雍正朝的一些革新政策，是君臣通过奏折反复磋商确定并执行的，摊丁入亩制度，耗羡归公及养廉银制度，改土归流政策，治河方略的讨论，均为显例。
摊丁入亩制度的议定过程与推行。雍正元年（1723）六月，山东巡抚黄炳上奏折，议请实行并丁银于钱粮的赋税制度，雍正帝不但不接受，反而责备他“冒昧渎陈”。[11]七月，直隶巡抚李维钧也用奏折提出同样的建议，雍正帝改变态度，命户部讨论，“熟筹利弊，期尽善尽美之效”。[12]九月，户部同意李维钧方案，雍正帝仍不放心，令九卿翰詹科道共议，后者提出若干问题，遂令李维钧细筹善策，李维钧作出详细而具体的政策规则，十月再上奏折，雍正帝认为“筹度极当”，遂令于下年正式实行。[13]如此革新大事，李维钧害怕实行后遭到“权势嫌怨”，又上奏折表现出担忧心情，雍正帝鼓励他相信自己、相信皇帝，照直做去。[14]同时指示黄炳，让他参考直隶的细则，也在山东实行，黄炳于十一月折奏，请于明年施行。摊丁入亩制度就这样以奏折为媒介，在皇帝与疆吏、朝臣间往复商讨议定的，并陆续在全国实行。
耗羡归公政策的商定。雍正元年（1723）五月，湖广总督杨宗仁上奏折，议请部分地实行耗羡归公，雍正帝赞扬他“所言全是”，同意进行。[15]同年，晋抚诺敏提出全面耗羡归公及利用部分耗羡银作养廉银的建议，雍正帝批准实行。二年（1724）初，河南巡抚石文焯同样议请推行耗羡归公与养廉银制度，雍正帝朱批：“此奏才见著实，非从前泛泛浮词可比，封疆大吏，原应如此通盘合算。”同意施行。[16]于是耗羡归公制度率先在晋、豫二省实施。雍正帝拟向各省推广，令九卿会议，内阁表示反对，雍正帝转让地方官参加讨论，山西布政使高成龄上奏折说明耗羡提解的好处，其一是发放养廉银，以免滥征火耗，他说州县官私征火耗，以补充俸禄与办公费用的不足，但其上司没有额外收入又不能枵腹从公，就会接受州县官的节礼，这钱还是出在火耗项上，不如全省征收，给各官养廉银，这样上司也不能再勒索属员，倒免得州县官借口苛征里甲。他还讲明耗羡归公不是增加火耗，而是减少原来的加派成数，况且耗羡归公，若州县官多征，也是上交，于他无益，他为什么去滥加成数？高成龄还看到火耗私征不利于上司管理下级，因为收州县官节礼，甚至受贿赂，怎么能去教育他们！高成龄的结论是：“耗羡非州县之己资，应听分拨于大吏；提解乃万全之善策，实非为厉于属员。”[17]他的说理明晰有力。雍正帝将它发给廷臣讨论，最后决断，全面推行。
改土归流政策的制定。改土归流是一种趋势，雍正帝起初并不赞成，在广西巡抚李绂的奏折上批云：“土官相沿已久，若一旦无故夺其职守，改土为流，谁不惊疑？”[18]三年（1725），贵州提督马会伯奏请推行改土归流，朱批让他同云南巡抚、管云贵总督事鄂尔泰协商：“览所奏数条，虽属有理，然不可轻举妄动。鄂尔泰慎重明敏，实心为国人也，诸凡与之详细商酌而行。”[19]四年（1726），鄂尔泰折请在贵州进行改土归流，并以武力强制作保证，雍正帝大为欣赏，朱批：“量尔料理，必得事情之中也。事定之时，应具本题奏，当以军功赏叙。”[20]三四年间对朱批奏折的议论，终于将改土归流的大计确定下来。(www.xing528.com)
疏浚运河之议的被否定。李绂当面向雍正帝建议疏通淮扬运河，雍正帝觉得有理，命他同河道总督齐苏勒商讨；齐苏勒遵旨折奏，工程浩大，不宜轻定，拟于实地考察之后，再提出具体意见。雍正帝对其持重态度颇为赞赏，朱批：“此事关系甚大，岂可孟浪，若徒劳无益，而反有害，不但虚耗钱粮，抑且为千古笑柄；倘果于国计民生有益，亦不可畏难而中止，总在尔详悉筹划妥确，将始终利益通盘打算定时，备细一一奏闻。”[21]康熙朝治河专家靳辅之子靳治豫奏称，滚水坝无益，减水坝有利，雍正帝让他到齐苏勒处商讨。一位官员折陈河工备料中的弊端，雍正帝匿去具折人的姓名，朱批让齐苏勒“尽心筹划”。[22]河工的兴修与否，朱批奏折从不同的角度起了作用。
奏折是臣下各抒所见，朱批是君主同臣子商酌或群臣讨论后的决断，在这个决策过程中，君主对不熟悉的事务进行了解、考察，获得真知，然后才能作出正确的决策，如改土归流，雍正帝对这种事务并不熟悉，主意不定，待到把握实情，遂能作出裁定。河工事务复杂，学问深邃，雍正帝早年虽曾侍从康熙帝南巡视察河工，参预过永定河工程，但毕竟不是身任其事，了解有限，登极后要拿主意，又不能鲁莽蛮干，自认知识不足，多方考察，臣工奏折就成为他考虑决策的重要资料来源。上述的摊丁入亩、耗羡归公和养廉银、改土归流是雍正朝革新政治的重要内容，它们的决策过程生动地反映出朱批奏折的政治功能。
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