《文献通考·学校考一》记载：
始皇使御史案问，诸生传相告引，至杀四百六十余人。又令冬种瓜骊山，实生，命博士诸生就视，为伏机，杀七百余人。二世时又以陈胜起，召博士诸生议，坐以“非所宜言”者又数十人。
据以上引文，则秦始皇有两次坑儒，后一次所坑与秦二世所处罪者（处罪方式不明）均为“博士诸生”，即国学生员。第一次坑儒即《史记》所载“坑之咸阳”的那次，具体地点和情节不详。第二次“伏机”坑儒情节，见于唐颜师古为《汉书·儒林传序》所作注中。注文云：
今新丰县之处号悯儒乡。温汤西南三里有马谷，谷之西岸有坑，故老相传以为秦坑儒处也。卫宏《诏定古文尚书序》云：“秦既焚书，患苦天下不从所改更法，而诸生到者拜为郎，前后七百人。乃密令冬种瓜于骊山坑谷中温处。瓜实成，诏博士诸生说之，人人不同。乃命就视之，为伏机，诸生贤儒皆至焉。方相难不决，因发机，从上填之以土，皆压，终乃无声。”
此即所谓“瓜丘之祸”，地点在“骊山坑谷中”，西距秦都咸阳当有百里之遥。
与颜师古同时代的孔颖达，在其《尚书正义》中引录卫宏《古文奇字序》云：
秦改古文为篆隶，国人多诽谤。秦患天下不从，而召诸生，至者皆拜为郎，凡七百人。又密令冬月种瓜于骊山硎谷之中温处。瓜实，乃使人上书曰：“瓜冬有实。”有诏天下博士诸生说之，人人各异，则皆使往视之，而为伏机。诸生方相论难，因发机，从上填之以土，皆终命也。(www.xing528.com)
以上孔颖达所引与颜师古所引说法大略相同。卫宏是东汉初年学者，去秦已远，文中关于坑儒的记述，当得自传闻。说的是第一次坑儒的情形，还是第二次坑儒的情形，今不能明，或许根本就没有第二次“伏机”坑儒之事。试想秦皇以苛法治国，尽可找借口坐之以法，依法处决，何必如此卑劣，采用秘密诱杀的手段。但集体坑杀、骗杀的做法又似乎是秦人的老传统，例如《史记·白起列传》就记载：秦昭王四十七年（公元前260），秦将白起在长平大败赵军，俘虏40万，用欺骗手段全部坑杀。白起坑赵降卒之地名省冤谷，又名杀谷，其地常有残戈断镞出土。（参见明陶凯《长平戈头歌》、清王士禄《长平坑歌》）“伏机”也是秦人惯用的手段，骊山脚下的始皇大墓就装有这一暗器，这是《史记》明白记载着的。如果把这些看作“蛛丝马迹”，“瓜丘之祸”似又不尽虚妄。总之，始皇“坑儒”事件异说可疑之处甚多，尚待考证。
据说骊山坑儒之处，至唐代犹有遗迹存留，地名也有“坑儒”、“悯儒”、“旌儒”的变更。“悯儒”乡名见上引颜师古注文，“坑儒”、“旌儒”乡名见于贾至《旌儒庙碑》文（载《文苑英华》卷八四七）。具体地点，据当代学者考证，悯儒乡即今陕西临潼西十公里处的洪庆堡（原名灭文堡），一说瓜丘坑儒的所在，当在临潼西南五里处的一狭长山谷中。据贾文，唐开元末，玄宗临幸骊山温泉宫，四顾山野，见乡名“坑儒”，当年坑儒秃堑犹存，顿生凄恻，命建庙祭祀，改乡名为“旌儒”。庙成立碑，贾至奉命撰文刻其上。后来杜佑撰文刻碑阴，以“儒者不居其位而是非当世，以自取祸”为戒，惹得宋儒朱熹大为不满（详《朱文公文集》卷七一《记旌儒庙碑阴语》）。这段公案，反映了后人对坑儒事件的不同认识。
秦皇一次坑儒460余人（若另有“瓜丘之祸”则达1100余人），为数当然不少，但并不意味当时儒生已被一网打尽。宋郑樵认为“秦时未尝废儒，而始皇所坑者，盖一时议论不合者耳”（《通志·秦不绝儒学论》），朱彝尊也谓“彼之所坑者，乱道之儒，而非圣人之徒也”（《曝书亭集·秦始皇论》）。始皇三十六年，使博士为仙真人诗，陈涉起义和刘邦创业都有成批儒生依附，汉初为朝廷兴礼乐的名儒叔孙通、陆贾、郦食其、伏生等人都是秦时儒生或博士。甚至就在坑儒的第二年，一块陨石坠落在东郡（治所在今河南濮阳西南），有人就在石上刻谶语云：“始皇帝死而地分。”惹得始皇发怒，把陨石附近的居民都杀死（因未查出刻字者）。造谶刻石者当然不会是无知无识的百姓，这说明儒生（或方士）不但没有被杀尽，而且没有屈服。
汉代以来，人们常把“坑儒”与“焚书”混为一谈，伪《尚书》孔安国有“焚书坑儒”语，以致将始皇坑儒之举归咎于倡议焚书设禁的李斯，骂李斯为“坑儒贼”。有人则认为秦皇为了彻底毁灭《诗》、《书》而坑杀传习《诗》、《书》的人。王充驳斥了这种看法，他第一个把“焚书”与“坑儒”区别开来，指出二者是背景不同的两件事：“燔《诗》、《书》，起淳于越之谏；坑儒士，起自诸生为妖言。”（《论衡·语增》）
由于坑儒事件很突然，报复性很强，有人认为是“始皇个人发脾气”之举（顾颉刚《秦汉的方士与儒生》），或认为“实际是皇帝个人报复的恣意行为”（张世龙《秦始皇焚书坑儒辨》③），对此，有必要说明：坑儒虽然不排除始皇发脾气、行报复的因素，但总体上是依法办案，是依法处决一批“犯禁者”。章太炎认为始皇以法家为治，刑罚依科，远胜于汉武帝的滥刑（其说详《秦献记》）。问题是秦律本身过于严苛残酷（例如处死罪犯的方式就有戮、弃市、磔、腰斩、车裂、凿顶、抽胁、镬烹、囊扑、活埋等），而且那种突击“钩党”式的办案方式和集体活埋的做法太过惊世骇俗，加上诸多暴政及二世而亡的结局，人们便有话可说了。某种程度上，可以说是韩非子的教唆。《韩非子·诡使》篇，仇视“二心私学”、“诽谤法令”、“乱上反世”、“圣智成群，造言作辞”之士，主张“禁其行”、“破其群”、“散其党”。钱穆认为：“推其渊源，皆由荀、韩，荀主法后王，诛奸人，故秦禁诽谤而坑儒士；荀主正名，故秦同书文而烧古籍。”（《国学概论》）
另外，“坑”的涵义，也有学者有独到的解释。明敖英《绿雪亭杂言》云：“秦始皇坑儒，说者谓设为陷阱而杀之。愚以为坑者，只是掩其不知而加害，非真掘土为坑也。今民间讼牒亦有坑陷之词，即是此意。此坑字当作虚活字看，如古云声色溺人，非真溺于水也，旦昼之梏非真梏以刑也。不然，白起坑降卒四十万于长平，项羽坑降卒二十万于新安，设使掘土为坑，若是其广大，彼降卒宁不知之，又宁肯帖然束手而就死乎？”其说有合理性。至少“坑”应不需机械理解为先挖坑，然后杀人弃置坑中。坑既作动词坑杀，又带有集中处决在某处而尸骨累叠成坑堆。
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