清朝方面当然没有忘记逃出北京的李自成。顺治二年（1645年），清朝兵分两路追击进入陕西的李自成，双方大战于潼关，经过激烈战斗，李自成决定放弃陕西，南下湖广。但是走到湖北通广时，李自成遭到了当地地主武装的袭击，最终死在九宫山。
此时明朝宗室在南方自立政权，继续与清军对抗，史称南明政权，这一点咱在《漫画明朝三百年》中也说过。于是，清军灭掉李自成后，先后攻占扬州、镇江、南京，俘虏了南明弘光帝，然后又一路南下，先后灭掉自立的明安宗和绍武帝，又进兵四川灭掉了张献忠。
此时，清朝基本上完成了全国的统一，只剩下南明永历皇帝在缅甸的流亡政府，但已经对清朝构不成威胁。在外敌基本消失后，清朝的宫廷斗争即将拉开序幕，焦点就是皇帝福临与摄政王多尔衮之间的叔侄斗争。
多尔衮当然不想将权力与他人分享，所以他首先将目标对准了自己的弟弟—另一位摄政王济尔哈朗，以其建造的府邸台基逾越祖制为理由，以顺治皇帝的名义剥夺了济尔哈朗的辅政权力，自己开始一人独断朝纲，并且废除摄政王对皇帝的跪拜礼。
多尔衮是个疑心病很重的人，济尔哈朗被踹到一边不说，还将肃亲王豪格治罪，试图置其于死地，但是顺治比较仁慈，只是将豪格软禁起来，不过多尔衮却找个机会将豪格整死，这让顺治皇帝十分恼怒。此时顺治虽然只有11岁，但已经具有反抗意识，他强行恢复了济尔哈朗的和硕郑亲王身份，算是对多尔衮的变相抗议。
面对顺治皇帝的反抗，多尔衮意识到如果不将权力抓紧，随着皇帝年龄逐渐长大，未来很可能会驾驭不了他，所以顺治六年（1649年）四月，当英亲王向多尔衮索要叔王头衔时，被多尔衮治罪罢免了职务，借此以立威震慑顺治皇帝。
顺治皇帝的母亲是博尔济吉特氏，名字叫布木布泰，是蒙古科尔沁部贝勒宰桑布和之女，天命十年（1625年）嫁给皇太极做侧福晋，崇德元年（1636年）被册封为庄妃，儿子福临即位后尊称其为圣母皇太后，也就是历史上赫赫有名的孝庄皇太后。
在电视剧《孝庄秘史》中，我们看到了多尔衮和孝庄皇后缠绵悱恻的爱情故事，当然历史上也有一种说法：孝庄皇后年轻时本来和多尔衮是情侣，当时后金和蒙古政治联姻，所以孝庄嫁给了皇太极，后来就有了皇太极驾崩后，多尔衮和孝庄终于走到了一起。(www.xing528.com)
孝庄下嫁多尔衮这件事，有几种说法：一个是顺治尊称多尔衮为“皇父摄政王”，貌似暗指多尔衮由叔叔变成爹爹；另一个是孝庄临死前叮嘱康熙不要将其与皇太极合葬，所以人们猜测是不是因为下嫁了多尔衮；再有就是史料上记载的多尔衮有“乱宫之举”，但史料上没说就是指孝庄，所以这件事情是子虚乌有。
孝庄和多尔衮的爱情是扯淡，但并不意味着双方就没有真挚的情谊，当然这种情谊是指亲情，毕竟叔嫂之间还有个共同目标，那就是辅佐好顺治皇帝，让刚刚问鼎中原的大清朝能够站稳脚跟，让大清这个外族政权被世人所接受。
多尔衮虽然专权，没把顺治当皇帝看，但作为大清的摄政王，多尔衮是合格的。孝庄皇太后就更不用说，后来的事实证明，他不仅培养了一个好儿子，教育孙子也十分出色。如果大家非要脑补孝庄和多尔衮之间发生什么，在冬叔看来，也只能用下面这句话来形容：
顺治七年（1650年）十一月，多尔衮到古北口外打猎时不慎坠马重伤，一个月后死于古北口外的喀喇城，时年39岁。顺治皇帝得到消息后，亲自到东直门外五里迎接多尔衮的遗体，下诏追封“清成宗”。本来多尔衮的一生可以就这样盖棺论定，没想到不久后开始了对他的清算运动。
多尔衮死后不久，其政敌便纷纷跳出来，揭发多尔衮生前有谋反企图，顺治皇帝本身就已经受够了多尔衮专权，便顺势而为宣布了多尔衮的十四条罪状，剥夺一切封典后毁墓掘尸，由此多尔衮又从万人敬仰变成了全民公敌。
但多尔衮作为摄政王对于清朝的功绩，不是那些政敌几句话就能抹杀的。事实上几年后就有人为多尔衮鸣冤叫屈，只不过因为顺治皇帝依旧在位，注定多尔衮不能平反。一直到一百多年后的乾隆四十三年（1778年），乾隆下诏为多尔衮平反，才恢复了他的声誉。
史料上没有记载多尔衮被毁墓掘尸时，孝庄皇太后有什么表示，这更加可以证明两个人之间没有什么，如若不然孝庄皇太后一定会阻止，但是他们之间的叔嫂情谊最终以多尔衮被打成狗熊而谢幕，不能不说是一种悲剧。如果大家还想继续脑补的话，请看下边这句话：
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