儒生所倡导的各种理念，皆来自对儒家经典的阐释。而儒学传承的主要方式，就是研读某一种儒家典籍，并以师徒口授的形式代代相传，因此儒家向来重视对典籍的整理和保护。痴迷于儒学的元帝、成帝同样重视古代典籍的征集和整理。元帝、成帝曾经多次下诏征求书籍。河平三年（前26），成帝任命谒者陈农为特使，到各地收集古书。在皇帝的支持下，皇宫中的藏书越来越多，但由于管理不善、缺乏整理，一些古籍散失不存。更重要的是，由于征集的渠道不同，同一种书往往会有多种文本，而这些文本在分篇和内容上存在很大差异，若要使用，需要作进一步的整理。成帝在派遣陈农收集天下遗书的同时，委任光禄大夫刘向全面整理宫廷藏书。
刘向是汉室宗亲，青年时便以精通儒家典籍而闻名。元帝初即位时，刘向深得萧望之、周堪赏识，后被石显打击而罢官。成帝即位后，放逐石显，刘向被重新启用。成帝非常喜欢古代典籍，与刘向很聊得来。成帝有感于宫廷藏书的混乱，于是将整理宫廷藏书的重任交给刘向。
刘向所进行的图书整理工作，主要包括两方面内容：校订文本和编写叙录。下面结合《晏子》一书，谈谈刘向整理图书的具体流程。首先是尽可能地搜集文本。刘向共搜集了四种文本的《晏子》，其中宫廷所藏《晏子》一种，另外三种分别是太史府收藏和刘向以及长社尉杜参私藏的文本。由此可见，刘向对书籍文本的收集并不局限于宫廷，而有更广泛的来源。文本搜集齐全后，接下来的工作是重新编排书籍的篇章。战国秦汉时期，书籍分篇章抄写在竹简上，篇章组合十分随意。在图书流传的过程中，书卷分散，到了最后，不同人收藏的书籍篇章组合多种多样。宫廷和杜参收藏的《晏子》分别有十一篇和十三篇，而太史府和刘向收藏的《晏子》分别只有五篇和一篇。刘向把这些篇章集合起来，去掉重复的二十二篇，最后确定为八篇。我们今天所见到的《晏子春秋》仍然保持着刘向排定的八篇结构。明确了篇章，接下来要进行文字的校对。在校对时，每人各持一篇，两人对读，遇到文字差异就会停下来，校改文字错讹。据说，这样的场景如同两个仇人在对骂，所以校订文本的工作又被称为“校雠学”。经过上述工作，一个经过改订的全新文本就形成了。
书籍整理完成后，要进献给皇帝。在献书之前，刘向还要为书籍撰写一份叙录，在叙录中要介绍这部书籍的整理经过，同时简要介绍作者的生平、撰写背景和书籍的主旨大意，最后对全书的价值作出评述。刘向所作叙录就是一部书的提要，这也开创了我国编撰书目提要的先河。日后历朝历代整理图书，都要为整理后的图书编写提要，清朝乾隆年间编修的《四库全书总目提要》正是延续了这一传统。
刘向撰写的叙录是抄写在书后一同提交内府的。由于叙录的价值极为重要，后来皇帝命人把这些叙录汇集起来形成一部新书，这部书被后人命名为《别录》。《别录》一直流传至隋代，《隋书·经籍志》仍有著录，唐代以后亡佚。但刘向的部分叙录却随着某些典籍保存了下来。目前所能见到的共有八篇，分别是《孙卿书》（《荀子》）、《战国策》、《晏子》、《管子》、《列子》、《韩非子》、《邓析子》、《说苑》的叙录。也正是通过这些叙录，我们才得以了解刘向整理图书的全过程。
整理图书的工作持续了近二十年，绥和二年（前7）刘向病逝，整理工作仍未完成。哀帝又命刘向的儿子刘歆继续父亲的事业。又经过两年，宫廷藏书的整理工作宣告完成。作为图书整理工作完成的汇报，刘歆在《别录》的基础上，编成一部简明的图书目录——《七略》。《七略》是目前所知我国最早的官府书目，被称为我国目录学之肇端，在我国学术史上有非常重要的价值。《七略》在唐代也亡佚了，但幸运的是，东汉班固编撰《汉书·艺文志》时，基本原封不动地把《七略》抄录下来，所以我们可以根据《艺文志》来窥探《七略》的内容。
《七略》共分为七卷，一卷即一《略》。“七略”分别是《辑略》、《六艺略》、《诸子略》、《诗赋略》、《兵书略》、《术数略》、《方技略》。其中《辑略》是阐述其他“六略”的内容主旨和学术源流，属于全书的概要。其他“六略”就是六类书的目录。班固在编纂《艺文志》时，将《辑略》删去，仅将其中的部分内容附注于各类书目之后。从“六略”可以了解当时的人们的知识体系，汉代的学者们把知识划分为六大类。其中引人注意的是“六艺”的划分，“六艺”是对儒家典籍的分类。儒家本来与道家、墨家等学说同属于“诸子”的范畴，而在《七略》中，儒家典籍被单独划分为一类，与诸子相对，并且排列在各种图书分类的第一位，这种知识划分体系正是元帝、成帝时期儒学一家独尊地位的体现。(www.xing528.com)
以上介绍的是元帝、成帝时期的图书整理情况。而在儒学内部，其学术发展也呈现出新的趋势，那就是“今古文经学”之争。在汉代，儒家最为重要的典籍是《诗经》、《尚书》、《周易》、《仪礼》、《春秋》。汉初只设有儒学博士，文景时期陆续出现专治《诗》、《尚书》、《春秋》的博士。建元五年，刚刚即位的武帝增设《礼》、《易》博士，使五部儒家经典皆有博士传袭。虽然五经各有博士，但是对于每一种经典的解读还存在许多流派。宣帝即位后，给一些影响较大的解经流派也设置了博士。如为《尚书》增设大夏侯、小夏侯二家博士；为《周易》设置了施雠、孟喜、梁丘贺三家博士，元帝时又增设京房一家博士；为《春秋》设置了严彭祖、颜安乐二家博士；为《仪礼》设置了大戴、小戴二家博士。就这样，武帝时期的五经七家博士到了元帝时期激增为十四家博士。这些学派虽然对经典的理解有所不同，但是他们研读的文本都是一样的，因此各家之间独立发展，相安无事。
武帝时期，全国各地陆续有古本儒家典籍发现，并被进献到宫廷。这些古本儒家典籍是用战国时期六国文字书写的，因而被称作“古文经”。而社会流传的儒家典籍是秦代以来儒生们代代相传的文本，是用秦汉通行的隶书书写的，被称作“今文经”。元帝、成帝时期，跟随父亲在宫廷校订书籍的刘歆看到了深藏在内府的古文经，意识到这些古本具有重要价值。一些学术界争论不休的典籍阐释问题，其实都源于文本错讹，而这些错讹用古本一对照便可解决。哀帝建平年间，刘歆上书称当前儒家各流派使用的文本存在诸多问题，再加上代代相传，错误更是不少，反倒是古文经在文本面貌上更接近经典原貌，因而请求为古文经《左氏春秋》、《毛诗》、《周礼》和《古文尚书》设立博士。刘歆上书一经公布，立刻引起朝廷的轩然大波。古文经被立入学官将严重动摇此前十四家经学博士的正统地位，于是招致博士们的强烈反对。这时的朝廷高官大多研习今文经出身，他们也加入反对的队伍。如光禄大夫龚胜以告老还乡为要挟，大司空师丹则直接弹劾刘歆，要求将其罢官。迫于强大的压力，哀帝只好外放刘歆去地方任官，古文经被立入学官的第一次尝试以失败而告终。
到了平帝时期，王莽已经基本控制了朝政，王莽与刘歆曾同在太学学习，关系很好，再加上王莽热心制度改革，而刘歆可以在古文经中找到很多制度改革的理论依据，《周礼》所记载的官制也为王莽规划新官制提供了现成的蓝图，最终在王莽的支持下，古文经被立于官学，设置了古文经博士。今文经师只能迫于形势而忍气吞声，当王莽倒台以后，今文经学立刻全面反扑，东汉初年古文经被全部废除。但是经过王莽的扶持，古文经在学界也具备了一定实力，所以在东汉时期围绕古文经学的存废，学界又经历了几次反复，揭开了持续数百年的今古文经学之争的大幕。
今古文经学之争是围绕儒学典籍文本展开的。而在西汉末年，儒学发展又出现了新的趋势，即“谶纬说”的兴起。汉代的“谶”是指民间宗教信仰中使用的符命或符图，故又有符谶、图谶之说。武帝时期，大儒董仲舒创立天人感应的儒学理论体系，其宗旨是说天道的运行与人世存在对应关系。天道的变化会通过自然现象展现出来，预示人世社会也要发生变化。到了西汉末年，很多儒生指出天道变化有时会以特殊符号和文字的形式展示给人间，世人如果能够正确解读这些图谶，就可以预测未来。据说昭帝元凤三年（前78），上林苑一棵枯死的柳树突然复活，树叶被虫子咬出类似文字的图案，依稀可以辨识为“公孙病已立”。当时没有人知道文字的含义，直到宣帝当上皇帝，大家才恍然大悟，原来“公孙病已立”是预示“卫太子的孙子病已将立为皇帝”。据说宣帝听说这件事深感惊奇，相信上天确实会通过图谶预示人间变化，因而对图谶之说非常推崇。许多儒生加入研习图谶的行列，并使用儒家经典阐释图谶的寓意，儒学开始出现阐释图谶的门类。而所谓的“纬”是指纬书，与经书相对。经书是儒家经典，是儒家理念的基本纲要，要想深刻理解儒家理论必须要对经书进行阐释，这些对经学阐释的书籍被称为“纬书”。儒生认为只有经书、纬书相配才能详细解释儒家经典中蕴含的天地和人世的种种规律。图谶和纬书带有强烈的神秘主义色彩，而阐释的空间又十分巨大，往往成为带有政治野心的政治家寻找理论支持的工具。西汉末年，全国各地出现了各式各样的图谶，儒生们热衷于对图谶进行解读。另一些儒生则从儒家典籍中不断解读出各种人世社会的变化规律。痴迷于儒学的成帝、哀帝对儒生们所著纬书和图谶解读深信不疑，反过来又推动了“谶纬说”的流行。不过谶纬说的真正高峰，还是要到王莽执政时期，心怀篡权野心的王莽正需要“谶纬学说”来向天下预示自己取代汉朝的合理性。
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