明初，沐英留镇云南，但云南此时不仅人口稀少，汉夷杂半，而且少数民族部族众多，很多民族部族首领对明王朝叛服不定，而且由于云南山区多，山大林密道路不便，明军追剿十分困难，常常是大军一到反叛者就遁入山林，大军一走马上复出，截杀尾追，如风吹草伏，袭扰得社会不能安宁。为实现长治久安，守土固边，沐英在朱元璋的支持下从江南多地征调汉人移民入滇屯田。移民最初以军屯为主，随沐入滇的30万大军约23万被分别安置到各府县城等重点地区、军事要塞、重要关卡等。为真正实现移得进、进得固，在军屯提供了安全保障后就开始推进民屯，以南京为中转将江南富户、谪官、流民、降兵等连同家属一起授予军器、农具押往云南驻屯。这种移民一直持继到明末，据估计有明一代近300年间，内地人口迁入云南的总数不下300万人。随着外地人口大量迁入云南，昆明人口结构迅速由“夷汉杂半”变为以汉为主。昆明及其近郊的人口从明初的5万增加到明末的10万人左右。随着外来人口的增加，中原地区先进的生产方式也带了进来，促进了工农业和商业的发展，也促进了城镇化的进程。为了适应人口的增长，城市的建设也提上了日程。
明代从朱元璋起就不断地发起大规模的移民，有学者统计有明一代270多年内，全国范围内总移民数达3000万，云南约占10%。云南的移民中很多来自江南各地，故很多云南人的族谱家谱和口述家史都有祖籍应天府，而且大多有祖居南京枊树湾高石坎之说。今南京并无枊树湾也无高石坎之地名，南京方志也无此地名的记载。但据学者考证，明代南京确有类似为集中移民的营地，在那里，从各地征发来的民屯户汇聚在一起接受移民前的培训，领受配发的农具、工具、粮食、布匹等，然后由此整队出发奔赴云南。这个地方就是众人共同记忆中的枊树湾高石坎。
昆明古代城市，虽然建立较早，但直到元代，一直是以夯土为墙。明初朱元璋在南京开始掀起了中国城市建设和改造的大潮，他亲自指挥将南京城改造为砖城，并登上长城下令把万里长城也改为砖城。沐英抓住了这个历史机遇，在进入昆明城的第一年洪武十五年（1382），就下令将元中庆城城墙拆除，改建为砖城。沐英新建的云南府府城比中庆城大，据《南诏野史》记载，新建府城广10里，334步，共1964丈。城墙为夯土砖砌，高2丈9尺2寸，坐北朝南。城外有护城河，城内有街道区划。
据发掘，云南府城的城砖长33厘米，高18厘米，厚12.5厘米，重达12.4公斤，可见其手工制作水平已有相当的高度。城垣范围向北扩大，圈入翠湖和圆通山，形成了以正义路为主轴的城市主轴线，奠定了今日昆明城市的基础。仅以府城范围而言，东边跨盘龙江，南边濒临滇池，西边踞碧鸡山，北边枕螺峰山（即圆通山）。城内衙门众多，除省的布、都、提三司外，还有府的经历司、照磨司、司狱司、广盈库、阴阳医学、税课司，县的赤水棚巡检司、清水江巡检司、河泊所等。
新建的云南府城开了六道城门，城门上各有一楼。南门叫崇正门，城楼叫向明楼；大东门叫威化门，城楼叫殷春楼；小东门叫永清门，城楼叫璧光楼；北门叫保顺门，城楼叫眺京楼；大西门叫广威门，城楼叫拓边楼；小西门叫洪闰门，城楼叫康阜楼。南门偏西还有一个钟楼。街道也加宽了，南关道宽一丈余，中间分为三道，左边走仕官，右边走商旅，中间走王公贵族。整个砖城的城区面积约有3平方公里。
城内通街要道口还建有若干牌坊，这些牌坊除了为城市增加壮观的色彩外，还寓有显示风物的特点和教化之意。明代建筑的著名牌坊为“金马”“碧鸡”和“忠爱”坊，成品字形。“忠爱”坊是为纪念赛典赤·赡思丁而建，有人认为建于元末，也有人认为建于明初。“金马”“碧鸡”坊则建于明代，后来成为昆明城的文化符号。
城内以五华山为中心，修建了较多的衙门、宅院和牌坊。城南为居民区，划分为若干“里”。东关、南关为商埠之地，商旅多在三市街一带进行茶马交易。
还应该提到的是，云南府所属各县，如晋宁、安宁、昆阳、呈贡、富民等地，也都是从明代开始修建砖城的。这些县城开始成为省城（昆明）的卫星城。
《滇系·疆域》曾赞：“昆明为省会之区，巨浸则昆池浩渺，危峰则太华嵯峨，沃野平铺，群山四拱，而雄踞中央者，坚城高峙，深池周环。闾阎接地罗十万之人家。戈甲连营，拥八千之组练。商贾辐辏，烟火葱龙，信哉，南服一大都会也。”《道光云南志钞》也有：“云南府（即昆明）为全省首郡，山川壮丽，原野膏腴，带海襟山，兼擅陂池之利，甲于三迤诸郡，足与楚蜀比肩，宅是南邦，洵一大都会也。”
多年来，关于明代昆明城的风水问题一直是社会各界关注的话题，2006年《中国国家地理》第1期以醒目的“风水中国人内心深处的秘密”为封面提示语，在其《风水城市》栏目中，对中国现有城市的风水进行了分级，结果新疆八卦城排第一，明代昆明城排第二，余下是温州、阆中、延安等若干城市。在对昆明城的风水格局进行评价时，文章使用了大量风水概念和原理说明昆明城市如何体现了中国传统风水的理念，各种风水因子的搭配得恰到好处。文章引起热议，国内外的相关报刊、书籍以及互联网微博、微信等争相转发引用。一时间，凡谈及城市风水的文章，涉及风水的排名时，其顺序也大抵是新疆八卦城居首，昆明城风水第二。而关于明代昆明城的风水设计，不能不提到明代堪舆大师汪湛海。
汪湛海，江西人，生卒不详，元末明初之际堪舆学家。据罗养儒先生所记，沐英改中庆城为云南府城之后赴南京述职，向朱元璋提及欲建新城之意，朱元璋即向他推荐了曾主持过南京风水设计的汪湛海。沐英携汪湛海到昆明后，汪湛海经过数月亲自踏勘，先找出昆明城的来龙，即昆明城所依仗的山脉走向。昆明城的来龙是长虫山，即蛇山，也是昆明的主山，它源于五六百里外的会泽县西北，其来龙可谓远矣，而循此往上还可追溯到天下总龙脉的昆仑山。这正是风水学说上的上好龙脉。蛇山龙气走动，行徊而上，伸缩起伏，从东北方向蜿蜒而来，行至昆明境内龙气益旺，到铁峰庵处便停顿起嶂，更含蓄旺气，于是九起九伏，向西绕南，至圆通山开玉屏（即现在的衲霞屏），徐吐五华秀气（五华山）。五华分五支而下，结于文庙地场。汪湛海找出来龙后，认为此为艮龙向乾，又掉头向离，此为地脉中极为难见的“紫微龙”！汪湛海站在五华山上，用罗盘定了昆明城的中轴线，然后在中庆城的基础上，结合昆明地势地貌，将拟建的云南府城设计规划为龟形，是以城在蛇山之麓，与蛇山之气脉相接，形成龟蛇相交之态，汪先生并预言，按此建城当为一大福地。
最终按汪湛海的规划建成的云南府城其南门为龟头，北门为龟尾。大东门、小东门、大南门、小南门为龟的四足。汪先生还在五华山右脉一个瓜形高地定下罗针，说此地地气最为旺盛，所以后来就建了巡抚公署，主理云南政事。城将要建好时，汪湛海又特制三石，刻字于石，上曰“五百年前后云南胜江南”，“万事云南占先机”埋于城下，以备后人验证。石头埋于何处，已不得而知。龟是一只灵龟，尾掉而动，所以北门的内城门向北，廓之门则不朝北而朝东，是灵龟掉尾之意。大西门、小西门门向东，小东门门向西，外侧则都向南，这又是寄寓龟之四足起动之意。只有大东门的内外门朝向一致，是因东方属木，取木宜伸而不宜屈之义。
由于汪先生的规划，五华山成为昆明主脉，正义路作为贯穿南北的中轴线，五华山为中心点，（云贵总督府现胜利堂）、巡抚衙门、布政司、蕃台、臬台、粱稻署等衙门一律坐北朝南，一字排开。土地庙、城隍庙，圆通寺、武王庙等寺庙都按这个风水走向，脉络布局，各有功能旺地，昆明城池的格局由此形成。
明云南府的砖城承袭了元中庆城，甚至借鉴了大理鄯阐城和南诏拓东城的基本格局和部分形制，通过改建和扩建而来。汪湛海先生承袭与创新相结合，并非全建新城。城的坐向、中轴线、半山城、水循环、古迹观、街巷网，包括东城墙的原位样等等，都吸纳了许多的旧城元素。一座明代砖城，体现了中国传统文化中天人合一，顺应自然，尊重自然的理念，给后世的城市规划和建设提供了一个好范本，此后云南很多府、州、县城的风水都受云南府城的影响，形成一种相似的风貌。
云南府城先后建了8年才完成，建成后的新城雄伟壮丽，景色迷人。明代留驻中国的日本诗僧机先曾到昆明，为昆明赋诗题景，作了《滇阳六景》，这就是明代昆明“六景”之说的来源。
其一是“金马朝晖”：
岧峣金马在城东，黛色苍凉淡墨中。
画角声消残月白，阳鸟影动早霞红。
梁王去国荒丘在，汉将开边古道通。
岂料长为南窜客，朝朝相对独为翁。
其二是“碧鸡秋色”：
碧鸡西望水天虚，漠漠秋光画不如。
翠碧烟华摇浪处，丹崖树色著霜初，
却讶维舟湓浦上。芙蓉九叠看匡庐，
其三是“玉案晴岚”：(www.xing528.com)
山如玉案自为名，卓立天然刻画成。
白昼浮岚浓且淡，高秋叠翠雨还晴，
阴连太华千寻秀，影浸滇池万顷清。
杖策何当凌绝顶，滇南一览掌中平。
其四是“滇池夜月”：
滇池有客夜乘舟，渺渺金波接素秋。
白月随人相上下，青天在水与沉浮。
坐倚蓬窗吟到晓，不知身尚在南州。
其五是“龙池跃金”：
路入商山景更奇，玉皇坛畔有龙池。
行逢柳色烟深处，坐看桃花水涨时。
映日金鳞鸣拨刺，含风翠浪动沦漪。
由来神物非人扰，变化云雷未可知。
其六是“螺峰拥翠”：
螺峰近在滇城里，下有招堤倚翠屏。
雨后光含僧眼碧，云中色拥佛头青。
层崖鸟度开天险，古洞龙潜阂地灵。
自是幽谷回俗驾，不须重勒北山铭。
诗中的“金碧朝晖”一景，又称为“金碧交辉”。这一景历史上难得一见。现出此景，须秋分节在酉年之中秋日，届临酉时，日西落、月东升之际，日月对正而两光相射，日射碧鸡之坊影倒地，向东而进，月射金马之坊影倒地，向西而进，渐凑渐进，两影相接，故称为“金碧交辉”。
相传此景须经60年方得一见。据记载，在道光年间，值秋分节在中秋日，是年太岁在酉（1837），天气晴朗，昆明不少人士驻足于三市街口，以待坊影之相交。到酉正初刻二分，两个坊影现于地面，金马坊影较碧鸡坊影为淡，然并不模糊，初则相距有二丈多，不到两分钟，两影即各向前进相互接合，但一经接合，两影便渐次消失。
明代昆明六景，特别是“金碧交辉”一景，把城市规划建设与天文学知识点高度整合，既反映了城建的工艺水平，更体现了昆明当时的科技文化水平。很值得重视。
此外，城内还规划了风景名胜区，凡有林壑之美的地方，如九龙池、云水乡、思召堂、海庄等，都建有楼台亭阁，形成了一定规模。
明代昆明的佛教寺院（连同元代建筑）已达52处之多，主要有筇竹寺、青门寺、昙华寺、普贤寺、太华寺、涌泉寺、报恩寺、宝珠寺等。明代昆明地区道观亦较多，主要有龙泉观、真武观、太和宫、玉皇阁、文星楼、真庆观、魁星阁等。此外尚有回族、白族、彝族等的宗教活动场所和家族祠堂等建筑物。
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