马山县在秦时隶属桂林郡地，汉属胶州郁林领方县地和增食县地。三国时期属广州郁林郡的临浦县和增食县地。晋属广州郁林郡新林县地。唐属岭南西道邕州都督府羁縻思恩州地。宋至道三年（997年），属广南西路邕州右江道羁縻州思恩州。元至正二十三年（1363年），属广西两江道宣慰司、广西行中书省田州路思恩土州地。明洪熙元年（1425年），思恩土州知州岑瑛将州辖地分设13个堡，在马山县境内设白山、兴隆、乔利、古零、那马、定罗6个堡，这是马山县最早的基层政权设置。
明正统四年（1439年），思恩州晋升为土府，知州岑瑛也晋升为思恩知府，正统六年（1441年）又改为思恩军民府。明嘉靖七年（1528年），左都御使王守仁奏请朝廷获准，将思恩府治从马山县境内的乔利堡拉旧屯迁至武缘县的荒田驿（今南宁市武鸣区府城镇）。
2004年4月，马山金钗镇六卓岭考古发掘出新石器时代的石器，表明马山县早在新石器时代已存在人类文明（马山县档案馆供图）(www.xing528.com)
新思恩府在府城成立以后，将府辖地设9个世袭土巡检司，在马山县境内设有白山、兴隆、那马、定罗、古零等5个世袭土巡检司。到了民国四年（1915年），经改土归流，由白山、兴隆、古零等3个土司和都安的安定土司所辖的金钗及上林县的上下六甲、武缘县（今南宁市武鸣区）的杨圩合并，取名隆山县。由那马、定罗两个土司及平治县（今平果市）的都勉、贡川合并为那马县。
中华人民共和国成立以后，1951年7月1日，那马县与隆山县合并，前者取“马”字，后者取“山”字，合并成马山县。马山县成立以后，归原南宁地区行政公署管辖。1988年，从马山县划出部分乡镇归大化瑶族自治县管辖。2003年6月27日起，马山县划归南宁市管辖。
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