郢城之战结束后，下一步如何办，萧衍和众将又产生了分歧，大部分将领认为此战消耗不小，应在当地休整一段时间。但萧衍认为应该乘胜东进，直取建康，车骑将军、谘议参军张弘策、宁远将军庾域支持他的主张。
萧衍力排众议，下令全军即刻开拔。行军路上，一向以出谋划策著称的张弘策摇身一变成为一个顶级参谋，大队人马沿途经过的村落、滩头、山地，需要驻扎的营地，他都提前画好图，送给各位将领，地图简洁明了准确，就像亲眼见到一样。
下一个目标是江州。
镇守江州治所浔阳的是江州刺史陈伯之，在加湖吃了败仗的陈虎牙是他的儿子。萧衍因此很有信心，对众将说：“双方作战不一定完全凭实力，还要看声势威风，陈虎牙狼狈逃回，江州肯定人心惶惶，我们送去一纸公告，就可以平定。”于是在俘虏中找到了陈伯之的部下苏隆之，让他回浔阳劝说陈伯之投降，如果陈伯之愿意，可以封其为安东将军、江州刺史。陈伯之表示愿意归顺，但要求萧衍不要再东进。
萧衍何等聪明，一眼便看出陈伯之是首鼠两端，心存观望，他对部下说：“陈伯之是想脚踏两只船，我们应在他犹豫不决时，迅速进逼，他没有别的办法，只能投降。”于是，萧衍命邓元起率部顺江而下，杨公则直接攻击采桑，萧衍率领主力随后跟进。
陈伯之见状放弃浔阳，退守湖口，让儿子陈虎牙驻守浔阳城东的湓城。远曹郎沈瑀劝说陈伯之投降，陈伯之说出了自己的难处，便是他有儿子在建康，如果投降恐怕会遭到萧宝卷的诛杀。沈瑀说：“这样想是不对的，现在人心惶恐，都想着投奔萧衍，如果不早做决断，一旦部众哗变，就不能再集合了。”陈伯之觉得沈瑀言之有理，于是向萧衍交出武器，萧衍兑现承诺，依然让他担任江州刺史，并封陈虎牙为徐州刺史。
萧衍在前线取得节节胜利时，大本营江陵却陷入了危机。巴西太守鲁休烈和巴东太守萧璝在峡口击败了荆州将领任漾之，任漾之战死，接着又击溃了刘孝庆部，一直打到了距离江陵不远的地方，而荆州主力部队正在随萧衍东进，江陵兵力空虚，危在旦夕，萧颖胄火速派人通知前方的萧衍，要求杨公则带着荆州部队回援江陵。
萧衍有自己的盘算，如果将荆州部队悉数调回，仅凭雍州兵马难以攻克建康，况且萧宝融只是一个棋子，如果鲁休烈能攻下荆州，杀掉萧宝融和萧颖胄，对他来讲并非是坏事。于是，萧衍对使者说：“杨公则已经率部到了浔阳，如果让他逆流而上，纵然抵达江陵，也来不及了。鲁休烈的军队不过是乌合之众，用不了多久，就会自行溃散，目前要做的是拖延时间，沉着应对。如果一定需要援兵的话，我的两个弟弟都在雍州，下令征调他们，并不困难。”
萧颖胄非常生气，但将在外君命有所不受，他对萧衍也没有什么办法。萧衍提出让雍州之兵来救江陵，在他看来，完全是引狼入室，请神容易送神难，在击败鲁休烈后，萧氏兄弟很可能顺势控制荆州。无奈之下，他只好派军主蔡道恭率军进驻上明（今湖北省松滋市西北），来抵抗鲁休烈和萧璝。
萧宝卷此时在忙什么呢？还是像往常一样四处游玩，似乎一点都不着急，听说萧衍占领江州后，他对茹法珍说：“等他们来到白门（建康西门），再与之决一死战。”不过这显然是故作轻松，萧宝卷还是做出了相应部署，任命李居士为都督西讨诸军事，率部驻扎新亭，又让光禄大夫张瑰镇守石头城。没过几日，又任命李居士为江州刺史，冠军将军王珍国为雍州刺史，建安王萧宝寅为荆州刺史，辅国将军申胄为监郢州行事，龙骧将军马仙琕为监豫州州事。
这是萧宝卷最后一次进行人事大调整了。
就在萧宝卷任命李居士等人官职的同一天，萧衍率部抵达芜湖，驻守姑孰的是被刚刚任命为监郢州州事的申胄，不过此人是胆小鬼，带着两万兵马不战而逃，萧衍不费吹灰之力便占领了姑孰。
建康成为下一个目标。萧宝卷这才开始着急，他下令整顿军队，部署防务，又下令从左右库房以及东西冶炼厂挑选健壮的囚徒，分配给各军，充当士卒或苦役。对于死囚犯，他怕他们趁乱暴动，便下令把他们拉到朱雀门处斩，每天被诛杀的有一百多人。
萧衍派曹景宗率部推进到江宁（今江苏省南京市江宁区），驻扎新亭的李居士听说这个消息，挑选精锐骑兵一千赶到江宁，想趁曹景宗立足未稳，杀他个措手不及。初来乍到的曹景宗所部没有来得及修筑工事，而且经过连日的急行军，士兵的武器铠甲看上去破破烂烂，李居士顿时起了轻视之意，当即率军发起进攻，但没想到这支疲惫之师战斗力相当了得。李居士大败，曹景宗乘胜挺近皂荚桥，王茂、邓元起、吕僧珍带着各部随后跟进。
萧衍率部进抵新进（今江苏省南京市西南），在这里，他开始部署建康战役，具体是王茂向越城发起攻击，邓元起进占道士敦，陈伯之占领篱门，吕僧珍进占白板城，先扫清建康外围之敌，然后向宫城发动进攻。
李居士派人偷偷侦察到吕僧珍部队人数不多，于是便带着一万人直扑吕僧珍的营垒。吕僧珍对部下说：“我们人少，不可以迎战，也不可以放箭，等他们越过护城沟壕，再合力痛击。”不一会儿，李居士所部纷纷越过壕沟，拔掉木栅拒马，吕僧珍派一部分士卒登上城墙，箭矢和乱石同时发射，然后自己带着三百个骑兵，迂回到敌军背后，前后夹击，李居士又吃了败仗，丢下了无数武器装备。
短短几日，连遭重挫的李居士请求萧宝卷下令将秦淮河南岸的居民住宅全部烧毁，作为两军厮杀的战场，由此从新亭以北到朱雀桥以南的村落被烧得荡然无存。
萧宝卷只能打出最后的王牌。
他派征虏将军王珍国、军主胡虎才率领十万精锐在朱雀桥南列阵，同时让他最信任的宦官王宝孙手持白虎幡到阵前督战，他们背靠秦淮河布下战阵，没有任何作战经验的王宝孙想学习战神韩信，下令将朱雀桥吊起，准备来一个“背水一战”。
王茂、曹景宗、吕僧珍率部冲入敌阵，双方战事陷入白热化。王宝孙看到一时无法取胜，破口大骂诸将，直阁将军席豪被骂急了，怒火中烧，飞马冲入敌阵，结果被杀。席豪是朝廷军队中最能打的将领之一，听说他都战死了，朝廷军队顿时军心大乱，众人纷纷逃命，因为后路已断，所以掉入秦淮河里淹死的不计其数，尸首堆积得和桥面一样高，后面的败兵踏着这些尸体逃过河去。(www.xing528.com)
兵败如山倒，萧宝卷的手下将领看到大势已去，纷纷投降，先是宁朔将军徐元瑜献出东府投诚，驻防东宫的青冀二州刺史史桓谎称出城作战，一出城便放下武器，驻守新亭连吃败仗的李居士宣布放弃抵抗，琅琊城主张木也树起白旗，驻守石头城的光禄大夫张瑰则弃城逃回宫城。
就在萧衍步步逼近宫城，准备发动总攻时，荆州传来消息——萧颖胄死了。说是因为无力击退鲁休烈的进攻而忧郁成疾，最终不治而亡。荆州二把手夏侯详封锁死讯，物色了一位笔迹和萧颖胄很相似的人，假冒萧颖胄颁发指令。夏侯详瞒着所有人，却将这一消息第一时间报告了萧衍，同时又请求留守襄阳的萧伟增援江陵，萧伟派弟弟萧憺南下，夏侯详将荆州刺史一职让与萧憺。他这样做，是已经看到了大势，萧颖胄死后，萧宝融虽然是皇帝，但更多是个摆设，真正的权力控制在萧衍手中，识时务者为俊杰，所以他要死心塌地投靠萧衍了。
萧衍接到夏侯详的密报后不动声色，没有对外透露，他准备着对萧宝卷的最后一击。而萧宝卷此时忙着装神弄鬼，在崔慧景叛乱时，他跪拜蒋山的神灵蒋子文，给他封了一大堆官职，让这位神仙变成了南齐朝廷最大的官，说来也怪，自打封了蒋子文后，岌岌可危的萧宝卷很快平灭了崔慧景之乱，于是对这位神灵崇拜得五体投地。因此，这一次他又把蒋子文抬出来，索性加封其为灵帝，下令巫师们每天在神灵像前祈祷，希望还能逃过一劫。
但是，好运气只能有一次。
萧衍没有急于攻城，而是修筑了包围宫城的长墙，将萧宝卷困在里面。当时宫城内尚有七万兵马，萧宝卷喜欢军事，但一直没有上过战场，这次给了他机会，萧衍还没进逼宫城时，他便与侍卫、宫女、宦官们在宫里搞起了军事演习，而且搞得很逼真，好几次萧宝卷假装受重伤被抬上了木板。宫城被围后，萧宝卷在内廷都能听到外面的军鼓声，穿着大红袍登上景阳楼观察敌情，萧衍的军队正愁找不到目标，一看有人身穿如此耀眼服饰，想必一定是个大官，于是箭矢如雨而来，险些射中萧宝卷。
萧宝卷手握七万重兵，按理说可以支撑一阵子，如果能找到像萧懿那样的忠君将领前来勤王，说不定还有逆转的可能，但前提条件是要守住宫城，茹法珍请求萧宝卷拿出一部分金银财宝赏赐将士，让他们拼命抵抗，抠门的萧宝卷却不同意，茹法珍没办法，只好跪下连连磕头哀求，萧宝卷被逼急了，说道：“贼来独取我耶，何为就我求物？”意思是说，“反贼们来到这里，难道是单单取我性命吗？为何独独向我索要财物？”他的意思是要出钱大家都得出，地主家也没有余粮了。
说出如此混账话的萧宝卷算是彻底没救了。
更令人不可思议的是，他不仅一毛不拔，反而处处拔毛，皇宫后殿存有数百块木板，有些官员请求用来加强城防，萧宝卷不同意，因为他打算用这些木板兴建宫殿。不知死活的他还催促御府制造数百人使用的精致仪仗，想着等解围后，用作巡游时的幔帐。宫城里的将士看到萧宝卷这副模样，心都凉了，不愿意再为他卖命。茹法珍和梅虫儿怕将领造反，劝萧宝卷说：“高级将领不肯用心，围困局面才无法解开，应该全部诛杀！”负责守卫宫城的王珍国听到这个消息，极为恐惧，担心被杀，为了保住自己的性命，王国珍秘密派亲信给萧衍送了一面镜子，意为明镜照物，王珍国希望萧衍能看到自己的真心。萧衍的回复也很巧妙，他送给王珍国一块中间切断的黄金，这是说“二人同心，其利断金”。
心领神会的王珍国立即着手除掉萧宝卷，他找到了兖州中兵参军张齐，张齐是负责守城的兖州刺史张稷的心腹亲信，王珍国通过张齐将诛杀萧宝卷的计划透露给张稷，张稷表示愿意一起干。张齐在夜深人静时引着王珍国拜会张稷，让左右侍从全都退下，张齐亲自举着蜡烛照明，王珍国和张稷定下了诛杀萧宝卷的具体安排，他们又将计划告诉了后阁舍人钱强，钱强也答应入伙。
齐永元三年（501年）十二月六日深夜，钱强命人打开了云龙门，王珍国、张稷带人进入大殿，带刀侍卫丰勇之作为内应。这天夜里，萧宝卷在含德殿享受了一番莺歌燕舞后刚刚睡下，尚未睡熟，突然听到殿外有不寻常的动静，立即从床上跃起，从北面窗户跳出，打算跑回后宫，但通往后宫的宫门早已关闭了。
萧宝卷成为了瓮中之鳖，贴身侍卫宦官黄泰平突然拔出佩刀，向萧宝卷砍去，虽然没有砍到头，却砍中了他的膝盖。萧宝卷倒地后大骂道：“奴才，你要造反吗？！”话音未落，张齐赶上前去，一刀砍下了他的脑袋，结束了萧宝卷荒唐暴虐的一生。
萧衍得知王珍国已经得手，派张弘策带人先入宫，查封库房及档案，萧宝卷属于“人死了钱还在”的悲催类型，宫里到处散落着金银珠宝，张弘策严令手下秋毫无犯。接着逮捕了潘玉儿和茹法珍、梅虫儿、王咺之等四十一人，将他们投入大牢。
三天后，萧衍以宣德太后王宝明的名义，宣布废黜已死的萧宝卷，按照西汉霍光废黜刘贺为海昏侯的做法，废其为东昏侯。
萧衍无疑成为最大赢家，在保留原来的假黄钺、侍中、征讨诸军事职务不变的同时，又获封中书监、大司马、录尚书事、骠骑大将军、扬州刺史，封建安郡公，成为了朝廷的实际控制人，文武百官都要向他磕头行礼。他很快进驻阅武堂，开始履职，连下数道命令，先是宣布大赦，但茹法珍等四十一人不在此列，接着下令“凡是过去不合理的制度和捐税，滥用的刑罚、过分的劳役，全部废除”。又令各级官员清理萧宝卷时期积下的文案和没有处理的案件，深入了解情况，迅速处理完毕。同时对建康之战中阵亡的将士，无论是联军还是朝廷军队，允许亲属自行安葬，没有亲属的，由官府负责善后。
之后，萧衍接下来要处置步步生莲的潘玉儿。
萧衍久闻潘玉儿天姿国色，见过之后，觉得果然名不虚传，于是便动了心，打算留她为妾。为此他征询王茂的意见，王茂说：“让齐国灭亡的，正是这个女人，留下她恐怕会受到舆论的非议。”萧衍听劝，想着将潘玉儿送人，军主田安要求将潘玉儿赐给自己当老婆。潘玉儿不从，哭道：“昔者见遇时主，今岂下匹非类。死而后已，义不受辱。”最终，潘玉儿在狱中被绞死，茹法珍等人也被诛杀。
真是红颜祸水。潘玉儿和历史上一些帝王嫔妃都背上这样的骂名，一如王茂所说。对此柏杨先生相当不忿，他说：“潘玉奴不过是一个靠美色讨男人欢喜的可怜玩物而已，南齐帝国之亡，史记斑斑可考，与她有什么相干？王茂一口咬定亡在她手上，跟坚持夏王朝亡于施妹喜，商王朝亡于苏妲己一样，这种把责任移花接木的和稀泥手段，我们必须洞烛其奸。”
萧衍虽然没有得到潘玉儿，但并非没有收获，他下令将宫中二千多女子赏给将士，给自己留下两个顶级美人，一个是吴氏，后来生下了萧衍的第二子萧综，另一个是石氏，也就是梁元帝萧绎的生母。
萧衍即将开启属于他的时代。
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