萧鸾登基后，干的第一件事情还是杀人，受害者是刚刚被赶下皇位的萧昭文。
萧鸾诈称萧昭文有疾病，多次派御医去诊疗，治着治着，居然给治死了，这位只做了三个月的傀儡皇帝，没有吃上蒸鱼，却吃到了萧鸾的毒药，如果他能讲出临终感言，想必会说：“下辈子打死也不要转世到帝王之家。”
接着，萧鸾杀掉了大功臣萧谌。当初没有萧谌的帮忙，萧鸾不会那么顺利地除掉萧昭业，事实上，事发当天萧鸾引兵进入云龙门时，曾经“三失履”，就是说紧张得鞋子都掉了三次，而正是萧谌帮他摆平了一切。
两人后来产生了很大的矛盾，原因很简单——分赃不均。萧鸾在除掉萧昭业前，曾许诺事成之后让萧谌做扬州刺史，但萧鸾并没有兑现诺言。篡位前，他自领扬州牧。登基后，将这个位置给了他最信任的侄子萧遥光。萧谌对此非常不满意，经常说：“见炊饭熟，推以与人。”意思是说，自己看见一碗熟饭，却活生生地被别人吃了。他还自恃有功，干预朝政，使得萧鸾对这位“同党”越来越不放心，想找机会除之。
齐建武二年（495年）六月二十五日，萧鸾在华林园宴请尚书令王晏、领军将军萧谌等，几个人聊得不错，喝得也畅快。酒宴结束后，萧鸾特意将萧谌留下来闲谈，在萧谌离宫回府的路上，突然被宫中侍卫劫持到华林省，萧鸾派手下莫智明斥责萧谌说：“隆昌之际，非卿无有今日。今一门二州，兄弟三封，朝廷相报，政可极此。卿恒怀怨望，乃云炊饭已熟，合甑与人邪？今赐卿死。”意思是说，“如果没有你，我的确很难成功，但是，你们家有两个刺史，三个兄弟被封了侯，给你们的回报够丰厚了，可你仍心怀不满，竟然说饭熟了，碗却送给别人的话，现在，赐死你。”看来，萧谌所言“见炊饭熟，推以与人”极大地刺激了萧鸾。他知道难逃一死，遂对莫智明说：“上天距离人间并不遥远，我与皇上杀齐高帝、齐武帝诸王，也是你传达的旨意，如今我死了，回来还将取你的性命。”说罢，萧谌被杀，说来也巧，莫智明跟着也死掉了。
接下来轮到另一功臣王晏人头落地了。
王晏出身琅琊王氏，在萧氏皇族大火并时，其他大族都在冷眼旁观。陈郡谢氏的谢朏给五弟谢瀹送了几斛酒，告诉他：“少管闲事，安心喝酒。”萧昭业被杀后，有人将消息告诉了谢瀹，他当时正在与友人下棋，闻讯后面无表情，接着把棋下完，然后回卧室睡觉去了。即使在琅琊王氏内部，不少人劝王晏不要那么积极，堂弟御史中丞王思远劝他道：“哥哥蒙受世祖厚恩，今日一旦帮助别人做这种事情，他也许可以权且任用你，但不知你将来如何立身。”王晏不听，卖力投靠萧鸾，杀掉萧昭业后，他拍手自夸道：“公经常说我胆怯，你看今日如何！”王晏的作为，为名门大族所不齿。
王晏自感立下了很大功劳，不由得膨胀起来，当上骠骑将军后，把本家子弟召集起来，对王思远之兄王思微说：“隆昌末年，阿戎（王思远小名）劝我自裁，我如果听他的话，岂有今日。”王思远听闻后说道：“像我所预见的那种后果，还在后头呢！”果不其然，王晏在用人问题上与萧鸾发生了争执，这让萧鸾颇感不满。
王晏是个忘恩负义之徒，齐武帝萧赜生前对他很信任，光写给他的手敕就有三百多份，都是讨论国家大事的，萧鸾看了这些手敕，发现王晏曾经阻止萧赜任命自己为吏部尚书，觉得此人是个“两面派”，于是对王晏的忠诚度打上了一个大大的问号。(www.xing528.com)
萧遥光劝萧鸾趁早杀掉王晏，萧鸾有些犹豫道：“王晏为我立有功勋，而且并没有犯罪。”萧遥光说：“王晏尚且不能为武帝忠诚效力，又怎么能为陛下您效忠呢？”这句话让萧鸾陷入了深思，开始考虑解决王晏的事情。而王晏毫无警觉，依然我行我素，一心指望能开府，多次叫相面的来看自己，以为自己必将大富大贵。他和宾客在一起说话，经常把闲人赶开，萧鸾听说后，疑心王晏要谋反，便有了杀掉王晏的念头。
这时，有人秘密告发王晏将要阴谋作乱，说他想趁萧鸾去南郊祭祀天地时发动政变，说来也巧，此时恰好发生了老虎闯入祭坛的事情，萧鸾疑心重重，下诏临时取消了原定的计划，也是王晏该死，不知情的他依然力劝道：“祭祀天地，事关重大，务必请陛下走一趟。”这更坐实了王晏的“阴谋”，萧鸾下令把王晏召来，在华林省将他诛杀。
萧谌和王晏之死只是小插曲，萧鸾的主要目标还是萧氏皇族，篡位前他杀了不少，登基以后，萧鸾暂时按下了暂停键，不过在齐建武五年（498年）正月后，他又重开杀戒，这与贺新春直接相关。每年春节，齐高帝、齐武帝在世的子孙们都要成群结队地向萧鸾恭贺新春，在这年贺新春仪式上，萧鸾看到高帝、武帝的子孙们个个长大成人，想到自己的子侄辈年纪幼小，重新陷入了焦虑，回宫后他对妃嫔说：“朕和司徒的儿子们年纪都很小，但高帝、武帝的子孙们都已经长大，朕心中深为忧虑。”
萧鸾找来最为信任的侄子萧遥光商议诛杀事宜，萧遥光认为不能操之过急，一个一个来，以免引起强烈反抗，萧鸾开始觉得有理，但转而一想自己身体状况一天不如一天，于是决定进行集体屠杀，便在一日之间杀掉了河东王萧铉、临贺王萧子岳、西阳王萧子文、永阳王萧子峻、南康王萧子琳、衡阳王萧子珉、湘东王萧子建、南郡王萧子夏、桂阳王萧昭粲、巴陵王萧昭秀等十个王爷。至此，齐高帝、齐武帝、文惠太子的儿子们被杀绝。
萧鸾到底杀了多少萧道成、萧赜的后代呢？历史统计为二十九人，抚养他长大的齐高帝剩余的八个儿子，全部被他杀死。对他很不错的堂兄齐武帝活着的十六个儿子，无一幸免，文惠太子萧长懋的四个儿子，也全部送命，他甚至连尚在襁褓中的婴儿也不放过，场面无比血腥，令人惨不忍睹。
萧鸾不仅能杀，更能装。每次杀人前，他都要焚香拜佛，装模作样哭上一场，柏杨先生形容这是“鳄鱼的眼泪”，他认为：“萧鸾是一个小动作特别多的老流氓，在屠杀他的恩人亲属前，也会流下眼泪。这不是良心责备，而是希望别人对他产生‘天良未泯’‘迫不得已’的印象。在一口气屠杀十个亲王之后，才命有关单位告发那十个亲王谋反。奇妙处不在于死后告发，而在于萧鸾竟驳回这项告发，必须等有关单位继续坚持，他才勉强批准。”
萧鸾这一番表演，一次两次下来，已经成为套路。群臣们都知道了这是行动暗号，每次他一烧香拜佛，就意味着有人要人头落地。杀了如此多的人，萧鸾也后怕，因此他深居浅出，难得出入一次皇宫，每次出门都要先行占卜，为了预防不测，他挖空了心思，明明往东，偏偏宣称往西，明明往南，对外宣称要往北，声东击西，不让人掌握他的真实行踪。
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