北宋前、中期，义仓随设随废，没有形成完整的管理体系。元丰改制前，义仓在中央或领于司农寺。如皇祐五年（1053年）七月九日，宋廷诏曰：“荆湖南北路灾伤州军折将义米救济民，访闻司农寺却令理纳，甚非朝廷振乏之意，宜特与除破。”[75]在地方，诸路由转运司或提点刑狱司负责，在州县由通判及令、丞等负责。如庆历元年（1041年）九月，宋廷诏置义仓，“领于本路转运司”[76]。又熙宁十年（1077年）九月十六日，诏令“开封府界提刑司先自丰稔畿县立义仓之法”。[77]
元丰元年（1078年）二月五日，宋廷诏令义仓隶提举常平司[78]。元丰五年（1082年），改革官制，罢三司之职归户部左右曹，而司农寺亦不再主管青苗、免役等法，其事务及义仓赈济之事全部归户部右曹掌管。[79]各路、各州县的常平机构仍然维持原状，在诸路，义仓属提举常平司；在州仍由通判负责[80]。
绍圣元年（1094年）重建义仓至南宋绍兴间，诸路提举、提点交相存废，义仓亦归属不一，直到绍兴十五年（1145年）八月，提举常平官最终得以确定。此后，由户部右曹——提举常平的义仓管理体系至南宋末没有改变。
随着义仓制度的确立，其管理制度也逐渐完善。义仓粮受纳时，“诸义仓计夏秋正税谷数每一斗纳五合，同正税为一抄，不收头子脚剩钱，及民限当日交入本仓”[81]。义仓谷收纳完毕，州、县“具申本路提举司，须管躬亲巡历检点，在远则分头选差清强官，照数核实桩管”[82]。每年岁末“令、丞合诸乡所入之数上之守贰，守贰合诸县所入之数上之提举常平，提举常平合一道所入之数上之朝廷”[83]。自乡及县，县及州，州及路，路再至中央，层层申报。
遇有水旱饥馑，须各县检查灾患情况，核定放税分数，确定抄札缺食人口数量，逐级上报。但义仓专用于灾荒赈济，灾情紧急时也可由路、州核定是否开仓赈济，如早在乾德三年（965年）北宋初建义仓，宋太祖即下诏：“比置义仓，以备凶岁，若上言待报，则恐乖轸恤。自今人户欲借义仓粟充种食，委本县具灾伤人户申州，州即处分，计户赈贷，然后以闻。”[84]比起常平仓动辄申奏朝廷，然后等待朝旨，要有效率、灵活一些，地方官对义仓较有支配权力。[85](www.xing528.com)
义仓发放完毕后，由监司复检，有作弊者由提举刑狱司问责，义仓的各项支出必须向中央上报，是为专款专用，防止侵用。如乾道元年（1165年）四月六日，诏：“去岁两浙被水州郡民庶艰食，累降指挥以常平、义仓米减价赈粜，所有粜到价钱，州委通判，县委县丞拘收封桩，不得移易借兑，候秋成日尽数收籴补额，仍先具见桩钱数申尚书省，余路依此。”[86]
主管官吏更替时，需要详细考察义仓盈亏，将之作为评价官员政绩的一项标准，“令、丞替移，必批印纸，考其盈亏，以议其殿最”[87]。
可见，义仓的征收、存储、发放等环节都形成了一整套比较完善的制度，为义仓救荒职能的发挥提供了有力保障。
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