学者们对课程思政建设过程中可能遇到的困境进行了预估，主要认为高校教师可能缺乏育人意识和育人能力，课程的思想政治教育元素得不到有效挖掘，体制机制建设尚未完善。
1.高校教师课程思政意识与能力素养缺乏
一些学者认为教师是推动课程思政的关键因素。如刘清生认为教师是课堂教学的第一责任人，直接关系到育人的成效。然而，高校教师在开展课程思政时存在认识上的偏差、导向上的偏失、机制上的偏颇等问题。同时，少数高校教师自身也面临理想缺失、信念模糊、急功近利等问题，这些因素都阻碍了课程思政的有效推行。[26]杨建超认为，教师是推进课程思政教育改革的执行者，但很多高校的师资能力还存在诸多不足，突出体现在教师对思政理论的理解和把握能力不足，教师的人文知识积累及运用能力不足，教师对思政元素的挖掘能力不足。[27]另外一些学者认为，除了教师自身主观认识及育人能力上的障碍，课程建设、评价制度等方面存在的不足也导致教师推进课程思政的积极性和主动性难以发挥。如罗仲尤等学者认为，由于缺乏对不同专业课程的统筹规划、分类指导，专业课教师在推进课程思政时出现随意主观化的倾向。此外，由于评价内容单一、评价方式过于量化、育人实际成效对教师职业发展影响度低等，教师在育人中出现选择性缺位。[28]
2.对课程的思想政治教育元素挖掘不够(www.xing528.com)
陈磊等学者对课程思政建设中的实践困境进行分析，认为在课程思政探索过程中，存在对思政元素理解泛化，不知如何将思政元素有机融入专业教学而不流于形式等困境。[29]胡洪斌从课程资源开发和利用的角度进行阐述，认为相比于思政课中思想政治教育资源挖掘和利用的直接性和整体性，专业课教学中的思政资源在客观上呈现出隐蔽性、随机性、渗透性的特征，比思政课面临更大的教学难度。[30]
3.体制机制不健全
一种看法认为虽然高等教育的意识形态工作整体推进的体制机制为落实课程思政理念奠定了基础，但也存在一系列需要进一步推进的内容。史巍的观点是，课程思政在统筹设计的体制机制上还存在“低”的问题，在具体落实的体制机制上还存在“粗”的问题，在评价监督的体制机制上还存在“空”的问题，认为应加强顶层设计、制度建设和评价体系方面的三维共进。[31]高燕认为，在体制机制建设方面，课程思政面临的关键问题是要构建多学科的教学合作和激励机制，形成思政课教师和其他专业课教师的信息沟通渠道、教学交流机制和智库共享资源，这是课程思政常态化发展的重要保证。[32]
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