实行水资源统一管理，将有效改变以前那种多部门管理，只顾自身眼前利益，各自为政，造成水环境破坏和水危机日益加剧的混乱局面，使水资源开发利用朝着合理、有序、高效的方向健康发展。但是，必须正确处理好水管理主体内部上下级、流域与地方的关系，处理好管理主体与其他相关部门之间的关系，充分调动各方面的积极性、主动性，建立高效的水资源管理机制。
（一）处理好水资源管理中上下级的关系
《水法》规定：“水资源属国家所有，水资源的所有权由国务院代表国家行使”，“国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理和监督工作”，“县级以上地方人民政府水行政主管部门按照规定的权限，负责本行政区域内水资源的统一管理和监督工作”。这是国家对水资源实行统一管理和配置的法律基础，也是水资源形势和经济社会发展的需要。随着水资源紧缺和水污染的日趋严重，国家需要对流域、甚至跨流域进行水资源配置，以保证国家的整体利益。同理，各省（自治区、直辖市）及下级人民政府需对本区域内的水资源进行配置，调整余缺，以满足人民生活及社会发展的需水要求。
国务院代表国家行使水资源所有权的管理，主要是通过制定管理水事活动的行政法规和政策，全国水资源战略规划、流域规划，河流水量分配规划对全国水资源进行统一配置、统一调度和监督管理，地方要按照规定权限对水资源实行统一管理，保证法律和行政法规的遵守和执行。我国地域辽阔，水资源状况和经济社会发展水平不同，水资源管理应当结合本地区实际，充分发挥积极性和主动性，将有限的水资源管理好。由于经常性的具体管理活动绝大部分应由地方政府来实施，地方可结合实际制定地方性的水法规和政府规章，制定有利于水资源可持续利用的政策和各项规划、计划。但是，地方制定的水资源规划和调配水计划应当满足上级政府调配规划计划要求，并服从所在流域的流域规划，严格执行经批准的流域规划、河流水量分配方案和水量调度计划，不能各行其是。上级政府应协调好下级政府之间的水事活动，处理好水事问题。
（二）正确处理流域管理与行政区域管理的关系
1.流域管理机构职责
《水法》规定：“国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域管理机构（以下简称流域管理机构），在所管辖的范围内行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责。”具体讲，新《水法》授权水利部属流域管理机构在水资源管理和监督方面的主要职责有：
（1）负责《水法》等有关法律法规的实施和监督检查，拟订流域性水利政策法规，负责职权范围的水行政执法和查处水事违法案件，负责调处省际间水事纠纷。
（2）组织编制流域综合规划及有关的专业或专项规划并负责监督实施。
（3）统一管理流域水资源，负责组织流域水资源调查评价，组织拟订流域或省级水量分配方案和年度计划以及旱情紧急情况下水量调度预案，实施水量统一调度。组织指导流域内有关重大建设项目的水资源论证工作，在授权范围内组织实施取水许可制度，组织指导流域的水文工作，发布流域水资源公报。
（4）组织流域水功能区划，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见，负责对省界和重要水域的水质水量监测。
（5）组织指导流域内江河、湖泊水域或岸线的开发、利用、管理和保护。各省、地水行政主管部门在本行政区域之内设立的流域管理机构的主要职责与上述国家级流域机构的职责内容基本一致，只是管理范围局限于本行政区域内所管辖的流域。水利部所属的流域管理机构的管理范围一般均跨越多个省份，省、地所设流域管理机构则跨越多个地、县。各级流域管理机构的共同责任是统一管理本流域水资源，负责配置及调度流域水资源，组织实施或指导各项水事管理工作。
2.行政区域主管部门管理职责(www.xing528.com)
《水法》规定：“县级以上地方人民政府水行政主管部门按照规定的权限，负责本行政区域内水资源的统一管理和监督工作。”具体包括以下水资源管理方面的主要职责：
（1）拟订区域水利工作的政策、发展战略和中长期规划，组织起草地方法规、政府规章并监督实施。
（2）统一管理区域水资源。组织制定区域水资源综合规划，负责区域水资源配置。组织拟订区域水长期供求计划、水量分配方案并组织实施，组织区域有关国民经济总体规划、城市规划及大中型建设项目的水资源论证和防洪论证，发布水资源公报，指导区域水文工作。
（3）组织实施取水许可制度和水资源有偿使用制度。拟订区域节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，组织、指导区域节水型社会建设工作。
（4）按照国家资源和环境保护的有关法律法规，拟订水资源保护规划，组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，监督江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。
（5）组织指导管辖范围内水域及岸线的治理、开发、管理、保护。
（6）组织、指导水行政执法和水政监督，协调并仲裁部门间和下级行政区域间的水事纠纷。地方人民政府水行政主管部门负责本行政区域水资源的统一管理与监督，配置和调度本行政区域内应属自身调控的水资源。
一个流域往往要经过几个行政区域，一个行政区域一般也涉及几个流域，如黄河流经青海、四川、甘肃、宁夏、内蒙古、山西、陕西、河南、山东等9个省（自治区），而山东省则涉及海河、黄河、淮河三大流域。各流域与行政区域之间有些水事管理的交叉并不矛盾，流域机构重点抓好流域内带全局性、涉及区域间以及地方难以办到的事，并为地方做好协调服务，地方水行政主管部门主要做好中观、微观水事管理工作。只要按照《水法》及其他水法律、法规规定各负其责，相互配合、相互支持，就能共同把水资源管理好。
（三）正确处理好水资源管理与开发、利用、节约和保护工作的关系
水资源的开发利用、节约和保护涉及各行各业，是一项多部门、多领域的工作，各部门必须共同努力才能把水资源开发、利用和保护好，使水资源实现可持续利用。加强水资源的统一管理和发挥各有关部门的作用是一个事物的两个方面，相辅相成，缺一不可。
水资源统一管理主要是由水行政主管部门对水资源的立法、规划、配置、调度、水资源权属管理和有偿使用制度实施统一管理和监督。国务院发展计划主管部门和水行政主管部门负责全国水资源的宏观调配，各级发展计划主管部门负责审查批准本地取水中长期供求规划，会同同级水行政主管部门制定年度用水计划，经济综合主管部门负责淘汰落后的、耗水量高的工艺、产品和设备制度的实施，环境保护主管部门负责对水污染防治实行监督管理，国土资源部门负责管理水文地质，进行地下水勘测；建设部门负责制定城市发展规划，为供水单位的供水规划提供依据，在未实行水务一体化的城市，城建部门暂时承担起指导城市供水节水、推广城市生活节水器具的工作。
在处理部门关系上，首先要统一认识，要提高对加强水资源统一管理重要性和紧迫性的认识，明确加强水资源统一管理是实现水资源可持续利用的要求，是解决我国面临的水问题的客观需要。各部门要明确职责、权限，工作中要相互配合、相互协调、团结合作，各级水行政主管部门要主动和有关部门多沟通，将有限的水资源管好、用好。如在城市等易出现或已经出现地下水降落漏斗的地区，经常和城建、国土资源管理部门联系，共同分析现状情况，研究解决问题的措施；对地表水环境问题，要据自身职责主动与环保部门联系，促进污水处理达标排放，以及早实现水环境改善。
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