1998年取消县级粮食储备。2001年以后，白云区粮食收购价高于保护价和外地进购价，全区无粮食收购。2001—2003年农业税定购任务由乡（镇）政府以每公斤4分到1角的经营利差完成。2004年白云区在全省率先免除农业税后，粮食定购任务不复存在。2001—2005年，国有粮食企业改制重组，粮食购销业务萎缩，购销公司主营各级储备粮代储和保障政策性粮油（军粮、救灾救济粮、退耕还林粮、慰问粮）供应。万星公司主营店面、房屋招商引资盘活资产。期间，全系统各年招商引资分别为935万元、180万元、100万元、560万元、560万元，引进企业20多家，盘活存量资产。粮油公司2001—2003年销售饲料分别为4900吨、4615吨、1867吨。2004年停产。
2005年，区粮食局改制重组为白云区粮油购销有限责任公司后，主要从事盘活资产和政策性粮油供应。
2008年县级粮食储备恢复。2010年投资470万元，在原沙文粮管所建成设计仓容3600吨仓房。2011年白云区3000吨县级储备稻谷储足到位。2012年，提出将原沙文粮管所打造成白云区“双万吨”（粮、油仓储能力各万吨）粮油储备库，是年筹资80万元完成2、3号仓散装机械通风升级改造，11月代储3000吨中央移库粮入库，实现保管费收入21万元。2013年，总投资450万元，建成3个3400吨食用植物油罐，是年即为中储牛郎关储备库代储菜油8000吨，实现保管费收入56万元。2015年，购销公司从2001年有效仓容2000吨增至仓容6600吨，罐容10020吨。(www.xing528.com)
2010年实施“放心粮油”工程，白云区挂牌10个“放心粮油”供应网点，2012年，由白云区放心粮油配送中心开展“统一配送，集约经营”试点，2013年，按照“统一配送、合作经营，公司管理、行政监督”模式，挂牌沙文、麦架、牛场3家放心粮油经销店。
2010年至2011年，由中央、省、县三级匹配资金，推广农村科学储粮，2010年对410户农户开展农村科学储粮试点，2011年在全区农村推广，完成白云区农户科学储粮仓2000套发放。
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