1982年7月30日，兰州—嘉峪关—敦煌往返航线开启。此后又相继开通了兰州—嘉峪关—乌鲁木齐、西安—兰州—嘉峪关往返航线，航班由An-24或BAe-146飞机执行。乘客凭单位介绍信购票。1993年，民航体制改革，机场与航空公司分家。
2001年1月采用机场作媒、政府补贴、企业包机、公司运营的形式，重新开通了西安—兰州—嘉峪关往返航线，由海航DOR-328执飞，每周3班。2002年西安—兰州—嘉峪关航线改为正班，每周执飞4班，2004年6月调整为每日1班。
2002年7月，乌鲁木齐—敦煌—嘉峪关往返航线开通，由新疆航空公司ATR-72执行，每周2班。
2003年12月，开通北京—兰州—嘉峪关往返航线，由山东航CRJ-200执飞。
2006年8月，兰州—嘉峪关往返航线开通，由海航B-737执行，每日执飞一班。(www.xing528.com)
2007年，开通嘉峪关—西安—上海、嘉峪关—兰州—北京、西安—嘉峪关—敦煌等3条往返航线。6月起每周航班14班，单月旅客吞吐量突破万人次。上海、北京航线航班平均客座率由执飞初期的44.3%、65.6%分别上升至72.4%、78.3%。2009年，结合航班换季，上海航空公司将上海—西安—嘉峪关、北京—兰州—嘉峪关往返航班各由4班/周增至7班/周。共推出嘉峪关经西安至全国的20余条中转航线，航班平均客座率上升至86.2%。
1999—2008年，年旅客吞吐量以年均167.4%的速度增长，1999年4021人次，2010年达13.35万人次；货邮吞吐量1999年为58吨，2010年201.2吨，增长近3倍。飞机起降架次1999年为182架次，2010年为1420架次，为1999年的7.7倍。（1999—2010年嘉峪关机场公司客货运输业情况见表15-3-1）
表15-3-1 1999—2010年嘉峪关机场公司客货运输业情况统计表
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