日本高职院校在治理结构上有一定创新之处。日本在明治维新后，政治、经济、军事力量不断增强，逐渐走上了帝国主义道路，迫切需要大量实业型工业技术人才。因此日本建立了一批以实业为主的专科学校。日本高职教育以高等专科学校为主，此时其治理机制上行政权力占据主导之势，实行严格的集权管理。在模仿德、美等国家的治理模式一段时间后，即2000年以后，日本的高职教育逐步走出了一条治理改革的创新之路。
2003年，日本公布和实施了《国立大学法人法》，此举标志着日本高校治理进入法制化阶段。日本国立大学法人化后，政府控制方式由之前的直接控制转为间接控制。政府主要通过第三方评价方式对教学、科研和经营方面的业绩进行核查评估，决定资源配置和宏观调控。在日本，普通高等教育主要由大学承担，工程技术高等教育主要由短期大学承担，而高等职业教育主要由专门学校承担。专门学校是专修学校的主体，其入学对象为高中毕业生或具有同等学力者。日本约16%的大学属于技术类院校。日本政府把高等职业教育发展放在重要战略位置，在职业教育发展中企业培训的作用也非常突显。在高等专科学校的治理机制设计上重新定位并科学划分文部省与地方教育委员会的权限，吸收校内和校外人员共同参与。法人化改革后，学校增设了4个校级管理机构，包括校长选考会、理事会、经营协议会、教育研究评议会。从法人化后的治理设计来看，校长的任命方式不再是由教授会选举，而是举行校长选考会。校长选考会由校外人士参与、文部省任命，校长成为法人代表，兼具法人运营和大学运营的双重职责，使校长的权限得到增强。教授会依旧保留关于教授、副教授和讲师任免的审议权，保障了学术权力，为学术自由奠定了基础。经过摸索创新，日本基本形成了法人（校长）治校和教授治学相互结合、相互制约的治理结构机制。(www.xing528.com)
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