新疆的乱局及伊犁被沙俄攻占，引起了清廷高度重视。清廷命景廉、成禄等率军出关，并令左宗棠派兵进剿。因陕甘回乱尚未平定，左宗棠认为：“此时兴师远举，并非稳着。”但他仍于同治十一年（1872年）1月派徐占彪进兵肃州。同治十二年（1873）3月，左宗棠致信总理衙门，指出“欲收伊犁，必先克乌鲁木齐”。如果乌鲁木齐城克服，“我威维扬”，再大兴屯田以保证长期后勤供应，安抚新疆各部族耕牧如常。如此，“即不遽索伊犁，而已稳然不可犯矣。乌城形势既固，然后明示以伊犁我之疆索，尺寸不可让人”。在战术上，左宗棠分析：“俄虽国大兵强，难与角力，然苟相安无事，固以度外置之。至理喻势禁皆穷，自有不得已而用兵之日，如果整齐队伍，严明纪律，精求枪炮，统以能将，岂必不能转弱为强，至此劳师袭远之寇乎？”因此，他提出“不在先索伊犁，而在急取乌鲁木齐”[124]。这样，左宗棠提出了先安定新疆回部再准备收回伊犁的方针。
新疆事件还在持续发酵，同治十三年（1874）又发生了日本侵台事件。这年，琉球渔船遇到飓风漂流至台湾，高山族民众误以为海盗入侵故杀船民54人，另外12人由清政府送回琉球。当时，琉球是中国属地，此事根本与日本无关，但日本早就觊觎台湾已久，只是找不到借口。这次，日本却以此作为侵台的理由。二月，日本政府设“台湾番地事务局”，任命大隈重信为长官，在长崎设立侵台军事基地，派陆军中将西乡从道率兵三千，进攻台湾。三月二十三日，日本侵略军在琅乔强行登陆，受到高山族人民的英勇反击。日军在琅乔地方烧杀抢掠，并在龟山设立都督府，意图久踞。清政府派福建船政大臣沈葆桢到台湾部署防务，先后调集1万多军队到台湾。八月，日本特使大久保利通等抵达北京，对清廷大肆恐吓威胁。清政府代表开始时据理力驳，后来，在英国公使威妥玛的“调停”下妥协。九月，奕欣与大久保利通订立中日《台事专约三款》，中国赔银50万两，被迫承认日本侵台为“保民义举”，日本才从台湾撤兵。这样，给日本正式吞并琉球提供了口实。光绪五年（1879）三月，日本强行侵占了琉球，改置冲绳县，琉球从此从中国的版图上剥离出去，至今仍是日本的殖民地。
面对西边的新疆被沙俄侵占，东边的琉球、台湾被日本人侵占，清廷朝堂之上由此发生激烈的“海防”与“塞防”之争。以李鸿章为首的一批大臣力主海防，以日本为主要假想敌，主张放弃塞防即放弃新疆，将“停撤之饷，即匀作海防之饷”。以湖南巡抚王文韶为主的大批官员则力主塞防。
海防派说：北京距海岸近，新疆距京师远，海防明显重于边防……
塞防派说：新疆有失，蒙古不保，京师将受到直接威胁……
海防派说：朝廷财政有限，新疆之战胜算不多……
塞防派说：东南威胁尚小，西北已经构成侵略，列祖列宗百战之地，岂能放弃……
海防派说：缓期收复西北，并不是放弃，而是存储实力，以图将来……(www.xing528.com)
塞防派说：停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺……
海防派说：失新疆是失地，失海防是亡国……
……
海防派和塞防两派之争有时到了以生死相拼的地步，但还很难取得一致的意见。于是，大家将目光一齐转向左宗棠，认为他的见解似乎能成为皇帝决断性的旨意。
左宗棠提出：“海防”与“塞防”无有偏颇，应该并重。但他特别指出，不收复新疆，陕甘军队便会被长期受到牵制，不仅不能裁减兵饷、助益海防，而且“自撤藩篱，则我退寸而寇进尺”。同时，他严肃地提出，强盗已经入室行劫，胡作非为了，如果现在不立即采取措施进行阻止，这样更容易招致英、俄无节制地渗透，到时恐怕难以为继。军机大臣文祥极力赞同左宗棠的意见，并予以全力支持之。与此同时，左宗棠进而弹劾景廉、成禄。指出，他们原受命收复新疆，但畏缩不前，毫无成效，贻误战机。“因其逡巡不进者，成禄被革职，景廉被调任。[125]”
由此，海防与塞防之争暂告终结。1875年5月，皇帝特谕旨63岁的左宗棠以钦差大臣身份督办新疆军务，全权节制三军，以将军金顺为帮办军务，并提出“择机出塞平叛新疆”[126]。这时距阿古柏建立“哲德沙尔国”已经过去了8年，沙俄侵占伊犁过去了4年时间。
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