李璮之乱犹如昙花一现，仅短短四个月便匆忙凋零了。但是，对忽必烈的统治政策，乃至时局产生的影响是深远而绵长的。
忽必烈依靠盘踞各地、世袭兵权的世侯的支持取得汗位，也依靠他们的力量迅速平叛了李璮，但李璮的叛乱也暴露出汉地世侯势力的壮大对蒙古政权的严重威胁。被李璮的起叛事件牵扯进去的世侯诸多，忽必烈趁机削弱了他们手中兵权。以史天泽为首的各地军阀纷纷主动交出手中的兵权，这样忽必烈解除了内患。与此同时，忽必烈又在地方上实行军民分治，分益都军民为二，董文炳领军，撒吉思领民。以后这一制度在各地普及推广，诸路管民官理民事，管军官掌控兵戎，从而把各地的兵权进一步集中到皇帝手中。取消汉人诸侯的封邑，归还朝廷。禁止民间私造私藏兵器等，甚至两户以上合用一把菜刀，连同枢密院设立和中书省的加强，使集权统治更加巩固。
李璮叛乱事件结出最硕大的一枚恶果，便是忽必烈痛下狠手杀掉极为器重的平章政事王文统，这次余震带来的破坏力甚至比李璮叛乱本身更让忽必烈始料未及。王文统勾结叛党及知奸不报之罪，开始在忽必烈心里投下对汉人质疑的阴影。
李璮举兵叛蒙后，忽必烈风闻王文统暗中遣其子王荛向李璮通风报信的消息，赶回朝中，立刻召见王文统，质问其李璮谋反之事。等王文统在几名蒙军卫士的押解下走进汗帐时，心中极为悲凉，他相信能够把李璮起叛的来龙去脉向忽必烈解释清楚，加上忽必烈爱才如命，自己罪不至死。起初，他尽量装出一副无辜的架势，似乎唯有如此，才能彰显出他的清白。
现在，王文统从一个位至极品的朝廷重臣沦为阶下囚，又一次来到忽必烈身边，大有沧桑之感。
面对忽必烈的质问，王文统拒不认罪，企图存全蚁命。这时，忽必烈摆出王文统曾写给李璮的三封书信，信中有“期甲子”（景定五年，1264年）之语，便逼问是何用意。当王文统见到书信后，“错愕骇汗”，供认不讳，“李璮久蓄反心，以臣居中，不敢即发，臣欲告陛下缚璮久矣，第缘陛下用兵北方，犹未靖也。比至甲子，犹可数年，臣为是言，姑迟其反期耳”。
忽必烈闻言，厉声斥问道：“勿多言。朕拔汝布衣，授之政柄，遇汝不薄，何负而为此？”
此时，王文统不敢直视忽必烈，仍枝辞傍说，终不自言“臣罪当死”。不待王文统百般解释辩白，忽必烈厉声怒吼道：“事已至此，都是你咎由自取，自作自受。”
见忽必烈杀意已决，王文统吓得顿时脸色煞白慌了手脚，强装的镇定不复存在了。
忽必烈喝道：“罪大恶极的叛臣逆子，定斩不饶。”
王文统泪流满面，身体哆嗦着，身体再也跪不直了，如稀泥般瘫软在地上，押解他的卫士连忙提着他重新跪好。
忽必烈一挥手，走过来几名彪悍的卫士架起王文统，拖到帐外就地正法。(www.xing528.com)
1262年二月二十三日，忽必烈以与李璮同谋之罪，诛杀王文统及其子王荛。王文统犯知情不报之罪，处以死刑而罪有应得，但其子招致被诛，实属冤枉。再有王文统平时为人较为苛刻，得罪了众多儒家义理派名臣，关键时刻无人搭手相救，也是被处以死刑的重要原因。
肱股之臣的背叛，接连几天，使忽必烈寝食难安。接着，忽必烈回溯王文统的来路，他必须弄清楚是谁把王文统举荐到自己身边的，并位居平章政事之职。
包括现在仍身居要职的廉希宪、张易、商挺、赵良弼、刘秉忠等旧勋汉臣，都是相互举荐而云集于忽必烈身边的。多人向他举荐、推崇或赞誉过王文统，毫无疑问，他们统统被列入重点怀疑对象。恰巧这时，兴元同知费寅又上告廉希宪是王文统在西南的朋党，同时牵连到商挺、赵良弼等人。忽必烈极为愤怒，急忙下令悉数逮捕，连日审讯。后因姚枢替他们讲情，极言商挺、赵良弼对元廷披肝沥胆、别无二心，并且以阖门百口担保。忽必烈查明费寅乃为诬告，廉希宪、商挺和赵良弼得以无罪释放。
蒙古谚语：“牧人的胸中能驰骋九十九匹骏马，却拴不得一只虱子。”忽必烈虽贵为皇帝，也是如此。汉臣投在忽必烈心里的阴影，始终抹杀不掉。
另外，汉臣党同伐异，相互攻讦。王文统本来是他们举荐来的，可是凭借言利而晋升为平章政事，却为他们所嫉。对刚刚草创的元朝帝国而言，急功近利是必然的，善于理财的王文统在忽必烈眼里当然比那些只善于舞文弄墨的谋士更为实用。
王文统刚刚走马上任，窦默就依傍王鹗、姚枢多次在忽必烈面前，斥责王文统学术不正，并扬言：“久居相位，必祸天下！”
当忽必烈强抑着心中的愤懑，反问道“那么，你说谁可为相”时，窦默推荐许衡，许衡又推荐窦默，始终没有举荐出最佳人选。
说实话，忽必烈真看不惯他们只善于纸上谈兵的伎俩，便怒气冲冲地拂袖而去。
工于心计的王文统也不甘示弱，便以平章政事的身份奏请忽必烈，授予姚枢为太子太师，窦默为太子太傅，许衡为太子太保。王文统如此安排，实际上是调离三人在中书省当顾问。一句话，就是用明尊暗贬的办法，调离他们参与朝政、日侍忽必烈的职位。
窦默因屡次攻讦王文统而惹得忽必烈心烦意乱，与姚枢商议，欲以教授太子到东宫避祸。而耿直倔强的许衡却据理力争，擎着麻纸诏书，跪在忽必烈必经通道之处，坚持辞请，一连数日，不肯受命。对于此举，朝臣交头接耳窃窃私语，对元廷造成很大的负面影响。王文统无奈之下，只好再呈请圣上：改授姚枢为大司农，窦默为翰林学士，许衡为国子祭酒。
经此李璮叛乱的风一吹，忽必烈和金莲川幕僚们的“蜜月期”俨然已逝。
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