康熙治下的大清军队一直向南征战，收复台湾后，清军掉转方向，开始一路向北，这次的目标是沙俄。在此之前，沙俄军队多次入侵黑龙江流域，由于清朝始终在忙着统一和平叛，所以没能腾出手来和沙俄掰掰手腕，一直到收复台湾后，康熙终于决定驱逐沙俄人。
康熙二十二年（1683年）九月，康熙下诏勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄军队立即撤回本国，已经侵占那片土地多年的沙俄军队不仅不予理睬，反而进一步侵占瑷珲（今黑龙江爱辉县），遭到清军的顽强抵抗，并将黑龙江下游的沙俄军队据点全部焚毁。
此后，清军一鼓作气收复了雅克萨城，并在瑷珲、墨尔根（今黑龙江嫩江）一带开展屯田，以做长期防止沙俄入侵的准备。康熙二十四年（1685年）秋天，沙俄人果然卷土重来，再次攻占雅克萨城，康熙接到奏报后，诏令予以坚决反击。(www.xing528.com)
康熙二十五年（1686年）七月，清军抵达雅克萨城下，勒令沙俄军队出城投降，沙俄将领阿列克谢置之不理，于是清军开始攻城，阿列克谢在交战时被击毙，不过沙俄军队继续死守雅克萨拒不投降。
当时虽然正值八月时节，但是康熙考虑到沙俄军队坚决死守雅克萨城，是想等本国援军到来，如果进入冬天，清军的舰船和马匹全都会行动不便，于是便下令从南、北、东三个方向掘壕进行围困，同时让水军切断守敌外援。在这样一种强力围困下，沙俄士兵死伤很多。
眼看清军就要拿下雅克萨城，俄国摄政索菲亚急忙请求清军撤围，表示愿意与清朝重新议定边界，康熙答应了索菲亚的请求，允许沙俄残军撤到尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克），清俄双方在那里签订了《尼布楚条约》。
《尼布楚条约》：以额尔古纳河、格尔必齐河、外兴安岭为中俄两国东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为中国领土。
雅克萨之战是清朝军队第一次与外国军队作战，与一百多年后清军与外国军队交战的战绩相比，雅克萨之战足以让康熙骄傲一辈子，而且《尼布楚条约》基本算是平等条约，如果康熙在天有灵知道他的后世子孙究竟签了什么条约，估计他老人家会是下面这个表现：
雅克萨之战的胜利让康熙十分兴奋，《尼布楚条约》的签订也十分顺利，但在签订条约时，沙俄人并不甘心，面对无法挽回的败局，沙俄人心生毒计，谈判代表戈洛文专门接见了蒙古噶尔丹的代表，挑唆噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，制造大清帝国内乱。
那么问题来了，沙俄为什么偏要挑唆噶尔丹进攻喀尔喀蒙古呢？这事儿还得从蒙古与清朝的关系说起。清朝初年，蒙古分为漠南、漠北喀尔喀和漠西厄鲁特三大蒙古部落，其中漠南蒙古在清朝入关前就已经归附清朝，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古与清朝也保持密切的关系。
其中厄鲁特蒙古分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四个部落。康熙在位时期，准噶尔部落在领袖噶尔丹的统治下实力大增，总想统一蒙古各部落，而且本身又与喀尔喀蒙古中的土谢图汗部落有矛盾，再加上戈洛文的挑唆，噶尔丹决定进攻喀尔喀蒙古。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹带领三万大军进攻喀尔喀蒙古，很快便占领大片地区，喀尔喀蒙古军民一边分三路南迁，一边向清朝求援。康熙责令噶尔丹退兵，但是噶尔丹气焰嚣张，不仅置之不理，反而带领大军继续南下，大有进犯清朝之意。
面对噶尔丹的嚣张气焰，康熙诏令予以反击，先后在乌兰布统和昭莫多大败准噶尔。康熙三十六年（1697年），鉴于噶尔丹拒不投降的死皮赖脸行为，康熙再次亲征，噶尔丹在众叛亲离的情况下死去，至此北征蒙古结束，漠北喀尔喀重新回归清朝版图。
北征蒙古的胜利，让康熙声名远播，大清帝国在他的治下开始走向盛世。但是对于康熙本人而言，也有很多糟心事儿，其中最为糟心的就是继承人问题，特别是在康熙晚年，继承人问题差点将这个雄才大略的皇帝折磨到怀疑人生。
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