1.军府制
新疆在国防上具有重要地位，为了稳定统治，清政府平定准噶尔部和回部叛乱后，建立军府制。乾隆二十七年（1762年），清政府于惠远城设伊犁将军作为“总统新疆南北两路事务”的最高军政长官。在伊犁将军之下，于乌鲁木齐设都统，统率乌鲁木齐、古城、巴里坤及吐鲁番等地驻军；于塔尔巴哈台设参赞大臣，统率塔城地区驻军。在南疆地区，在喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔、和阗、乌什、阿克苏、库车、辟展等城设“办事大臣”和“领队大臣”，对当地回部实行军事统治。上述各地办事大臣或领队大臣均由“喀什噶尔参赞大臣辖之”，而喀什噶尔参赞大臣又直接受伊犁将军节制。总计在新疆军府制官职设计中，驻防伊犁将军1人，参赞大臣1人，副都统2人，领队大臣4人，总管6人，副总管7人，协领12人，佐领、骁骑校各108人，防御56人。[2]另包括八旗、绿营等总驻军约4万人。通过这种配置，清朝中期在新疆“其全部的行政机构实质上就是一支由将军统率的戍军部队”[3]。
2.“因俗而治”
在地方治理中，按照“因俗而治”方针，注重在新疆诸民族内部官僚阶层的培养，废除本属世袭贵族制的伯克制，进而把新培养的非世袭的伯克变为帝国官僚，实行政教分离[4]。伯克不但坚持要下属叩头且蓄发留辫，每月月初清晨都要到孔庙祭孔，除叶尔羌属色勒库尔外“大伯克回避本城，小伯克回避本庄”等。在具体配置中，总计清政府在新疆设置各类伯克365人，三到七品不等。[5]其中，乾隆年间，时随征效力者，并封三品阿奇木，以叶尔羌授鄂对，喀什噶尔授色提巴尔第，库车授鄂斯璊，和阗授汉咱尔巴，阿克苏授达墨特，乌什授阿布都拉，是为六大城伯克。道光八年，定三至五品伯克由本城大臣填注履行，咨送喀什噶尔参赞大臣覆覈上闻，六、七品伯克咨送验放。正是如此，伯克在新疆行政事务中处于上下交流的中枢地位：在上层，地方官员，上自伊犁将军、参赞大臣，下至各地办事大臣只与各地以阿奇木伯克为首的行政机构发生公务往来；在下层，一般回民事务也必须由层层伯克处理，均不得与宗教机构有任何往来。(www.xing528.com)
3.分而治之，对新疆实行民族隔离、分点占领、高度自治等政策
在管理程度上以东、北、南呈递减趋势，直到建省前，包括迪化州（今乌鲁木齐）、镇西府（今巴里坤）、哈密、吐鲁番等东疆地区都归甘肃省管理[6]。而其他部分实行军府制由伊犁将军统辖；在法律实施中，南疆依据《钦定回疆则例》实施管理，实行回律；在货币政策上，新疆货币有两个分隔的流动区。第一个包括除“六城”之外、远至焉耆的广大地区，货币用白银，按重量计值，一如内地那样，后伊犁也铸造内地的标准合金铜币（制钱）流通。第二个是在南疆六城地区，货币制度为铜本位，但不使用伊犁铜币而基本单位是蒲尔，这是一种纯红铜钱币，汉语称之为“红钱”。币面像内地的钱币，但铸币文字却是以阿拉伯——波斯字母拼写为基础的“回文”和满文；在经济政策上，禁止汉族大量进入，特别是在南疆，由于清政府担心汉族会控制六城的经济，“因此采取一种严禁六城与汉人接触的政策”；军事上，“派到的清军也采取换防制，以防他们久留当地；清政府还尽量少用绿营兵，而把六城官地租给当地农民生产粮食以供军政之需。清政府不在六城设立流放地，也不许平民移民和商人进至哈密以西各地”。同时，兴建满城，把“流官”及迁居新疆的内地民众同六城土著分隔居住。[7]
4.财政上，内地对新疆支援及屯田制相结合
清政府把新疆纳入版图后，不得不派大军驻守。但由于新疆经济落后，且长期以来所形成的新疆贸易税收体制与地方经济发展的多样性[8]，为了整合这些差异，清政府需要大规模的投入，但就驻军一项，“维持帝国统治所需要的军费必然要大大超过他的税收能力”[9]。正是如此，清政府虽然在全疆各地推广屯田、经营牧场等，但对于新疆财政杯水车薪。因此有清一朝，新疆财政始终无以自立，中央每年必须令内地财政有余的省份解送协饷到新疆，以支持新疆军政经费开支。由于这些款项主要用于发放驻军俸饷，史称协饷制度。此外，新疆遇到大事时，由中央政府拨专款支持，称为专饷。
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