首先，驻京喇嘛在清朝政府建立统一的多民族国家、加强中央政府与蒙藏地区的联系、巩固清朝政府对蒙藏地区的统治等方面起到了积极作用。
早在清崇德四年（1639年），一世察罕达尔汗呼图克图就奉清太宗之命，入藏联络五世达赖喇嘛及西藏地方的政教领袖。崇德八年（1643年），他携带皇太极的书信再次前往西藏，建立清朝和西藏的联系。顺治八年（1651年），他又奉顺治皇帝谕旨，进藏迎请五世达赖喇嘛进京，顺治九年（1652年）十二月，五世达赖喇嘛到达北京朝觐顺治皇帝，开启了清朝中央政府对西藏地方的统治。而二世章嘉呼图克图于康熙三十六年（1697年）奉旨前往西藏，经过青海地区时，专程召集厄鲁特蒙古各部台吉，向他们说明清朝中央政府的统治政策、尊崇藏传佛教的态度，劝导各台吉服从清朝政府的统治，进京朝觐康熙皇帝。《蒙藏佛教史》记载：“三十六年，第六世达赖喇嘛转世。初乘宝车入藏，由蒙古道经甘肃、宁夏。旋奉帝旨，命至青海，劝导各台吉晋京入觐。当驰抵青海，召集各台吉，谕以崇奉天朝，莅京朝觐之意，各台吉均能服从，各朝京师，咸悦内附。”[3]这对厄鲁特蒙古归附清朝政府、稳定青海的局势起到了一定的作用。
从顺治十年（1653年）开始，历世达赖喇嘛的认定、坐床，几乎都有驻京大喇嘛奉旨前往西藏参与办理，例如：康熙三十六年（1697年），清帝委托二世章嘉给六世达赖喇嘛仓央嘉措颁发金册、金印；雍正十二年（1734年），三世章嘉迎送七世达赖喇嘛入藏，颁发金册；乾隆二十二年（1757年），七世达赖喇嘛圆寂，三世章嘉入藏主持八世达赖喇嘛的寻访、认定；嘉庆十三年（1808年），四世噶勒丹锡哷图赴藏看视九世达赖喇嘛坐床；道光二十二年（1842年），四世章嘉看视十一世达赖喇嘛坐床；光绪五年（1879年），十世济隆入藏摄政，主持十三世达赖喇嘛的认定。可以看出，驻京呼图克图参与历世达赖喇嘛的寻访、认定、坐床事宜，确定了清朝政府在藏传佛教大活佛认定上的权威性，表明清朝政府将蒙藏地区的宗教事务纳入国家管理中，在处理藏传佛教的问题上不是仅仅简单尊崇，同时也实行严格的管理，防止地方宗教势力过度膨胀，以确保国家政权的稳固。
其次，驻京喇嘛在调解蒙藏地区民族纠纷、维护地区安定团结，反对民族分裂、抵御外敌入侵、帮助清朝政府维护主权统一的过程中产生了重要影响。
康熙二十三年（1684年），蒙古喀尔喀部土谢图汗和扎萨克图汗之间争夺属民的矛盾激化，甘丹赤巴罗追嘉措（一世噶勒丹锡哷图呼图克图）与二世章嘉呼图克图一同前往漠北调解纠纷。康熙二十五年（1686年）八月，土谢图汗和扎萨克图汗达成和平协议，在库伦伯勒齐尔举行会盟，从而维护了和平，避免了战争。
察罕达尔汗呼图克图是唯一在军队中服务的驻京呼图克图，这一世系的呼图克图随军出征蒙藏地区，协助处理征战中遇到的宗教问题。一世察罕达尔汗呼图克图曾效力于西藏军前。康熙三十六年（1697年），二世察罕达尔汗呼图克图随康熙皇帝御驾征伐准噶尔。康熙五十七年（1718年）和五十九年（1720年），三世察罕达尔汗呼图克图两次随军驱逐准噶尔势力，为清朝政府安定蒙古诸部、控制西藏局势发挥了重要作用。
乾隆十年（1745年），准噶尔部首领噶尔丹策零去世，其内部为争夺汗权而内讧，纷争不已。乾隆皇帝派遣驻京喇嘛前往该地区弘法，宣谕中央政府的政策：“朕令于伊犁地方，设立一库伦，由京师遣呼图克图喇嘛前往教经。”[4]“班第奏准噶尔旧日供养之大喇嘛，现俱无存，请派济隆呼图克图前往等语。著照所请遣往，将此传谕班第知之。”[5]派遣七世济隆呼图克图前往该地讲经传教，缓解各部之间的矛盾。
再次，驻京喇嘛在促进藏传佛教在内地的传播、增进民族间的文化交流、协助清朝政府制定蒙藏政策、增强边疆民族对中央的向心力等方面发挥着重要的作用。
驻京呼图克图依靠自己对蒙藏地区情况的了解、自身具备的学识以及在蒙藏信教民众中的影响力，向清帝提出建议，并身体力行。乾隆十五年（1750年），管理西藏政务的郡王珠尔默特那木扎勒叛乱，乾隆皇帝决定要仿照中原地区的管理方式，彻底改变西藏当地世俗首领掌管西藏政务的状况。三世章嘉呼图克图认为西藏是教法的发源地，如果按照内地治理的方式管理，藏传佛教必然会逐渐衰落，因而劝谏乾隆皇帝：“陛下之父祖先帝竭力尊崇佛教，尤其陛下是最为关心佛法事务的大法王。西藏乃教法之发源地。如果按圣上所下的旨令，藏地的佛教必将衰微，万望陛下无论如何以恩德护持佛教。”[6]乾隆皇帝认可了章嘉呼图克图的意见，改变了之前的想法，谕示“将西藏的一切政教权力都授予西藏的怙主达赖喇嘛执掌”[7]，并决定让达赖喇嘛与驻藏大臣共同领导新的西藏政府。(www.xing528.com)
乾隆二十二年（1757年）二月，七世达赖喇嘛圆寂。章嘉呼图克图上奏乾隆皇帝，分析了西藏的局势，阐述了自己对西藏事务的意见，建议乾隆皇帝让第穆呼图克图担任西藏摄政，全权处理达赖喇嘛所辖的西藏政教事务，避免再次出现类似珠尔默特那木扎勒叛乱的事件。乾隆皇帝采纳了他的意见，有效地预防了西藏政教权力的分散，防止了僧俗势力的互相争斗，维持了西藏社会的稳定。与此同时，乾隆皇帝也十分关注七世达赖喇嘛的转世灵童的寻访、认定，派遣章嘉呼图克图入藏寻访，确认达赖喇嘛的转世灵童。
三世章嘉呼图克图到达拉萨后，立即开始着手达赖喇嘛转世灵童的寻访。此前西藏噶厦政府已经按照第穆呼图克图的安排，秘密寻访转世灵童，但并不顺利。“章嘉国师此次进藏，主要是为了辨认遍知一切达赖喇嘛的转世灵童，在上一年前，有三个待认定的转世灵童分别出现在东、南、西三个方向，西藏的有形无形的生灵都像期望把水搅浑能得到酥油一样，各种流言鹦鹉学舌般传布。”[8]乾隆二十四年（1759年），三世章嘉邀请六世班禅额尔德尼到拉萨，共同主持认定达赖喇嘛的转世灵童，《章嘉国师若必多吉传》中记载了这一认定过程：“章嘉国师说：‘现在我们大家只好一起请求班禅大师，无论他作何指示，我们都应相信才是。’西藏所有管理事务的人都说：‘这样最好。’于是，以章嘉国师为首，由摄政、噶伦等所有办事人员都一致恳切请求班禅大师预言达赖喇嘛的真正转世。班禅大师以他超绝的智慧，降示了后藏所出的那个孩童是三界怙主达赖喇嘛的真正转世的预言。”[9]乾隆二十六年（1761年）四月，清廷颁给七世达赖喇嘛的转世灵童敕谕，给予赏赐，并安排给其传授知识的经师。乾隆二十七年（1762年）七月初九，举行了八世达赖喇嘛的坐床典礼。
三世章嘉呼图克图这次出使西藏，圆满完成了乾隆皇帝交与的寻访七世达赖喇嘛的转世灵童的任务，很好地贯彻了清朝政府的治理政策，对维护西藏局势的安定、加强清朝对蒙藏地区的统治起到了非常重要的作用。
乾隆初年，青海安多地区的一些藏传佛教寺院受到当地贪官和衙役的破坏，三世章嘉呼图克图认为，“要立即对寺院有利益，必须使寺院受大皇帝颁赐的敕令的保护”。[10]于是，他请求乾隆皇帝给塔尔寺、佑宁寺、赞布寺（即广惠寺）等寺院颁赐字匾，乾隆下诏赐匾。乾隆十四年（1749年），三世章嘉返回故乡，乾隆皇帝下诏，“章嘉胡图克图前往故乡寺院，由蒙古理藩院差遣一员加尔古齐随行。赐给安多地区三大寺院的御匾由兰州巡抚送去，待胡图克图抵达彼处后，由胡图克图分别颁给各个寺院”。[11]这些举措使这些寺院得到了有效的保护和尊重，促进了青海地区民族间的和睦与团结。
驻京各大呼图克图按照清朝统治者的旨意，在北京、热河等地广建寺庙，弘扬佛法，同时担任掌印札萨克达喇嘛、副掌印札萨克达喇嘛等职，掌管各地的藏传佛教事务。清朝统治者为了防止蒙古诸部与西藏来往过密，同时也为了满足蒙古诸部宗教信仰的需要，不断提高驻京喇嘛在藏传佛教中的地位，赋予其更多的职权。对于蒙古诸部到西藏延请高僧传教的要求，清政府利用驻京喇嘛制度，采取了折中的办法，或是下旨派遣驻京大喇嘛前往，或是安排蒙古诸部王公贵族来京朝拜驻京大喇嘛，将蒙古与西藏的联系置于政府监管之下，加强了边疆地区与中央政府的关系，增进了民族团结。
广建寺院，延聘大喇嘛，使北京有能力举办大规模的有影响的藏传佛教法事活动，方便来京蒙古教众观看。如乾隆十五年（1750年），准噶尔使者至北京，曾遍访驻京喇嘛驻锡之各寺，叩拜大寺之佛尊及著名呼图克图、寺庙之供佛等，“观之皆甚神奇壮观”。“我等叩拜济隆呼图克图，据闻济隆呼图克图乃宗喀巴佛之徒弟，名喇嘛之呼毕勒罕，由藏而来方一二年，我等得以叩拜，甚是造化。”又拜见章嘉呼图克图、噶尔丹锡勒图呼图克图、查干萨固尔泰佛，“委是神奇”。“我等惟有感激文殊菩萨大皇帝之恩外，无以言表。”陪同的清朝官员也乘机宣传，“尔等仰承我等大皇帝之恩，得以叩拜各大寺、塔及呼图克图等，实乃尔等之大造化”[12]。让来京蒙古使臣参观藏传佛教寺院，一则是展示北京寺院之堂皇，黄教之兴盛，清朝皇帝真心弘法；二则是将参拜机会纳入朝廷掌控之中，蒙古客人拜见活佛，必须向清朝请求，得到允准，借机树立清朝皇帝护教形象。
蒙古客人来京，不仅参拜寺、佛，也经常观赏佛事活动。跳步扎（金刚驱魔神舞）乃藏传佛教重要佛事活动，极受蒙古人重视，“按我蒙古例，若能观看跳步扎，则一年顺畅”[13]。乾隆十一年（1746年）之前，跳步扎多在中正殿、乾清宫举行，其后基本在雍和宫进行，“每年十二月，喇嘛等于中正殿跳步扎”，“跳步扎之日，令蒙古客人等进入观赏”[14]。蒙古客人是指年班进京的蒙古王公、额驸等。跳步扎的过程并非仅仅表演驱鬼，诵经亦为主要内容之一，故每次参加跳步扎的喇嘛较多，且呼图克图亦参与诵经，如乾隆十五年（1750年）雍和宫跳步扎时，参加的喇嘛多达1200余名，其中多数为诵经喇嘛，可见驻京喇嘛阵容甚大。举办各种盛大的佛事道场时，清朝皇帝、侍卫大臣、呼图克图、众喇嘛、满洲文武大臣、蒙古各部使者，均依等次安排座位，仪注盛大庄严，营造皇帝扶佑黄教、喇嘛为国祈福、政教和谐的氛围，从佛事活动方面展示清朝黄教事业兴盛状况[15]。
驻京大喇嘛还积极参与佛教经典的翻译，三世章嘉和二世噶勒丹锡哷图将藏文大藏经《丹珠尔》翻译为蒙文，三世章嘉主持将大藏经《甘珠尔》翻译为满文，并创制满文经咒新字，促进了民族间的文化交流。
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