1937年3月，陕北省委指示，绥清中心县委撤销，重建中共清涧县委。张家修任县委书记。7月，中共清涧县委划归中共陕北东分区委领导。此后相继秘密恢复和组建了解家沟、高杰村、店则沟、老君殿、淮宁湾、折家坪6个区委。至8月，全县有共产党员1750人。9月，清涧县委隶属陕甘宁边区党委。11月，中共清涧县委归属中共绥德特委（1941年1月绥德特委改为绥德地委）领导。
抗日统一战线虽已形成，清涧等县仍被划为统一战线区，中共清涧县委对外保密，名义上是八路军警备三团下设的民运科，县、区委书记均以八路军驻军代表（民运科长、干事）的公开身份与国民党政府进行特殊的合作与斗争。
1937年7月至1938年8月，中共清涧县委下设7个区委，即中共解家沟、高杰村、店则沟、折家坪、城关、石嘴驿和老君殿区委。1938年6月，日军侵占黄河渡口军渡，妄图进犯陕甘宁边区。9月，为配合八路军绥德警备区巩固河防，绥德特委奉陕甘宁边区党委指示，在绥德、清涧、延川黄河沿岸地区成立中共河防县委（工委），对外称警备三团民运股，李光业任书记，李子洲、白振华、李巨民分别任组织、宣传和军事委员。辖绥德枣林坪、定仙墕，清涧解家沟、高杰村和延川东阳区等黄河沿岸地区。机关驻绥德界首村，辖地河防区委同时受当地中共县委领导。中共河防县委领导辖区党员群众与警备部队一起，在严密监视日军活动的同时，坚持同国民党反动派进行斗争，有力地调动了群众的抗日积极性，全民动员巩固河防，粉碎了日寇妄图突破黄河天险进攻陕甘宁边区的妄想。
1939年下半年，斗争形势好转，中共清涧县委又派部分共产党员到联保任职，充实了党的领导。(www.xing528.com)
1940年初，国民党清涧县政府县长李鹏飞在群众的抗议声中弃职逃跑。清涧县民主政府成立，改组了原有的国民党联保，县、区、乡党组织由秘密转为公开。2月，中共河防县委撤销，辖区归所属中共清涧县委领导。7月，全县共产党员增至1853人。1938—1941年，为了进一步加强党的战斗堡垒作用，中共清涧县委先后组建了城关、石嘴驿、新社区3个区委，充实了各区委的工作机构，调整了部分区委辖区。1941年1月，绥德特委改为绥德地委，清涧县委仍属其领导。1942年9月，老君殿、淮宁湾区委划归西川（子洲）县委。1943—1944年，组织干部群众开展了规模空前的整风运动和反奸反特斗争。克服了一些党员干部存在的主观主义、宗派主义和教条主义作风。加强了党风政风建设。1944年6月，中共清涧县委共辖7个区委，1个政府党组（次年8月撤销），38个支部。
截至1945年1月，清涧县共产党员已经发展到1993人（其中农民占90%以上）。在整个抗日战争期间，清涧党组织不断发展壮大，党的领导始终成为清涧人民革命斗争的核心。为顺利展开党的活动，贯彻党的统一战线方针、政策提供了组织保证。
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