萧道成和以往开国皇帝一样，登基之后首先论功行赏：他下诏晋升褚渊为司徒，算是对这位“伯乐”长期以来对自己关照支持的一种报答；加封十分卖力劝进的王俭为尚书右仆射兼吏部尚书。
有人欢喜有人忧，一直不表态的谢朏处境变得艰难，萧道成给了他几次机会，他却不愿意改变自己立场，甚至在萧道成的登基仪式上，继续抱着非暴力不合作态度。当时群臣到齐，仪式即将开始，按照规矩，应当由当天值班的侍中去解下宋顺帝刘准身上佩戴的玉玺，恰巧那天轮到谢朏值班，传令官找到他，他却故作不知问：“有何事？”传令官说：“解下玉玺献齐王。”谢朏撂挑子说道：“这事用不着我，齐国有自己的侍中去干这种事情。”说完，他便想倒头大睡，传令官怕担责，建议谢朏称病，让其他人去取，谢朏不干，离开宫城堂而皇之地回到家中。萧道成没办法，只好临时任命王俭为侍中，去解下玉玺。尘埃落定后，有人劝萧道成杀掉谢朏。萧道成没有采纳，他说：“杀了他反而成就了他的名声。”谢朏自感京城已经待不下去，便主动上书要求外派。萧道成借此下令将他禁锢五年，就是五年内他不得为官。
谢朏虽然被禁官，他的气节却赢得了不少人赞誉，这给“一生侍两主”的褚渊带来了很大压力。许多朝臣非常看不上他。褚渊的眼睛看起来眼白（白眼珠）较多，朝中反对者称其为“白虹贯日”，认为这是齐室将亡的征兆。当时民间还有歌谣流传：“可怜石头城，宁为袁粲死，不作褚渊生！”
有一次上朝，褚渊用扇子遮挡刺眼的阳光，征虏功曹刘祥从他旁边走过，嘲讽道：“你做出这样的事情，早该羞愧得没脸见人了，用扇子遮掩有什么用？”褚渊大怒道：“你这个寒士怎么出言不逊！”刘祥寸步不让道：“我不能杀袁粲和刘秉，以换取富贵，活该当个寒士。”言语间充满对褚渊的不屑和愤懑。又有一次，太子萧赜宴请百官，褚渊和右卫军沈文季话不投机。他一向看不起行伍出身的沈文季。沈文季借着酒劲骂道：“褚渊一向以忠臣自居，我真不知道，他死以后又有什么脸面去见宋明帝。”
更让褚渊感到狼狈的是，他为湘州刺史王僧虔送行，不慎掉到水里，被捞起后遭到了在场的谢超宗的奚落，戏称他是“落水三公”，并道：“这真是天意啊，天地不容的人，扔给河伯，河伯都不愿意要。”
受到朝中大臣嘲讽也就罢了，连亲戚也看不上他，他的堂弟褚炤素来不满这位堂兄身仕两朝，对侄子褚贲说：“我真不知道你父亲把一家物件交给另一家，算怎么一回事。”后来，他听闻褚渊被封为司徒，叹息道：“褚渊从少年时便操行出众，不料今日猖狂到如此地步。倘若他在担任中书郎时便死了，还能落得一个名士之名。如今他的名誉和德行全都败坏了，却偏偏能得高寿，真是家门不幸啊。”
来自外部的压力使褚渊有些不堪重负，所以坚决推辞了司徒的职务，萧道成改任他为司空、尚书令兼中书监。
和大部分篡位者一样，萧道成对前朝皇族丝毫没有手软，在他登基二十五天后，退位后被封为汝阳王的刘宋末代皇帝刘准死了，公开的报道是因病而死，实际上是被萧道成派去看守他的武士所杀。接着，萧道成又杀掉了刘燮等刘宋宗室，不论大小诛杀殆尽。
安排好权力布局，杀完了前朝宗室，萧道成开始了他的治国历程。他向儒学大师刘瓛请教治国之策。刘瓛回道：“陛下汲取刘宋的教训，加之以宽厚，那么，即使危险，也会转危为安。假如重蹈其覆辙，那么即使平安，也会出现危险。”萧道成对此深以为然。于是，他对刘宋时普遍认可的政策依旧沿用，对存在的一些弊端予以改革。
刘宋后期，国家百业凋零，百姓走投无路，而富豪之家竞相奢侈，山野之民甚至不敢去采集水草充饥，萧道成为此下诏：“东西宫的各位王爷，均不得修建别墅，霸占山川湖泊。”自宋明帝刘彧开始，内乱不断，为了更好地平定叛乱，刘彧允许将帅们可以自行招募士兵，组成私人武装，这对朝廷构成了较大威胁，萧道成下令禁止私人招募军队。同时他“修建儒学，精选儒官”，招揽人才。减免赋税，安抚流民，通过一系列举措，使得新生的齐王朝渐渐走上了正轨。
这位开国皇帝最大的闪光点还不是治国能力，而是节俭的作风。在这方面，他堪称表率。萧道成下令将宫殿、御用仪仗等凡用金、铜制作的器具全部用铁器替代，衣服上用的玉佩、挂饰等统统取消。他发现主衣库中有玉导，也就是帽子上的玉簪，立即命令将其敲碎，以此表明自己厉行节俭的决心。内殿的帐子、宫人穿的鞋子，都改用朴素的料子。据《南齐书》记载，萧道成继位后，吃饭只吃素食，部下陈显达看不下去，献了一道肉食，萧道成这才改善了一顿。
萧道成不仅自己节俭，更致力于扭转崇尚奢靡的社会风气，为此下令禁止民间使用各种华丽饰物，不得将金银制成金箔银箔，马鞍等不能使用金银装饰，不能用金银铸像，甚至不准织绣花裙，不准穿着锦鞋子，这些举措“历代所未有”。萧道成之所以这样做，用他的话来讲：“假使让我治理十年天下，我将让黄金和尘土一个价钱。”
萧道成的治国理念还未完全付诸实施，北魏来找麻烦了。
当时北魏是冯太后当政，她想趁南边政权更迭趁火打劫，给出的理由是为刘宋王室报仇，这是因为宋文帝刘义隆的第九子刘昶因受前废帝刘子业的迫害，抛家弃子带着亲随投奔了北魏。北魏对这位落难王爷很不错，不仅拜他为侍中、征南将军，封他为丹阳王，还把一个公主许配给了他，使得刘昶成为了北魏的驸马爷。虽然备受礼遇，但刘昶始终心怀故国，每次提到南朝之事都眼泪横流，悲戚之情使得北魏群臣动容。
萧道成杀掉刘氏宗亲后，冯太后以孝文帝拓跋宏的名义下诏给刘昶说：“爱卿审时度势，率先来投，你的宗族被灭门，朕听说后，又气愤又伤心，朕将派大军讨伐，为民除害，等到天下平定，将南方赏赐给爱卿，让你做南方属国国王。”话说得冠冕堂皇，实则是冯太后找的借口，她真正的用意是想趁萧齐刚刚建立，国内人心不稳之际，出兵多占一些地盘，为北魏留下更大的战略纵深。
建元元年（479年）十一月十五日，北魏军队正式向齐朝发动进攻。魏军兵分三路，东线由广阳王拓跋嘉率军向淮阴进攻，中路陇西公拓跋琛主攻的方向是广陵，西线则由河东公薛虎子统领向寿阳发动进攻，刘昶也随军南下。
萧道成对北魏用兵早有预判，毕竟他长期驻守刘宋的边境，对北边魏军的动向一直以来都高度警惕，继位伊始，便对北边防御做了有针对性的部署，调任王敬则为南兖州刺史、都督五州诸军事。调任周山图为兖州刺史，柳世隆为徐州刺史，垣崇祖为豫州刺史，以萧赤斧为雍州刺史，将荆州和湘州合并，由次子萧嶷出任刺史，做出这样大规模的人事调整，将能干的或能打的都安置在重点地区，主要着眼于防范北魏的进攻。
从一件事情可以看出萧道成预估之精准，在豫州刺史垣崇祖上任前，萧道成对他说：“我刚刚得到天下，北魏肯定会以送还刘昶为名，侵犯我们边境，寿阳是魏军南下的要道，只有你在此驻守，方能防御他们。”(www.xing528.com)
一语中的！
北魏确实是以送还刘昶的名义南下，寿阳确实成为了决定胜负的要地，而垣崇祖也确实成为了改变战局的关键人物。
双方的战斗首先在东线和中路打响，拓跋琛率部攻陷了齐军在淮河南岸的军事重镇寿阳东北的马头城，诛杀南齐太守刘从。然后直扑南齐徐州刺史治所钟离（安徽凤阳东北的临淮关），想一鼓作气，彻底撕开南齐的淮河防线。此时任南齐徐州刺史的是崔文仲。两军对阵是怎么打的，史书上写得很简略，就一句“文仲击破之”，结果是崔文仲不仅抵住了魏军的攻击，还发起了攻击，派部将崔孝伯等人率军强渡淮河，攻下了茬眉戍、竹邑（安徽宿州符离集）、淮阳（江苏睢宁县），取得了大捷。
有好消息也有坏消息，坏消息是南兖州的治所广陵被拓跋琛占了。负责防御的南兖州刺史王敬则被魏军吓得尿了裤子，没等魏军打来，就骑马逃回了建康城，结果弄得南兖州军民乱成一团，城池很快便失陷了。要知道南兖州治所广陵离淮河还有几百里呢。萧道成没想到王敬则如此不争气，气得胡子直翘，因念王敬则是开国功勋便饶了他一次。萧道成急命护军将军陈显达接替王敬则的职务，全权指挥淮河中下游的齐军，立即组织反击，总算稳住了中线战局。
焦点集中到了西线，魏军占有两大优势：一是主力集中在西线，号称有步骑二十余万之众；二是刘昶也在西线，他路过彭城时，在母亲的故居哭得死去活来，然后又向魏军将士下拜，痛哭流涕地陈述自己家国灭亡，流落异域的悲惨遭遇，讲得声情并茂，非常有感染力。魏军将士感叹不已，士气大振。
考验垣崇祖的时候到了。
垣崇祖认为敌众我寡，按照常规战法恐怕难以御敌，他提出在淝水上筑坝，寻机水淹敌军。但众部将不太同意，主要是这个想法太大胆，没有先例，恐怕难以成功，他们建议舍弃外城，固守内城。垣崇祖坚持己见，他说服大家道：“如果舍弃外城，敌人就会以此为基地从容攻城，我们只能坐等生擒。固守外城，修筑堤坝，水淹敌军，方有胜机。”
于是，他下令在寿阳西北方向修筑堤坝，并在堤坝旁边修了一座小城，里面驻有数千军士，周边挖了很深的壕沟。垣崇之的想法是，魏军肯定会先攻小城，以消除攻打寿阳的后患，在小城里的将士拼死抵抗时，毁掉堤坝，水淹北魏大军。
果不其然，魏军首先对小城发动了攻击，寿阳城上的垣崇祖密切观察着魏军的动向，见时机成熟，他下令决堤，霎时间湍急的水流向魏军涌来，魏军躲避不及，顷刻间被淹死数千人，寿阳城周边成了泽国。剩下的魏军无法组织攻城，只好撤退。
垣崇祖立下了大功，此人很自负，当年他与萧道成初次见面，就自称韩信、白起。听到寿阳的捷报，齐高帝萧道成非常高兴，对群臣道：“垣崇祖向我保证，一定能击败敌人，果然说到做到，他经常自比为韩信白起，真是如此啊！”下令晋升他为都督、平西将军，增加食邑一千五百户。
刘昶看到已无取胜机会，上书太后说雨季将要来临，请求暂时班师回朝，这不过是个借口，真正原因是这仗无法再打下去了。冯太后只好同意，魏、齐第一次交手，以齐军获胜而告终。
垣崇之的英雄壮举并没有结束，他担心魏军转而侵犯淮北，上奏请求将下蔡城（今安徽凤台）迁往淮南，过了几个月，魏军果然来攻下蔡，发现下蔡城已迁址。垣崇祖手下部将担心魏军会驻扎在下蔡旧城，垣崇之说道：“下蔡距离我们这里很近，魏军怎敢屯兵，他们只想破坏旧城，我正担心他们会逃跑，而杀不完他们呢！”垣崇祖亲率军队，渡过淮河，魏军正在忙于毁坏旧城，对齐军来袭根本没有防备。垣崇祖大败魏军，追杀数十里，杀死和俘虏一千多人。
冯太后并不甘心失败，转过年来，她又下令伐齐，这次主攻方向是淮阳（今江苏淮安），“打虎亲兄弟，上阵父子兵。”这一次该一对父子猛将闪亮登场了，为父的是老将周盘龙，儿子是周奉叔，他们奉命跟随领军将军李安民驰援淮阳。
淮阳城下，周奉叔率先杀入敌阵，很快陷入重围。周盘龙单槊匹马去救援儿子，已经杀出一条血路的周奉叔，见到父亲一直未能杀出敌阵，再次掉转马头，重新杀入敌阵。就这样，周家父子互相寻找，来回冲杀，把上万魏军杀得稀里哗啦。李安民率军乘势掩杀，魏军大败，被杀伤上万人。
北魏丝毫没有占到便宜，反而损兵折将，南齐刚刚立国，也无意北伐。因此此战后，双方大规模的战争就此停止，把精力转移到恢复发展生产上，萧道成对从淮北流落到长江以北的流民进行“土断”。北魏那边，孝文帝下诏：“乃者边兵屡动，劳役未息，百姓因之，轻陷刑网，狱讼烦兴，四民失业，朕每念之，用伤怀抱。农时要月，民须肆力，其敕天下，勿使有留狱久囚。”都不想打，也无力再打了。
萧道成在两次战争间隙，干了一件大事，便是修筑了建康的城墙。东晋虽然建都建康，但不知为何，一直没有修城墙，只在外城修筑了六个城门楼子，城门之间是篱笆墙，换句话说，整个建康城都是用篱笆围着。有人说：“白门三重关，竹篱穿不完。”白门就是宣阳门，意思是说，宣阳门虽然设立重重关口，但人们基本都不走城门，从篱笆墙穿行。萧道成听后很受触动，下令用砖砌墙，形成了以中轴线为基准，主要建筑物左右对称的风格。建康城的这种布局，又成为了以后北魏重建洛阳的范本。
萧道成一不留神成了城市总设计师。
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