同治三年（1864），陕甘回变波及新疆。新疆各地豪强趁机而起，出现了割据纷争，各自为王的混乱局面。事件的缘由是喀什噶尔伊斯兰教白山派首领马木提艾来木占据新疆称王。不久，柯尔克孜族部落头目司迪克联络回族封建主金相印，在一片混乱中夺取了喀什噶尔，自己开始称王，并驱逐马木提艾来木。马木提艾来木致书中亚的浩罕汗国，欲借助外部势力驱逐司迪克。司迪克也派出金相印亲自到浩罕进行联系，想把流亡浩罕的黑山派和卓后裔请回喀什噶尔，对抗马木提艾来木。
有的史料称，这场两支地方势力为争夺王位进行的厮杀是“新疆回民为了反对封建统治而发动的反清起义”，本人对此决不苟同。这既不是反对封建统治的斗争更不是一场“被受压迫人民的起义”，这实质就是一场彻头彻尾的民族分裂的恶行。司迪克与马木提艾来木的相互残杀，导致了虎豹豺狼的入侵，使新疆处于分裂的状态。但是，却激发了中亚一个小国浩罕汗国[123]的高级军官——阿古柏的野心。1865年1月，他趁新疆动乱，带兵侵入了新疆南部，先后占领莎车、和田等七个城市。1867年他登上了梦寐以求的汗位，将新疆彻底脱离中华的版图，宣布成立“哲德沙尔国”，将整个新疆纳入他的领地。
阿古柏政权成立以后，沙俄认为阿古柏夺取了自己碗里的一块肉，是插在身边的一根芒刺，故拒绝承认“哲德沙尔国”，以静观其变。此时，同样觊觎中国新疆领土的英国人却与之大相径庭。他们觉得沙俄是看着碗里的，还望着锅里的。既然阿古柏是沙俄眼中的一根刺，那好，我来给你上点眼药。因此，他们首先表态承认“哲德沙尔国”，极力对阿古柏进行拉拢，不仅奉送枪支弹药，还与其通商贸易。阿古柏与英国之间的“亲密”关系极大地刺激了野心膨胀的沙俄。“北极熊”干脆一不做二不休，于1871年发起了对伊犁地区的进攻。期间虽然受到了伊犁军民全力抵抗，但经过几次激战，伊犁最终被沙俄军队占领。至此，整个新疆已出现了实质分裂的状态。(www.xing528.com)
沙俄对伊犁的残暴侵占，再次激起了已被俄国强占100多万平方公里土地的中国人民的愤慨，同时也遭到了那些想在新疆问题上分一杯羹的各国列强的纷纷指责。沙俄看到这种情况，便使用言辞伎俩，称其只是暂时为清政府代为管理，一旦清政府有能力管理整个新疆时，再将伊犁予以交还。当清政府派伊犁将军荣全前往与其进行交涉时，他们又提出重新划定边界线、割让塔尔哈巴台以东一带哈萨克族聚居的地区划入俄国的版土等种种无理要求。软弱的清政府对此毫无办法，只能将事情暂时搁置。就这样，伊犁地区的各族人民在沙俄的凶残统治下，备受蹂躏，过着非人的生活。他们被强制性地服役，很多人过着饥寒交迫的日子，有的选择外逃，客死他乡。
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