（1）医疗资源分布问题。医疗资源分布不均匀主要由两方面导致。一方面是因为执业医生的基数不够庞大。很多医生都拥挤在大医院或公立医院，私立及地方医院的执业医生明显少于城市医院的医生，城市医疗占据大部分的医疗卫生资源，进一步导致执业医生资源分布不均的现象。另一方面是因为医疗水平不均衡。医生这个行业有一定的特殊性，培养一个优秀的医生需要很长的周期以及高额成本，因此培养出来的优秀医生很难留在基层，这也就直接拉开了大医院和小医院之间医疗水平的差距。基层医院很难留住特别优秀的医生，因此其服务能力有待提高，服务质量有待改善。基于以上两点原因，患者更愿意选择大医院甚至只愿意选择去三甲医院就诊。
（2）分级诊疗缺乏有效的指导与监督。国家就上述问题提出了“基层首诊、双向转诊、上下联动、急慢分治”的方针政策，即分级诊疗。分级诊疗单从理论上看是一个很好的政策，但是在实施过程中却存在很大问题：首先，没有明确的实施意见和指导方法，没有明确的细则，医院很难传达下去；其次，政府出台政策后并没有相关的监督部门贯彻实施，导致政策难以落实；最后，各级医院本身水平就参差不齐，再加上国人对健康问题以及基本护理常识并不清晰，会存在一定的盲目就医现象，导致分级诊疗难以实施。
（3）医院收入结构有待优化。根据对现有医院的收入数据分析，医院的收入基本都存在“一低两高”的现象，即医疗服务价格低、医疗价格占比高、医药价格占比高。导致这个现象发生的主要原因是医院存在行业地位及绩效考核等问题。医院为了在市场上更好地生存，不得不提高医生收入，扩建基础设施，但国家对公立医院的补贴却是固定的。这就导致医院不得不“以药养医、过度检查”的结果。(www.xing528.com)
（4）药价高，医保支付压力大。医疗保险（以下简称“医保”）是我国一项重大惠民措施，但从金融方面来看，城镇居民基本医疗保险的支出增长率远大于收入增长率，即医保资金未来有很大概率会出现亏空。同时，还存在一个问题就是药价高，药品价格从出厂到医院差价可达几十倍，并不是医院故意抬高药价，而是传统药品供应链长、流通环节烦琐。流通部分的成本高直接导致医院药品采购的成本提升。这两个问题都是我国医疗目前面临的重大问题。
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