喇嘛教是流行在西藏的佛教。[1630]在佛教传入西藏以前，其地原行一种类似巫觋的苯教。8世纪后期，乌仗那国（今巴基斯坦斯瓦特河谷一带）的密宗高僧莲花生（Padma’byung-gnas）受吐蕃赞普墀松德赞之邀来藏，传播佛教，迅速排斥了苯教，取得了国教的地位。随着吐蕃国灭，出现了百余年的分裂混乱，佛教亦一度衰败，其后再度风行。它分裂成许多宗派，与地方的封建贵族势力结合。它们中，主要有噶丹派、萨斯迦派、噶举派、宁玛派等。由于萨迦斯派所自出的款氏家族与西夏王室夙有姻亲关系，据说成吉思汗在第一次出征西夏，取得了青海柴达木地区之后，即致书萨斯迦寺的大喇嘛，表明了对喇嘛教的尊重和遣军入藏的意向。[1631]但是由于夏、金未灭，成吉思汗未遑远略，以后又因迭次西征，征服西藏的问题一直未提上日程。然一些邻近陕蜀的吐蕃酋领，已陆续有一部分臣服。1239年，窝阔台的儿子、受封领有青藏地区、驻戍凉州的阔端派将军多达率军入藏，直至拉萨北方的热振寺、杰拉康寺等地，随即北撤，向阔端报告乌思藏各教派的情况，说：“现在卫藏地方以噶丹教派的寺庙最多；达垄教派（即达垄噶举）的僧人戒律清整；止贡教派（即止贡噶举）的京俄大师具大法力；萨斯迦派的班智达学富五明。”[1632]建议任命宗教首领来管领其地。1244年，萨班（即萨斯迦班智达，Sa-skya-pandita的简称，panditax·为通明“五明”的人）奉召携其二侄八思巴、恰那前赴凉州，1247年与阔端商妥了乌思藏归顺蒙古的条件，并发回了有名的、致乌思藏纳里的僧俗首领的信。从此西藏正式归入中国统一的版图。1253年，年仅十五岁的八思巴受召谒忽必烈于征滇军次，为忽必烈及其妻、子行密教灌顶礼，并留侍忽必烈处。同时应召的还有噶玛噶举派的噶玛拔希。噶玛拔希见忽必烈后不肯留侍，而北上觐见蒙哥。1258年，忽必烈受命主持佛徒与全真道士的辩论大会（见后文），订证《化胡经》真伪问题。八思巴“剖析是非，道不能答，自弃其学。”[1633]忽必烈即位，噶玛拔希涉嫌支持阿里不哥，因而更增加了萨斯迦派的独尊地位，八思巴被封为国师，授以玉印。至元六年（1269年），八思巴所制蒙古新文字颁行，以功升号帝师大宝法王。在中央设立了总制院（1288年更名为宣政院），其职务是“掌释教僧徒及吐蕃之境而隶治之。遇吐蕃有事，则为分院往镇，亦别有印。如大征伐，则会枢府议。其用人则自为选。其为选则军民通摄，僧俗并用”。秩从一品，以帝师领之，其院使（初定二员，后增至十员）之居首者由中央任命，其位居第二者必以僧为之，由帝师辟举。这便形成了元朝所特有的帝师制度。这个制度的主要内容是：（1）从八思巴开始，元朝皇帝从萨斯迦派中遴选高僧一人，充任帝师，主持皇庭的某些重大的佛事活动。皇帝即位之前，须从帝师受佛戒九次，后妃也都接受灌顶。其礼遇之隆，无与伦比。第一任帝师八思巴死后，忽必烈赐其号为“皇天之下、一人之上、开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王、西天佛子、大元帝师”，英宗时，特诏郡县建庙通祀。帝师所领的宣政院，与中书省、枢密院、御史台同为朝廷的四个独立的系统，得自任官属。（2）帝师是全国佛教的最高领袖。诸路府州县皆置僧录司、僧正司、都纲司，管理各地的佛寺僧徒，而隶属于宣政院。在江南地区，曾设行宣政院，管领江南各省佛教。所有僧官的任免、僧徒犯罪者的谳定，都由宣政院负责。（3）作为宣政院直属的乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰使司都元帅府，下辖十三个万户，所有官吏都由帝师或宣政院推荐，以当地的僧俗首领担任，并由朝廷任命。因而形成“帅臣以下，亦必僧俗并用，而军民通摄。于是帝师之命，与诏敕并行于西土。”根据王森的研究，藏文史料中常常提到宣慰使司都元帅官员时多称作萨斯迦本钦。本钦（dpon-chen）之意为大官。《青史》与《红史》中都说：“喇嘛（元时称帝师为喇嘛）管宗教事务，历任本钦管理世俗事务。”但本钦是根据帝师提名，朝廷任命的；而帝师的提名，又常常是根据萨斯迦寺座主的推荐。因此，在制度上看，政权与教权是分开的，“但实际上又是掌教权的人高于掌政权的人，掌政权的人往往听命于掌教权的人”[1634]。为后世西藏的政教合一制度奠定了规模。
帝师制度使佛教在全国获得高于其他宗教的地位；而在佛教中，喇嘛教的地位又优于其他宗派。“百年之间，朝廷所以敬礼而尊信之者，无所不用其至。”帝师弟子之封号司徒、司空、国公者，前后相望。“为其徒者，怙势恣睢，日新月盛，气焰熏灼，延于四方，为害不可胜言。”延祐四年（1317年），宣徽使会计每岁内廷佛事所供，其费以斤计者，面439500，油79000，酥21870，蜜27300。佛事上的巨大耗费是造成国帑虚空的重要原因；而佛事上的支出主要是喇嘛教所致。张养浩在上时政书中慨乎而言：“国家经费，三分为率，僧居二焉。”[1635]这不能认为纯粹是夸张。喇嘛甚至借因好事而奏释轻重罪囚，混乱朝政，使一些有罪的大臣、贪污的大吏、杀人恶盗、作奸歹徒，皆得以夤缘幸免。他们甚至还从皇帝那里作为布施取得空名宣敕，而任命官员。在加深元廷的政治与财政败坏与崩溃上，喇嘛教是起过相当坏的作用的。(www.xing528.com)
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