当初，曾国藩害怕孤军客寄，不愿入蜀，奏称：“臣以区区万人入蜀，剿固不敷，防亦不足，孤军客寄，伤亡难补，以势度之，恐无裨于大局。”[10]而骆秉章刚入川时手中的湘勇也“只万二千人之数”[11]，但因为跟随骆秉章入川的黄淳熙的果毅军非常有战斗力，一进川就取得了定远之战的胜利，“是役贼众数万，一战而溃，蜀人诧为神兵”[12]，之后在湘果营的配合下，又接连取得了绵州、眉州、丹稜战役的胜利，因此，骆秉章很快便在四川各支部队中树立了绝对的威信。
咸丰十年八月，在川勇中颇有战绩的副将唐友耕因不服果毅军代理营务曾传理的节制而被革职留任。绵州战后，论功行赏，“而湘、黔军斗绵州州堂，秉章复奏劾唐炯，罢之”[13]。虽然唐炯的父亲素与骆秉章雅善，但当唐炯的黔军与曾传理部下械斗时，骆秉章还是毫不客气地奏请将刚刚升任夔州知府的唐炯革职查办。经此阵势后，唐友耕也变得“谨畏能战”，因此骆秉章很快奏复其官，不久又让唐友耕统领所有川勇。这样到咸丰十一年十一月，骆秉章就已牢牢地控制了四川的各支部队，奏称：“臣奉命督师，复益以果毅、护军等营，合之川中兵勇，为数已逾四万。”[14]
尽管起初骆秉章麾下很少有战功显赫的将领，但在骆秉章的驱遣之下，一大批中下级军官奋勇效命，不数年便被荐升为总兵、提督。而原本已是总兵、副将的军官，更是被提升为提督、藩臬，甚至做到了巡抚。比如，胡中和从总兵到提督只用了一年时间。唐友耕从游击到总兵只用了一年时间，从总兵到云南提督用了两年时间。刘岳昭从记名道员到四川臬司用了三个月时间，后来从云南臬司到云南巡抚也仅用了一年多一点的时间。建昌镇总兵周达武升任贵州提督也只用了一年多的时间。
在镇压各类起义过程中，大小战役一场接着一场，要想使部队始终保持较强的战斗力，就必须不断地及时论功保举。在骆秉章的奏稿中，各次战役的描述连篇累牍，而开列的保举名单也往往是一大长串。然而，军官的实缺毕竟是非常有限的，对此，骆秉章的解决办法有两个：一是借用外省的实缺。比如何胜必做的是甘肃肃州镇总兵，熊焕章做的是新疆巴里坤镇总兵。刘岳昭虽然将云南的臬司、藩司、巡抚做了一圈，但却作为四川援黔军统帅，常年在川黔作战。周达武虽任贵州提督，却常年在川陕边界作战，当清廷谕令周达武赶紧赴任时，骆秉章却引前例表示反对，“伏查前任福建提督杨岳斌、浙江提督鲍超暨、广西提督冯子材皆因带勇剿贼未能即赴本任”[15]。二是大量奏保无实缺的官衔虚位，并尽可能地在其麾下赋予这些官衔虚位以实际意义。官衔虚位虽然不能代表实际的职位，但是作为一种区分官员品级、待遇的标准，其价值和意义在骆秉章麾下还是得到了比较好的体现。在骆秉章的保单里，一般只有营官以上的勇营军官才有可能被保以副将以上的绿营官衔，这些官衔之前又被加上诸如记名、升用、补用等字样，用以区别候选资格。尽管获得各种官衔及候选资格的勇营官兵在最终得到实缺之前要经历越来越漫长的等待，但是如果保奏他们的人是一位分量很重的方面大臣，并且时间尚在同治前期——此时国家对于保举还有一定的兑现能力，那么被保举的勇营官兵最终获得实缺补授的机会就不至于显得太过渺茫。同治前期，主政四川的骆秉章就是这样一位军功阶层可以信赖的方面大臣。
无论是湘军，还是川勇，其营勇都是营官自己招募而来，因此营官就具有很大的独立性。虽然营官之上还有统帅若干营的统领，但这些统领往往无法完全控制本属于他的营盘。比如建昌镇总兵周达武，虽然统领武字十三营，但却很少统带全部十三营作战。同治四年（1865年）八月，镇压松潘小姓沟额能始起义，骆秉章派的是周达武武字营的总兵李辉武、副将周家盛。同治四年十二月，又“不得已，酌留武字五营分驻保宁、广元以顾川北，抽调周达武亲督八营援应叙南”[16]。而这八营又被分成两部分，总兵李辉武统四营，周达武统四营。(www.xing528.com)
为了应对当时四川各地不同形式的起义、民变，骆秉章经常会根据各方威胁的轻重缓急，将各大支部队以营为单位分合重组，然后再遣发出战，这就提升了营官的权力和地位。一个原本只领一营的营官，可能会因为比别的营官更熟习某个地方，或者因为刚刚打了一场胜仗，部队士气正旺，或者因为统带数营的统领因故不能分身，而被指定为派往某地执行任务的数营部队的临时指挥官。当这支由数营临时组成的队伍打了胜仗后，急需补充人员时，那个营官可能就会因为重新募勇的机会，而成为新的阵容整齐的部队的合法指挥官，统领名字中的一个字，将会用来作为这支部队新的旗号，这样一支新的部队就诞生了。像周达武的武字十三营、成耀星的耀字数营的发展，基本上都经历了这样一个轨迹。虽然有些人很可能长期补不了总兵实缺，但当他们可以统领数营兵勇时，他们实际的权力与待遇与一个实缺总兵也就相差无几了。而一个实缺总兵，却往往因为补的是外省的缺，而根本无法前往赴任。在同一个战场上，一般很难单从总兵的细微差别中，看出他们谁更重要。决定他们眼下权力和待遇的主要还是他们正在做的差使，即曾国藩所说的“专论差使，不论官阶”。
另外，当时的西南军功阶层还有一个特点，即年轻的高级武官越来越多。这些人都没有什么背景，更谈不上有什么资历，他们的显赫官位完全是靠在战场上勇猛拼杀换来的。这些年轻的高级军官往往都颇为自负，一般不愿轻易地屈服于同辈，因此有时就很难在他们之中再选出一位统帅凌驾于他们之上。
当初，萧启江死后，所部湘果军一分为三，胡中和、何胜必、萧庆高各独领一支，当时四川署理总督曾望颜奏“请迅由楚省拣选得力大员，兼程来川，以资统带”[17]。结果，官文奏称“查有萧启江原带之督司彭忠信、知府衔候选同知直隶州王沐随营办事最久，为众勇所悦服，业经飞咨四川，饬令起程管带，俾有钤束而资剿办”[18]。但是，湘果军的勇将根本就不接受这些资望尚浅的官员。所以，骆秉章将要入川时，又奏请刘岳昭随同前去，因为“查按察使衔道员刘岳昭随萧启江援剿江西，最为得力，与萧启江所部营官亦相联络”[19]。可是，随同骆秉章入川的黄淳熙却“雅轻刘岳昭，不欲与并将，因说秉章分军，留岳昭助湖南、北防剿”[20]。因此，以后湘果营就一直由胡中和、何胜必、萧庆高分别统领。即便胡中和不久便升任四川提督，但也无法统领湘果全军。同治四年二月，骆秉章派胡中和、萧庆高、周达武率各自部队前往阶州围攻太平天国梁、蔡二军，为了便于统一指挥，陕西巡抚刘蓉奏请由胡中和总统各军，但胡中和却不敢接受，请求由骆秉章“代为其奏，吁恳天恩，免其总统，庶不致贻误大局，以后剿办情形仍由督臣随时奏报，以一事权”。胡中和还表示，“现在阶州各军统领均能联络声势，互相策应，并无各分界线、彼此推诿之情，能与胡中和和衷共济者亦以事权出自督臣无不相率效命，若以胡中和总统之，不特才力不足，恐贻陨越之羞，而心志未孚，反启参商之渐”[21]。骆秉章早就认识到了这一点，所以他也奏请仍由自己统一调度各军。因此，骆秉章虽然可以一次次地向朝廷开列保单，甚至将一些将领保荐到了贵州提督、云南巡抚这样的高位，但是总领各军的人却始终是他自己。
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