大多数高职院校是由中专学校或是成人高校合并升格而成的，尚处于建校的起步阶段，原有的管理规章制度已不符合高职院校办学理念的需要，再加上借鉴其他院校仓促而就的各种管理制度，不能真实反映高职院校两级管理的实际要求，导致院系两级管理的职责权限划分不清、经济利益分配不合理、制度缺乏协调性。如大多数高职院校鼓励系部利用自身的教学资源优势开展社会培训，拓宽创收渠道，但按照职能部门制定的创收分配方案进行二次分配时，教师获得的创收收入偏少，与他们的实际付出远不成比例，这在一定程度上挫伤了教师参与社会服务的积极性。
高职院校两级管理难以有效实施的关键在于院系各部门对其基本职能没有进行明确的划分或者划分不到位。学院管理仍然集中在校级层面和职能部门，导致学院与系部的责、权、利存在分离现象。系部自身的教学、科研、学生管理等工作繁重，因此，需要有一定的管理自主权。而实际上，系部在专业设置、学科建设、职称评聘、人员调配、引进人才、经费等方面缺乏管理权力，管理权限很大程度上集中在学院及其职能部门，系部成了被动的执行机构，工作积极性没有被调动起来，两级管理优势也没有得到充分的发挥。如在教学管理中，由于高职院校独特的人才培养定位和教学活动的实践性，系部理应成为责任主体，但实际情况是教学管理的权限主要集中在学院教务部门，甚至调整上课时间及变更上课地点都需要经过教务部门批准，这在一定程度上使职能部门忙于日常事务性工作，而管理工作反而做得不到位。
在职能处室与二级学院的关系上，垂直管理的痕迹很重。现有的高职院校多是从中专学校升格而来的，长期的、根深蒂固的中专教育形成的教育理念和管理方式使高职教育中一级管理的痕迹很重。部分高职院校的校级层面和许多职能处室至今依然保持着对二级学院发出指示的职能，且权力过大，这种组织结构形式容易造成“多头领导、政出多门”的现象，令二级学院无所适从，工作效率低下。
（二）重心下移不够
实施院系两级管理的核心是管理重心下移，而在实际操作中，重心下移程度很难确定，并没有一个统一的标准。一是人事权下放不到位，系部人员编制掌握在学院人事管理部门，系部对必备的管理人员及专业教师没有选择权，只能被动接受；二是系部缺乏必要的财政权，表面上，学院每年按照年初财务预算按时足额拨付系部各项使用经费，系部按规定也享有年度经费的二次分配权限，但是学院对配给资金的额度控制严格，留给系部自主处置的份额极少，系部在分配上没有话语权，对教师缺乏过硬的约束手段；三是在物资配置上，系部没有自主权，实验实训设备的购置需要经过层层审批，工作流程繁杂，报批周期冗长，严重影响和制约着系部的办学活力，挫伤了系部自主管理的主动性。
（三）办学自主与内部自治的矛盾
我国是具有中国特色的社会主义国家，与西方国家国情不同。西方高校大多数属于自发形成的，各高校的学院具有自发性和自主性，他们认为大学作为研究高深学问的场所，应该不受政府、宗教或其他机构的控制，因此从中世纪以来就形成了“大学自治”“学术自由”和“教授治学”的治理理念。我国虽然没有完全实现大学自治，但是为了保证高等教育的健康发展，我国也在不断探索适合我国高校发展的大学自治理念，比如，确定高校法人地位，下放办学自主权等，这些是实现大学自治的重要前提。
我国高校法人地位由计划到雏形的形成，经历了一个漫长的过程。1985年颁布的《中共中央关于教育体制改革的决定》提出“扩大高校的办学自主权”，标志着我国高校法人地位渐渐开始形成雏形，为日后高等学校法人地位的确定奠定基础。之后《教育法》《高等教育法》相继颁布，确定了我国高校的法人资格与地位，标志着我国高校真正意义上的法人地位确定。其中，政府与高校存在“委托—代理”关系，即政府向高校提出目标，并给予高校相应的办学自主权，政府作为委托人，高校是具有专业知识的代理人，能够根据自身运行状况制订一系列计划促进自身的积极发展。
虽然我国从法律上确定了高校法人制度，但是高校法人的发展一直局限在理论构建与实践探索的双重作用下，在实际发展过程中，总存在不同的问题：首先，高校的人事权和财政权还是由相关政府部门管理控制，其中包括高校的年度工资福利支出、高校人员编制等，因此导致高校无法根据自身发展建设引进人才，所以高校仍然是政府的一个下属部门。其次，高校内部党委与校长之间的关系有交叉的地方，党委作为高校的最高决策机构，校长全面负责高校的行政工作，但是在实践中，两者关系仍缺乏有效的关系界定。(www.xing528.com)
虽然高职院校已在法律上确认其法人地位，但是高职院校的二级学院不是法人，在实际办学过程中，高职院校很难将办学自主权真正下放至二级学院，部分二级学院虽然拥有相对独立的人事权、财务权、教学科研权，但只具有法人的权力，并无法人之实。在二级学院也存在“委托—代理”关系，如高职院校院长及领导作为委托人，将一部分的办学自主权下放给二级学院，委托二级学院院长以及管理人员来有效运行学院内部各种事务，因此院长与管理人员也是学院层级的代理人。另外，二级学院院长与教师之间也存在“委托—代理”关系，如院长将学院的教学、科研等任务委托教师负责。这之间存在的“委托—代理”关系，也需要设立相应的制度和法规来激励代理人发挥自主性，但是，相当一部分高职院校没有相应的健全的法律规定二级学院的法人地位，使二级学院难以发挥积极性。因此，高职院校是否可以考虑对二级学院实行“准实体或相对实体化”。准实体或相对实体化是在法人内部成立的，具有一定的民事权利，在法人的直接领导下，承担一定的义务，拥有较大的自主权和独立财产的组织实体。这样可以激发二级学院的自主性和积极性，保持其办学活力。
（四）行政权力与学术权力之间的矛盾和冲突
对比中外高校发展的历史可以看出，西方高校具有很大的自治权，逐步形成了大学自治、学术自由和教授治学的大学精神和大学治理理念。我国高校在产生之时一般是由政府举办的。虽然国家强调高校法人制度，逐步下放办学自主权，高校的自主权有所提高，但是本质上政府与高校之间的“委托—代理”关系没有改变，政府对高校有较大的控制权，高校也较依赖于政府，所以导致我国的大学精神与西方高校在本质上有较大的不同。因此，高校治理理念要立足现阶段我国基本国情，建设有中国特色的现代大学精神与现代大学制度。
从西方高校的学院治理中，可以看出如法国的巴黎大学、英国的“牛桥”大学最初都是民间自发组织成立的学院的集合体，高校的重心都在基层，而二级学院作为最重要的学术机构，保持独立性才是保障大学合理高效运作的重要条件。高校作为研究高深学问的场所，不受政府、宗教或其他机构的控制，因此从中世纪以来就形成了“大学自治”“学术自由”和“教授治学”的治理理念。学院内部崇尚学术自由，教授拥有独立研究与教学的自由，较少受权力干涉。我国的高职院校是一类建设历史不长的高等院校，其二级学院中存在着行政权力与学术权力之间的矛盾和冲突，主要表现在不少二级学院行政权力与学术权力主体交叉、二级学院学术权力集权现象时有发生、二级学院中行政权力与学术权力有时存在误解与冲突等方面。这些都反映了我国高职院校二级学院中存在的行政权力泛化和学术权力弱化的倾向。
（五）内部资源配置不合理
内部资源的优化配置实质上就是如何有效组织并合理利用既有的教育教学资源，有效协调各权力主体之间的相互关系，从而切实提高办学效率。高职院校实施两级管理，需要重新调整和分配校院两级教育资源，这实质上是调整高职院校资源的利益主体的相互关系和提高办学效率的问题。近年来，高职院校为了扩大办学规模，把大量的物力和财力资源投入硬件建设和校级的建设和管理中，院（系）的教学与科研设施建设滞后，造成院（系）资源配置偏低。另外，在各院（系）教育资源分配上，为了做大做强优势专业，而有意识向优势院（系）倾斜，把大量优质的人力和财力资源配置到优势院（系），牺牲弱势院（系）的利益。结果造成了院（系）组织之间发展的恶性循环，无形中限制了弱势系部的发展，最终影响了整个高职院校的健康持续发展。
（六）院系两级管理改革的保障机制乏力
近年来，许多高职院校都进行了院系两级管理改革，不断建立院系两级管理的相关制度，但相当一部分高职院校针对院系两级管理改革的制度不健全、不完善、不具体，更缺乏顶层设计，缺乏战略性、发展性、操作性、规范性，与具体实践发展难以适应。在制度制定上疲于应付，在制度运用上失控失灵。一些学校对院系两级管理改革的总目标、阶段性目标、工作任务和保障措施没有形成明确的认识，改革过程中，难以进行有效的检查督导和调控。有些高职院校虽有较为详细的改革计划，也对改革过程进行了监督检查，但对出现的问题不能进行及时地纠正，改革也因此难以有效地推进。有些高职院校对院系两级管理体制改革中应解决的基本问题认识不清，激励制度没有形成或没有施行，或激励政策力度较小未产生明显的作用，改革没有将教职工的积极性调动起来，改革中沉睡的问题得不到解决或没有找到解决问题的有效方法，改革没有取得实质性的创新，难以推进和深化。
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