面对敌军如此强大的攻势，曾国藩只得对整个湖南的军事防御重新作部署。全省设置东、中、西三路剿总指挥。东路军由平江进剿崇阳、通州之敌；西路军由龙阳援剿常德、澧州之敌；中路军由湘阴直趋岳州。战争的重点是夺取岳州城。曾国藩全权统帅，负责指挥，他亲自赶赴岳州前线，将指挥部前移岳州。
五月二十日，提督塔齐布率中路军进取岳州，行至大荆驿站，与太平军正面交锋。太平军在新墙筑起三道土墙扼守要道，阻止清军通过。塔齐布分兵左、中、右三路，两面进行佯攻，中路正面攻击，不久攻破土城，获取战船四十七艘。接着乘胜追击，于七月初一日乘势夺取了岳州城。但不久，又被太平军“复踞”岳州城，岳州城又一次失守。一部分太平军从湖上直接与西洞庭湖的军队会合，相继攻占了沅江、澧州、常德。
当曾国潘指挥的西路军进攻常德、澧州、沅江时，太平军闻讯随即于六月初六日乘船将部队全部撤回至岳州城东南门外即今日南津港一带。然后在岳州城外加筑土城、木城二十余座，还在新墙河及郭镇等四处设置路障，拆毁桥梁，负隅顽抗。
曾国藩考虑到太平军在岳州城下“舟累万盈，千舟师莫能制其死命。[76]”于是，饬水师后营知府褚汝航[77]、同知夏銮、知县彭玉麟[78]、守备杨载福[79]启行水陆部队，合计先锋、向导等共二千余人，于十三日自湘江启动开赴岳州，将战船停泊于鹿角，阻止敌军向长沙方向进逼。然后，命提督塔齐布陆营驻扎在新墙，再分兵援助常德、澧州一带。他考虑到兵力单薄，还无法与之正面交锋，便命令知府罗泽南带乡勇一千，知府魁联带领宝庆乡勇一千，先后进入洞庭湖岳州府一线与敌会战。然后又命令游击周凤山带领湘勇一千六百名支援中路军，从湘西经常德飞奔直接杀向新墙。塔齐布则在岳州城外架设浮桥，约定水陆并进。
五月二十七日，褚汝航进军青草湖，并亲自驾驶小船前往君山一带探测敌情。他看见太平军有百余艘战船停泊在君山附近，随即将自己的小船直接冲过去，以引诱敌军。当敌船靠近时，他向敌船开炮，并夺得一艘敌船，然后迅速乘夜色回青草湖。由于侦探到了敌方的情况，当晚，曾国藩针对性地拟定了后面的行动计划。
五月二十九日夜，官军分五队进兵。彭玉麟埋伏在君山南岸，杨载福埋伏在雷公湖上游，夏銮及先锋部队由艑山直趋南津港，褚汝航部在后策应。同时，又派何青南在新墙河多张旗帜，作为疑兵。午时，夏銮驾驶的战船距离南津港不远处，开始向太平军水军战船方开炮。当敌船出战，夏銮转舵后撤。当敌方停止追击，夏銮又转舵返回开始攻击。如此三番五次，太平军水军不知是计，命南津港内的战船从左右两边出击。这时，埋伏在雷公湖中的杨载福队从后面攻击敌方尾船，彭玉麟埋伏在君山南岸的队伍从中间打击太平军腰部，褚汝航随后拼力冲击敌战舰。敌方陷入一片混乱，其中太平军中一位身穿黄马褂，手执黄旗的头目当场被击毙。湘军一时击沉数百只敌方战船，而太平军不少战舰自相撞击，死伤无数。这场战役，官军夺得太平军战舰三十四艘，枪及旗帜无数。太平军受到重创，残余部队逃回岳州城。
七月初一日，湘军各战船驶至岳州城下，见太平军水陆部队皆空。于是，褚汝航率水勇攻入城内，安抚难民和城中的百姓。并迅速组织军民摧毁太平军筑在城墙四周的土城。其余各水军战船分别停泊在南津港和君山一带，时刻保持高度的戒备，以防备太平军再次对岳州城发起新的攻击。(www.xing528.com)
七月初三日，果然太平军水军战船蜂拥而至。湘军分五路迎敌。先令向导官何南青、先锋苏胜带一小支队伍诱敌，使其追赶何南青。褚汝航、彭玉麟、杨载福等率军随后。当太平军水军追击过来时官军，水师舰船上枪炮齐发。同时，战舰冲向太平军水军。这时突起北风，湘军乘北风之势，向太平军旗舰开炮，击中旗舰船舵，迫使太平军将兵落水逃亡，隧缴获旗舰船一艘。彭玉麟乘战船从湖西抄尾而来，战船却碰到设在水下的大钓鉤，使得战船无法行动。太平军水军见状，即刻将战船扣蓬冲击过来。彭玉麟只得亲自点燃大炮，群子散落击中太平军水军十余人。太平军一时纷乱，慌忙向湘军船只抛掷火罐。但由于风向问题，火罐落在了自己的火药船中，一时烟雾弥漫，火焰四射。哨兵把总孙昌国争先跳入敌船之中，但被敌方士兵抛掷的火罐烧成重伤。左营各战士无丝毫退却，反而冒着烈火烟雾奋力追杀太平军，歼太平军一位丞相。杨载福亲自坐着一艘舢板船，由湖东沿岸斜行，快捷如飞，接近太平军的战船。他向岸上炮台上举旗一招，所有炮火向太平军水师船齐发，由于自己的船只距离敌船太近，他自己左手臂也受到自己炮火的伤害。但丝毫未影响他的斗志，自己稍作包扎，随后指挥队伍追杀太平军。太平军遇到三路围追堵截，狂竄下游。正好遇到褚汝航的堵截，随之追剿至城陵矶、白螺矶一带，一部分太平军被追至临湘对岸今湖北监利尺八一带，距离岳州城已经七十余里。这时，已经日落黄昏，鸣金收兵。太平军四百余艘战舰和水军全军覆没。本次战役官军共斩首二千七百余级，生擒一百三十四人，夺得战船七十六艘缴获枪及旗帜无数。太平军被烧死、战死，溺水而亡者甚多。
曾国藩在向朝廷上报的奏折中，详细地讲述了此次战役的过程。他说：
“此次逆贼重踞岳州，被官兵击退，复集长发死党，悉锐来犯，幸水师连捷，轰击无遗，其由陆路同时来犯者，复经提臣塔齐布派都司彭三元殿元普承尧等沿岸截剿水路，败竄上岸之贼，概经我军截杀。
“前帮水师初一日克复岳州后，初五日戌刻探知下游擂鼓台一带有贼船数百号，乘风上竄。初六日，该营官等会议，以北风甚劲，与其坐待贼，不若迎其未至而击之。遂令左营彭玉麟、右营杨载福、副后营夏銮、先锋营苏胜等分为前后两队，营务处褚汝航自领本营，督阵行至道人矶。遥见逆贼舟蠭拥而来，我军头队将到该匪一面开炮抵拒，一面齐卸布帆，停泊老岸为以逸待劳，反客为主之计。左右两营连樯开炮，更番叠战，正副后营及先锋各营各船分两翼，拼力向前杀贼甚多。鏖战二时之久，日将西沉，北风大作，下游贼船仍复鱼贯而上，续来者约五六百号。我军船仅七十余号，距南津港老营已逾六十里，士卒竟日未食，又不即行收队。若即行收队，该匪必趁势压追，有不堪设想者。该营官等进退两难之中，出万死不顾一生之计。杨载福亲自驾驶舢板快艇穿入贼队，绕贼之背截其来船，轰毁贼船三艘，贼众纷纷坠水。接着纵火，连烧十数船。下游贼续来之船始行退竄，上游贼势亦溃。彭玉麟见五彩画龙三桅船，知系贼目，冒险冲入。该逆贼攒炮轰击，彭玉麟颈后及左手右骽三处受伤。哨官秦国长中炮阵亡。彭玉麟犹裹创，力进将船夺获。查系韦政之兄[80]，坐船时，褚汝航麾旗督战，拦腰截击。复遇画龙巨舰，急起直追，枪炮环击，遂获其船。查系伪丞宣林姓之坐船。夏銮率哨官欧阳春往来冲击，枪毙伪十三检点黎振辉[81]。后营哨官守备罗管全等往来夹击，轰毙伪丞相曾姓，是日，自未至戌，鏖战数时之久。计烧毁贼船四百余号，毙贼约二千名，生擒百二十余名。夺船二十余只，内有长龙战船一只，大炮十四位。夺贼旗帜、号衣红黄帽及抬子药、刀矛马匹千余件。此初六日大获全胜之实在情形也。
“臣曾国藩于十五日已到岳，据各营禀称，于十四日该逆贼在城陵矶下游埋伏小划二百余只。匪首皆上坡藏匿其罗山对岸之夹洲一带，船约千余号，筑有炮台一座，城陵矶以上一字排列战船数十只。意欲以小艇诱我深入，然后伏军齐起，迎头抄尾。计甚狡毒。时塔齐布陆营驻扎岳州北门外五里许，褚汝航先期禀商，预备水陆夹击，随时与杨载福、彭玉麟、夏銮等鱼贯而行。舟过城陵矶，伏匪正欲上船抄尾，不期树林内提臣陆路伏兵四起，该逆贼纷纷上船。水军分途迎击，乘势挤进。候补千总张世聪燃烧贼船一只。时罗山一带上驶贼船一千五六百号，见火起即行折回，被我军趱烧，而该匪战船犹横阻江心，开炮抵拒。候补把总区联彪夺斩红衣长发老贼。右营哨官秦国禄复夺得快蟹贼船一只。后营哨官罗管全挺长矛跃入贼船。左营各哨官烧贼船十余只，水军仍回泊南津港。总计烧贼船三十余号，夺贼船七只。该逆贼二次从武汉下游分起上犯，誓争岳州。幸仗皇上天威，屡战屡捷，各将士酷暑鏖战，辛苦万状，伤亡亦复不少，烈士气终不稍挫。”
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