清取得政权后，更加重视教育。在学校管理和铨选即官员选任上有着更为严格的规定。根据《清史稿》载：“府、州、县、卫儒学，明制具备，清因之。世祖勘定天下，命赈助贫生，优免在学生员，官给廪饩”[104]。
顺治二年（1645），皇帝颁诏，恢复全国学宫，并在州府文庙之内将“大成至圣文宣先师孔子”御制碑立于学宫前。府、州、县均设学官，“省府设教授，州设学正，县设教谕各一，皆设训导佐之”。同时，还规定“学臣按临，谒先师，升明伦堂，官生以次揖见。[105]”凡优恤生，例免差徭。廪生贫生给学租养赡。
清朝府、州、县学宫虽掌本地的教育及诸生员，但显然已无明时铨选的权利，仅只管生员的名册而已。其铨选权基本控制在朝廷。然而，由于皇帝的重视，各地的学宫反而越来越规范，规模也越来越大。这与整个清朝的人才培养和人才的甑选和官职配备有着密切的关系。
其实，清朝的职官制度基本沿袭明代，也分为中央政府和地方政府两个系统，但其中的成分却有了较大的变化。清朝，中央政府主要由处理国家行政事务的政务机关与专替皇家服务的部门组成。处理政务的机关有由内阁[106]和“六部九卿”构成。内阁之首谓“内阁大学士”，亦称“中堂”。明代此官仅为正五品，清代升格为正一品，即中央最高级的官员。凡入阁办事的学士，皆由翰林院中选择，凡入翰林院者必进士及第出身。故，后人戏言，“明、清翰林院即帝之才库”。六部，是中央政府的主要行政机关。即吏部[107]、户部[108]、礼部[109]、兵部[110]、刑部[111]、工部[112]。六部最高长官称尚书，副长官称侍郎，以上长官员必由进士出身者担任。部以下称司，其中吏、礼、兵、工四部各分四司。唯户、刑两部则按省分司，各设十余司。司长称“郎中”，副司长称“员外郎”，以下称“主事”。上述官员可由进士亦可由举人出身者担任。六部之外，还有都察院[113]、通政使司[114]、大理寺[115]等三部门与六部合称“九卿”。
其中，“都察院”有着特殊性。“都察院”的长官有：左、右都御史，左、右副都御史，左、右佥都御史，其下有监察史。监察史入派到各省即称“巡按”。明中叶，凡都察院长官下派，则称“总督巡抚”。清沿明制，只是巡抚兼“左副都御史”衔。因都察院是一个纠察机关，相当于今天的中央纪委监察部，所以，凡重大刑狱案件皆与刑部、大理寺组成“三司会审”。
除此之外，还有太常[116]、太仆[117]、光禄[118]、鸿鸬[119]四寺。这些主要是一些专业人才担任各寺长官。
清朝地方行政分为省、道、府（州）、县四级。“省”为最高一级地方行政机构，省一级的最高长官称“巡抚”。以下有承宣布政使[120]，提刑按察使[121]。
“道”的最高长官称“道台”。“道”有“分守道”和“巡守道”，“分守道”多由承宣布政使的参议、参政担任，“巡守道”多由提刑按察使的副使佥事充任。“道”也因所管的事物不同其称谓为也不同，如分管学校的称“提学道”。道下为府，府的长官称“知府”亦称“太守”或“黄堂”，监督本府之内所有县的行政。辅佐知府的官吏有“同知”亦称“左堂”、“通判”亦称“右堂”，知府、同知、通判合称“三堂”。府下为县，县的最高长官称“知县”，其下有“县丞”亦称“二尹”、“主薄”。
中央管理学校和教育的部门是“国子监”，也是国家的最高学府。“顺治元年（1644），始置国子监，详定规制”[122]，较前朝管理规制更为细密和详实。管理国家教育的最高长官称“祭酒”，以下称“司业”，为正、副首长。其下设“绳愆厅”、“博士厅”、“典籍厅”、“典簿厅”四大行政部门，及“率性”、“修道”、“诚心”、“正义”、“崇志”、“广业”六堂专业教学机构。岳州学宫自明至清皆有“六堂合考”即谓此。四大“厅级”行政机构之下的官员分别称“丞”、“博士”、“学正”、“学录”。中央除“国子监”以外，还有“宗学”[123]、“武学”[124]、“医学”[125]、“阴阳学”[126]、“四夷馆”[127]等学校。
府、州、县教育行政机构统称“儒学”[128]，“儒学”的办公机构设在府、州、县的学宫内。地方学宫的教官基本沿明制，府设“教授”，州设“学正”，县设“教谕”，均一人。其职责“训迪学校生徒，评品行优劣，以听于学政”。各学皆设“训导”佐之。其定例，教授必进士担任，学正、教谕必举人以用。州府学宫之外，同样还有武学、医学、阴阳学，还有涉及到农村问题的社学，都属州府儒学的管理范围。所以，整个清朝对学校教育的管理和建设相对于明代更为规范和严格。
顺治三年（1646），知府马宏苌初到岳州府，见整个学宫因战争破坏损毁无几，感到十分痛心，决意重修先师庙。经过五年的准备，即顺治八年（1651），苌侯乃鸠工购材，各类工匠咸集于兹，仲春动工“数月而厥工告成”。整个学宫及先师庙“仰见巍焕，人文蔚起，大经讲于斯，大伦明于斯”。第二年，“乡荐登进士者阖郡之中有七、八也”[129]。岳州府的教育又恢复了昔日的生气。
康熙十二年（1673），吴三桂占领岳州后，整个岳州成为了一个大的水陆战场。吴将岳州学宫作为临时指挥部，整个建筑遭到了极大的损毁。吴灭后，康熙十九年（1680），督学蒋永修、姚淳焘、驿粮道赵廷标、知府李遇时相继对其修葺。
康熙二十三年（1684），岳州学宫按皇帝御诏，将御制《至圣先师孔子赞》立碑于学宫先师庙前。自康熙二十四年（1685）起，府学仍有学田“磨盘洲[130]芦地一千二十二亩，草地二千七百亩，泥地二百二十亩”。巡抚杨锡绂批：“每年以租课十分之三归府[131]、县[132]两学修庙[133]，其余七分一半归岳阳书院，一半上解岳麓书院，均充膏火之资。勒碑府署前，永为例。[134]”
康熙二十五年（1686），学宫按皇帝御诏，将御书《万世师表》扁额挂于先师庙内。
康熙二十六年（1687）学宫按皇帝御诏，将御制《颜子、曾子、子思子、孟子四大贤赞》立碑于先师庙内。(www.xing528.com)
康熙二十六年知府张信重建启圣祠，并“饬修礼制乐器，选择俊秀学习佾舞”。
康熙二十九年（1690）皇帝颁诏曰：“饬[135]官民人等至学宫下马”。
康熙四十八年（1709）知府孙道林将学宫前门以红墙全封闭，在两侧开门作为人员出入的通道。左开一门为“礼门“，右开一门为“义路”，所有人员必须从两侧进出，这就是今天岳州文庙没有看到大门的缘故。同年，学宫遵诏，在学斋内立以《御制训饬士子文》。
康熙五十一年（1712），“升东庑宋朱熹于大成殿十哲之次，称先贤朱子。”“康熙五十三年（1714），增祀宋范仲淹于西庑，称先儒。[136]”
当年，郡廪生、费元杰等捐资凿建泮池，五十四年（1715）知府许颉修砌完成。至此，岳州学宫其修建的规格和范围均超过了以前任何一个朝代。
雍正元年（1723），皇帝颁诏：追封孔子五代王爵，即五世祖木金父为肇圣王、高祖祈父为裕圣王、曾祖防叔为诒圣王、祖父夏为昌圣王、父叔纥为启圣王。学宫改启圣宫为“崇圣祠”，将五王供奉于崇圣祠内。同时，皇帝饬学宫“于乡贤、名宦、节孝三祠外，别建忠义孝悌祠”。当年，岳州学宫奉诏将自周至清以来共123位与巴陵有着密切关系的历史先儒供奉于三祠之内。从此，岳州学宫成为了人们的精神圣地。
乾隆元年（1736），皇帝上谕：“每年八月二十七日为至圣先师诞辰，各官致齐，不理刑名，禁止屠宰。”故，每年是日，岳州府最高行政长官及学政长官率以下官员和生员进学宫祭祀先师及历代先儒。
乾隆八年（1743），知府黄凝道捐以重金大修先师庙及学宫。据巡抚蒋溥所记：“岳州学府岁久渐即倾颓，器物残缺。黄太守凝道乃捐俸金重修。择吉鸠工始于乾隆八年七月十二日洎本年十二月二十七日告竣”。
根据《乾隆十一年岳州府学图》载：岳州府学在县治南高阜，由大成殿、明伦堂、痒斋、府学署四个部分组成。中为大成殿，殿之旁为左右庑。左庑为名宦祠，右庑为乡贤祠。大殿后为崇圣祠。大殿正前为大成门，门外为棂星门，棂星门两旁为石牌坊走道。左牌坊上书“德配天地”，右牌坊上书“道冠古今”。棂星门前为泮池。四周围为红墙，泮池左右两旁各开一门。左边为“礼门”，右边为“义路”。明伦堂为生员集中听讲学之所。在大成殿围墙左侧前立一牌坊，上书“儒学”二字，经过一片空地则进入明伦堂。庠斋在明伦堂左侧，前面一单独小院，为生员个人学习和住宿之所。后面为学厨即生员餐饮之处。府学署在大成殿右侧，此地为岳州府最高教育机构，即相当于今日市教育局，掌管岳州府全境内所有县衙的教学、育人、训导、生员的举荐和考务。生员能否走上仕途，皆由其所为，一派肃穆之势。故巡抚蒋溥赞曰：“仰见栋宇一新，以敬以戒……庠士之教者，实为佳仕，出为良臣，明伦端品，树功立业，勿见利而忘义，勿背实而徇名，勿负咎于简编，勿抱惭于衾影。则夫，沿袭章句之末而不求身心实得，犹将为有志者惜焉？而况嚣凌败坏乡里不齿之行，其尚烦官司惩艾乎哉？太守以勒石之辞，相属爰撮而识之，使来游来歌者凛步趋于桥门，睹羹墙于庙貌。庶几，英俊辈起，习尚敦庞以沐浴。圣化之休明，而不虚此日兴学诲人之美举，于多士不能无厚望”。此时的岳州学宫占地面积已达五十余亩，当时，无论是其规模还是其规格，在湖南是独占鳌头。
乾隆九年（1744），由于皇帝颁诏“钦定学宫祭祀和庆典乐谱”，故学宫自此至清末，每次大典皆依钦定乐谱而演奏。乾隆十年至二十三年（1745—1758），学宫经皇帝准奏，在三祠内陆续增祀先儒刘宗周、汤斌、陆贽、吕坤、孙奇逢、文天祥、谢良左。
乾隆十年至二十二年间（1745-1757），平江、巴陵廪生钟沅童，监生童传书、李可凤、李大成、李大化、钟圣元，生员江兴隆，童生周颂等皆相继捐资大修明伦堂、名宦祠、乡贤祠、泮池、照墙、礼门、义路、启圣宫。
咸丰元年（1851），皇帝亲自为岳州学宫御书“德齐帱载”匾额，并颁诏增祀先儒李刚、陆秀夫。后十年间，又陆续增祀先儒、先贤韩琦、公明仪、公孙乔、孟皮、曹端。
同治元年（1862），皇帝亲自为岳州学宫御书“圣神天纵”匾额，并颁诏增祀先儒毛亨、方孝儒、吕楠。同治七年至同治十年（1868-1871），又陆续增祀先儒袁燮、金履祥。十一年，巴陵钟谦钧捐款出资整修学宫。
光绪元年（1875），皇帝亲自为岳州学宫御书“斯文在兹”匾额，并颁诏增祀先儒许慎、陆世仪。光绪三年至光绪四年间（1877-1878），增祀先儒刘德高、张伯行。此后二十年间，学宫又进行了几次大的维修。
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