1991年6月，梧州市人民政府决定将全市小学管理权下放到城区。同月，万秀区人民政府接管小学24所。其中，河东片区14所，河西片区10所，在校学生1.87万人。9月，增设西环路小学。10月，成立梧州市培智学校，与建设路小学“一校两牌”。经研究，成立万秀区教育局，附设教研室。教育局遵循《中华人民共和国义务教育法》，加强学校领导和教师培训，提高教学质量。1992—1994年，万秀区被评为自治区“多渠道集资办学先进集体”。1992年，万秀区阜民路小学开办特教儿童班，学生13人。1993年，阜民路小学复称梧州市培正学校。1995年8月至1998年9月，工厂二路小学、渔民子弟学校分别更名为西堤小学、逸夫小学，撤销冰泉路小学。1999年，河东片区14所小学中，一类小学有4所，二类小学有10所。小学教学班207个，在校学生9206人。
2001年，桂北路小学改办为万秀区青少年活动中心和万秀区青少年科技活动中心。翌年，撤销居仁路小学。2002年，河西片区有小学10所，在校生9445人，教师515人，校舍建筑面积41250平方米。
2003年3月，行政区划调整，万秀区增辖乡镇小学36所。乡镇除镇中心小学外，基本上每个行政村有小学1所。师范第一附属小学改为梧州市第一实验小学，师范第二附属小学改为梧州市第二实验小学。同年，河西片区有小学30所，409个班，在校学生1.59万人。
2005年，万秀区河东片区有小学26所，分校21所；小学教学班361个，在校小学生1.37万人。2006年，河西片区有小学29所，其中乡镇小学20所，教学班353个（特教班2个），在校生1.65万人。(www.xing528.com)
2009年，万秀区撤销平民路小学。2010年，万秀区有小学59所，在校学生2.56万人。安排外来务工随迁子女入学2442人。
2012年，万秀区（含原蝶山区）有小学59所（含教学点5个），在校学生2.56万人。其中，河东片区有小学25所，教学班283个，在校学生1.03万人；河西片区有小学34所（含教学点5个），在校学生1.53万人。
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