康熙六年（1667）七月，14岁的圣祖玄烨亲政，来年设计捕杀专擅朝政的亲贵大臣鳌拜，清除其党羽，从此大权在握。5年后，圣祖亲自指授方略，平定三藩之乱，嗣后抓纲举目，在巩固边防、修治黄河和利济民生诸方面卓有建树，表现出非凡的统治才能。
在文治方面，圣祖特别注意笼络利用汉族士大夫，执政五十多年间颇有创举。如十六年（1677）设立南书房，挑选有名望的汉僚入值，以示亲重；十八年（1679）开博学鸿词科，取中负时望的文人学者50名，授以清高优雅的翰林之职，使修《明史》；自二十三年（1684）始，先后六次御驾南巡，沿途谒拜孔庙，接见士人，题字赐诗；晚年两次开千叟会，宴请高年官绅士大夫；征集学者编纂《明史》、《大清会典》、《皇舆全览》、《佩文韵府》、《康熙字典》、《渊鉴类函》、《子史精华》、《古今图书集成》、《全唐诗》等高文巨典。圣祖本人以帝王之尊而谦虚好学，精通儒家经典和百家之学，包括被称为“绝学”的天文历算之学，以“御制”的名义编纂了一百卷的《律历渊源》，包括《历象考成》、《律吕正义》和《数理精蕴》三部书，还组织了全国范围的地图测绘。明人李贽称秦始皇为“千古一帝”，又称明太祖为“千万古之一帝”。二帝乘时创业，固然功不可没，但若论以德守文，当以清圣祖为“千古一帝”。
哲人有言：岁月改变一切。时至康熙，故老遗民渐次凋谢，士人的反抗心理逐渐淡化（三藩之乱士人阶层无动于衷就是一大证明），加上统治者血腥镇压之后“收拾人心”的成功，文字狱的潜在祸机已大大化解。而且，圣祖对待偶犯忌讳的文字作品多能涵容，不事吹求。博学鸿词科，施闰章应试诗有“清彝”（原文据说当作清夷）。或疑有碍，阅卷者李霨力争，取在上等，圣祖也不以为嫌，朝班亦无借以攻讦者。孟森认为“此则开国淳朴气象，必不能得于雍乾之世，亦不能得之于康熙晚年”（孟森《己未词科录外录》）。他亲政后的五十多年中，除晚年的《南山集》案外，没有制造过重大的文字狱。前期仅一起“邪说”案影响稍大。
朱方旦“邪说”案 朱方旦，字尔枚，湖广汉阳人，通医卜之术，借行医施卜之便招聚徒众，宣扬“邪说”，企图建立“邪教”。他自诩能推算未来，预测祸福，人多信从，影响很广。康熙十年（1671），湖广巡抚董国兴劾奏朱方旦“左道惑众”，请准逮治。于是朱方旦被逮解京，遇赦得释，王公大臣礼敬如神，连圣祖也接见他。返回湖广后，朱方旦继续招聚徒众，阐扬“邪说”，宣称人的记忆在脑不在心（当时被认为是谬说）。所著《中补说》宣称圣贤发明的“中道”不在别处，就在他两眉之间的“山根”上。此外，他还著有《中质秘书》等“邪说”之书。
康熙二十年（1681）七月，翰林侍讲王鸿绪上疏参劾朱方旦三大罪：“诬罔君上”，“悖逆圣道”，“摇惑民心”。清廷命湖广巡抚王新命查办。于是朱方旦再度被逮，翌年二月在湖广（治所在武昌）处斩，弟子顾齐弘、陆光旭、翟凤彩判斩监候。
下面两案都是一场虚惊。
何之杰诗狱 何之杰字毅庵，浙江萧山人，明末诸生。入清隐居不出，工吟咏，得同县名士毛奇龄赏识。毛奇龄曾将自己所作与何之杰及同县徐缄的作品合刊一编，题为《越州三子集》。大约是康熙二十七年（1688）前后，有人告发何之杰作诗讽刺当道。地方守令检查《越州三子集》，没有发现讽刺作品，而从何家搜得的诗稿中发现许多“犯国禁”的字句。于是把何之杰拘到驻守杭州的和康亲王杰书军门下，和康亲王令杭州、绍兴二府审理此案。审问官不学无术，摘取诗稿中的乐府古题《日重光》、《纪辽东》以及“明朝”、“清戎”、“夷”、“虏”之类字眼发问。何之杰引经据典，驳得审问官哑口无言。浙江巡抚金
与学政、按察使等官员认为这样审问将贻笑士林，于是根据圣祖关于不必避忌“清”、“明”、“夷”、“虏”之类字眼的谕旨，将何之杰释放，负责审问的绍兴知府胡某和萧山知县刘某各记过一次。
陈鹏年诗狱 康熙五十年（1711）江南乡试，两江总督噶礼与副主考赵晋勾结作弊，引起士人公愤。江苏巡抚张伯行与苏州知府陈鹏年主张深究此案，张伯行更题本参劾噶礼。噶礼在反参张伯行的同时，诬陈鹏年所赋《重游虎丘》诗含意“悖谬”，逐句注解上奏，并将陈鹏年摘印拘押在狱。《重游虎丘》诗二首，字句如下：
雪艇松龛阅岁时，廿年踪迹鸟鱼知。
春风再扫生公石，落照仍衔短簿祠。(www.xing528.com)
雨后万松全逻匝，云中双塔半迷离。
夕佳亭上凭栏处，红叶空山绕梦思。
尘鞅删余半晌闲，青鞋布袜也看山。
离宫路出云霄上，法驾春留紫翠间。
代谢已怜金气尽，再来偏笑石头顽。
楝花风后游人歇，一任鸥盟数往还。
本是普通的即景纪游之诗，噶礼偏多曲解。“金气尽”明明是“秋气尽”之意，噶礼却解为“大清气数已尽”（满洲人是金人后裔，清朝前身为后金，故以“清”释“金”，《清诗纪事初编》卷十也认为：“或‘金已尽’句实难置辩”）。他甚至把“鸥盟”曲解为与台湾郑经（郑成功之子）相盟，而早在康熙二十二年郑氏在台湾的割据就已扫平。此案有党争背景，陈系张鹏翮所荐，张与阿山积不相能，阿山党于废太子，废太子助阿山，必欲诛陈（见《清诗纪事初编》卷八陈鹏年）。
圣祖看过噶礼奏上的材料后不以为然，发话道：“诗人讽咏，各有寄托，怎能有意罗织罪名陷害人。”命恢复陈鹏年官职。
陈鹏年字沧州，湖广湘潭人，为人刚直不阿，前曾出任江宁知府，因事得罪当时的两江总督阿山。当时陈鹏年在江宁城内南市楼建乡约讲堂，每月初一在那里宣讲《圣谕》，为此特挂一匾，上书“天语丁宁”四字。南市楼在明代曾辟为妓院，阿山便以“大不敬”的罪名题参。圣祖仅将陈鹏年革职，派充武英殿修书，数年后起为苏州知府。因有这场虚惊的诗狱，康熙五十六年，圣祖还在《上谕》中提到挑起诗狱的噶礼，说：“小人伎俩，大体如此。我难道会受这类人愚惑吗？”
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