1.学时少和内容多的矛盾
一方面，因为它属于自然科学、社会科学与人文科学的交叉学科，哲学思辨性强，所以学生对这门课往往有较高的期待。另一方面，因为它仅有1个学分，所以如何在有限的时间之内回应学生的期待，较好地完成这门课的教学，对授课老师的教学构成较大的挑战。
2.西方话语与中国话语之间的矛盾
一方面，自然辩证法本是恩格斯未完成的手稿，是对西方近现代自然哲学、科技哲学、科技与社会和人文辩证关系的总结性反思，就其源起而论，它属于西方话语。另一方面，自然辩证法的现实生命力来自其对中国现实生态问题、科技发展等层面的发现能力、解释能力和尝试性解答能力，就其实际发展形态而言，它属于自然辩证法的中国话语表达，面临着“吸收外来”的中国化任务。
3.经典话语与中国话语之间的矛盾
一方面，马克思、恩格斯的自然辩证法思想具有他们所处时代的特殊时空背景，他们的经典话语回应了他们所处的时代问题。另一方面，自然辩证法概论课程是为中国现代化发展服务的，需要处理好中国话语与经典话语之间的张力，推动自然辩证法不断本土化和与时俱进。
4.中国古代话语与当代话语之间的矛盾(www.xing528.com)
当代中国马克思主义自然辩证法还应积极吸取中国古代自然辩证法思想，包括古代生态思想、科技思想等，“不忘本来”才能更好地面向当今中国的时代问题，更好地面向未来。
自然辩证法课是一门运用马克思主义理论对中国科技发展进行理性反思的课程，开设这样一门课程，在教学中理应有大量关于中国科技成就的案例或素材。然而，在实际教学中，该门课程的授课教师往往大量吸收西方话语概括中国实践经验，大量讲授西方科技哲学的理论观点和西方科学技术发展的案例，致使该课程教学的中国问题意识弱化。过多的西方话语，冲淡甚至抹杀了中国科技成就在该课程中的重要地位。特别是20世纪90年代以来，由于受到西方后现代主义思潮的影响，再加上自然辩证法概论课程定位存在一定程度的模糊性（与科学技术哲学并列），自然辩证法课程教学出现了西方话语偏重、中国话语不足的现象。来自中国本土的自然哲学、科技历史故事、科技成就、科技方法论、科技思想等素材越来越少。这给听课者一种印象：似乎中国无论在科学技术还是在科学理论方面，都是乏善可陈。事实上，中国古代科技智慧灿若星辰，中国当代科学创新成果也十分丰富。客观上，五四运动以来的中国知识分子往往注重“取智”西方，结果反倒遗忘了自己的“老祖宗”和自己时代的科技精英，这种状况在今天的科技哲学界仍然存在。“他山之石”固然可以攻玉，但一定不要忘了，“玉”才是自己的，不能习惯了盯着“他山之石”，竟把自己的“身怀之璧”也弃之不顾或全然遗忘了。
北京化工大学张明国等老师开展的问卷调查显示，关于自然辩证法课程中印象最深的教学内容，只有7%的人选择了“中国马克思主义科学技术观与创新性国家”。有高达93%的自然辩证法授课老师表示对中国本土科技思想不太熟悉，讲起来并不得心应手，故而不得不减少课时。[12]可见，自然辩证法课程教学现状之一表现为中国话语方法不足。导致这一现状的原因可能有以下三个方面。
第一，对传统话语挖掘不够。实际上，自然辩证法与中国传统思想具有很大程度的亲缘性。自然辩证法思想之所以成功地在中国生根、发芽、成长，是因为它与中国传统智慧的成功对接，比如中国古代的奇书《道德经》就蕴含着丰富的辩证法思想，伟大的中国古代工程实践——都江堰，正是中国“天人合一”有机自然观的生动体现，中国的自然科学宝藏《本草纲目》《天工开物》《梦溪笔谈》等都蕴含着丰富的科技观，墨子的“三表法”、孔子的“四绝”等也都隐藏着有待进一步揭示的方法论启迪。关于这一点，田辰山先生所著《中国辩证法：从易经到马克思主义》[13]一书中亦有丰富呈现。中国传统文化中丰富的自然哲学、科技哲学、科技方法论，亟待当代创造性转化和创新性发展。
第二，对当代话语继承不够。虽然自然辩证法自中国化以来，在科学救国、科教兴国、科技强国历程中发挥了积极作用，而且“为国服务”是自然辩证法中国化的价值精髓，但是自然辩证法中国化的历史经验总结尚待丰富。当代中国自然辩证法学科是一门与时俱进的学科，它需要不断反思、总结和回答当代中国科技发展与自然生态所呈现出来的新现象、新经验与新问题。“时代性”是其鲜明特征，自然辩证法课堂教学也要具有时代性，时讲时新，注重从中华民族伟大复兴和社会主义现代化建设中选取最新的典型案例，将最鲜活的中国科技人物、著作、成就凝炼成21世纪的马克思主义，比如科技社会和谐共生的理念、美丽中国理念、新发展理念、科技人文观等内容，应及时地反馈到课堂教学中。
第三，对西方话语批判不够。西方科技哲学是对西方现代科技发展矛盾问题的回应，不一定适应中国语境。国内有些研究盲目照搬西化理论，往往忽视其具体语境，甚至其反马克思主义倾向。自然辩证法的西方话语倾向容易导致工具理性主义、历史虚无主义和西方中心主义。工具理性主义表现为：其一，西方科学哲学大都重科学理性，轻价值理性；重形式逻辑，轻辩证逻辑。科学哲学不同于人文主义哲学，往往缺少人文关怀和价值规范，必然导致对人、自然、科技三者关系的机械论立场。其二，西方实证主义和机械观世界图景缺乏对科技负效应的批判与超越能力，西方科学哲学对科技发展违背伦理、毁夺资源、破坏环境鲜有回应，对科技灾难和高科技犯罪等全球问题冷漠处置。历史虚无主义表现为：其一，波普尔用可证伪性理论否认历史有规律，陷入历史虚无主义和反马克思主义的深渊，成为科技哲学理论上空的一朵黑云，威胁着自然辩证法的生存之基。其二，费耶阿本德“怎样都行”的唯心主义真理观滑入后现代历史虚无主义泥潭。其三，库恩的范式理论将科学发展的阶段性特征归结为不同时代科学家共同体的集体有意识，背离了群众史观，是西方科学哲学唯心史观的新注脚。西方中心主义表现为：其一，西方科学哲学主要观照的是特定时期的西方问题，是西方科技、哲学与文化发展到一定阶段的产物，并不具有永恒性和普适性。对此缺乏批判意识，将导致自然辩证法教学和研究中的西方中心主义。其二，西方科学哲学缺少对中国、印度、俄国等世界上绝大多数国家科技文明史的观照，鲜有中国、印度等非西方学者参与其理论建构，因此不能指望缺少中国话语的西化理论能够真正解决中国现实问题。
只有通晓中国科技史和现当代科技发展进程，才能成功地实现自然辩证法教学的中国话语表达。自然辩证法课的中国话语教学方法还要避免以下三种错误：其一，无视自然辩证法理论的西方话语背景，以西方话语取代中国话语；其二，对马克思、恩格斯经典论述一知半解，以经典话语取代话语分析；其三，对课程定位出现严重认知偏差，以知识性话语取代价值观话语。
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