后人对秦皇焚书议论很多，其中一大议题是所焚之书的范围。据《史记》所载并作合理推测，当时法令规定应焚之书包括：（1）“史官非秦记”，即史官所掌秦国史料“亦以烧书为
灭古文”，而许慎序“言之尤详”，据此，钱氏提出己见：“《诗》、《书》皆以外的其他文献，主要是六国史料和《春秋》经传等；（2）《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《孝经》等儒家经典（《易》属卜筮之书，不在被焚之列）；（3）“百家语”之书。对此，人们争论的话题有二。
其一，《史记》原文：“非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉……烧之。”这几句话怎么理解？王充认为，法令规定只烧私人所藏《诗》、《书》、“百家语”，博士官所收掌的不烧（详《论衡·正说》）。后世学者多沿袭其说。清人刘大櫆著《焚书辨》，力证官书不烧，认为博士收掌之书不焚于秦皇，项羽屠咸阳、烧宫室时才被烧毁，因此焚书的罪魁是项羽不是秦皇。
近代章太炎则认为王充误读了《史记》原文，原文“倒言之，即是：天下敢有藏《诗》、《书》、百家语，非博士官所职者。正谓《诗》、《书》、百家语非博士官所职也。”（《秦献记》）他认为依法令规定，除秦国的历史文献和医药、卜筮、种植之书外，其他书无所不烧、无所不禁，不存在博士官所掌不烧之事，因为博士官本来就不掌《诗》、《书》、“百家语”。
钱穆评刘章二人云“焚书起于博士之议政，岂有博士所职概置不焚之理？则刘（大櫆）说非也”，若谓无所不烧，“则章（太炎）说亦可疑也”。（《国学概论》）
其二，“百家语”是什么书？通常认为是诸子百家之书。清人朱彝尊甚至认为李斯的本意是烧诸子之书，但如果只烧诸子书不烧《诗》、《书》，则诸子“邪说”有所附会，所以不得不连同《诗》、《书》一并烧毁（其说详《曝书亭集》卷五九《秦始皇论》）。
王充为代表的历代诸多学者则认为秦焚书，诸子书未焚。王充言：“秦虽无道，不燔诸子。诸子尺书，文篇具在。”（《论衡·书解》）同时代赵岐言：“逮至亡秦，焚灭经术，坑戮儒生，孟子徒党尽矣。其书号为诸子，故篇籍得不泯绝。”（《孟子章句·题辞》）三国王肃言：“李斯焚书，而《孔子家语》、诸子同列，故不见灭。”（《孔子家语·后序》）南朝梁代刘勰亦言：“暴秦烈火，势炎昆冈，而烟燎之毒，不及诸子。”（《文心雕龙·诸子》）今人范文澜为刘勰这几句话作注，认为诸子之书卷帙不重，山岩屋壁容易藏匿，所以未遭秦火。这样解说似乎不合刘勰原意。钱穆力挺王充，谓“惟王充谓秦人焚书，仅焚五经，不及诸子，其说最可信”（《国学概论》）。从道、法、名、墨、阴阳诸家之书流传情形看，秦火的确未焚诸子书。
还有学者认为“百家语”专指纵横家之书，因为汉代人常称纵横术为“百家之术”（如《史记·甘茂传》），汉去秦不远，当有所本。
此外，人们对焚书令的实际效力和影响也颇有议论。司马迁指出，六国史书烧得最彻底，而《诗》、《书》尚有余烬。《史记·六国年表序》云：“秦既得意，烧天下《诗》、《书》，诸侯史记尤甚，为其有所刺讥也。《诗》、《书》所以复见者，多藏人家。而史记独藏周室，以故灭。”后世学者多认为秦皇没有把应烧之书都烧尽（因为不可能做到），宋人郑樵和近代康有为、章太炎等人都对此有所指证。典型事例如汉代孔子旧宅和河内女子老屋所藏古文《尚书》的发现，证明秦焚书未尽。郑樵甚至说：“秦人焚书而书存，诸儒穷经而经亡。”（《通志·校雠略·秦不绝儒学论》）意思是说当秦焚书之时，有识之士藏匿古书，使后人得见古书原貌，而汉儒章句之学却把儒经糟蹋得面目全非。魏禧则从另一视角看到：秦“焚书而书愈多……真书亡而伪书滋起”（《魏叔子日录》三编《史论》）。
人们还认为，秦皇焚书在学术史上的最大影响，是导致汉学即章句训诂之学兴起。《新唐书·艺文志序》云：“自六经焚于秦而复出于汉，其师传之道中绝，而简编脱乱讹缺，学者莫得其本真，于是诸儒章句之学兴焉。”两汉今古文经学之争，以及汉以下《尚书》等典籍的真伪之争，都与秦皇焚书有直接关系。(www.xing528.com)
秦皇焚书还给诗歌提供了吟材。唐以下直接吟焚书的诗篇就有不少，有的含意深刻，颇耐玩味。如唐人章碣《题焚书坑》：
竹帛烟销帝业虚，关河空锁祖龙居。
坑灰未冷山东乱，刘项原来不读书。
又罗隐《焚书坑》：
千载遗踪一窖尘，路旁耕者亦伤神。
祖龙算事浑乖角，将谓诗书活得人。
从以上两首诗看，秦皇焚书似曾有专设的焚书坑，而且到唐代还有遗迹留存。据说陕西渭南湭水东岸土丘上，至今尚有当年焚书遗留的灰层。①
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