印尼高等教育的起步发展阶段是在该国独立后的20世纪40—60 年代，印尼总统苏加诺恢复了《1945年宪法》，实行“有领导的民主”，带领现代印尼高等教育步入了起步发展阶段。苏加诺执政期间，主要致力于民族经济的发展，这为现代印尼高等教育的起步发展创造了稳定良好的环境。
1943年雅加达医学院复办，1944年万隆工学院复办。1945年8月19日，印尼政府在雅加达成立了一所印尼人创办的高等院校——印尼共和国高等师范学院。后将原来的医学院、法学院和文学院合并为印尼共和国高等学校，又陆续新建日惹的加札马达大学、东爪哇的玛琅大学、克拉登和梭罗的医学院及茂物的兽医学院。
第二次世界大战后，印尼政府基于安全考虑曾短暂将首都从雅加达迁往日惹，印尼当时的政治、经济、文化中心随即也向日惹转移。政治经济文化在日惹的发展促进了日惹高等教育的发展，农业学院、兽医学院、高等技术学校等高等院校纷纷建立。1946年1月21日，荷兰殖民军在雅加达成立了“临时大学”， 1947年3月21日更名为“印尼大学”。1946年，印尼政府在加札马达高等学校教育基金会的赞助下成立了高等法律学校和高等文科学校，不久合并了农业学院、兽医学院、高等技术学校3所高校。1949年12月19日，加札马达大学正式在日惹特区建立，这是印尼的第一所民族大学，经过发展，由私立大学发展为公立大学。加札马达大学是在民族主义独立运动时期成立的，是印尼民族教育事业的重要组成部分。学生和教师基本上是印尼人，教学语言为印尼语，具有浓厚的民族主义教育色彩。1950年2月2日，雅加达的印尼高等师范学院与印度尼西亚大学合并，并命名为印度尼西亚大学，这是印尼的第二所大学。
除了初期发展的公立大学，印尼还发展了师范院校、私立院校、伊斯兰院校等高等教育机构。
第一，师范院校的发展。印尼独立后，印尼政府开始发展师范教育，培养中学教师和教育专家。1954年，在万隆、玛琅、巴杜尚克尔、敦达诺等地建立了师范大学；1957年，各省综合性大学也设置了师范教育系；1963年后，综合性大学的师范教育系被1962年创办的师范学院整合，建立了专门性的师范教育学院。(www.xing528.com)
第二，私立院校的发展。由于印尼是一个人口大国，为了满足高等教育阶段适龄青年的升学要求，印尼政府鼓励和支持发展私立高等教育。1961年，印尼政府颁布了第一个高等教育法令，成立了私立高等教育学校委员会。
第三，伊斯兰院校的发展。印尼是伊斯兰国家，信仰伊斯兰教的居民约占总人口的87.1%。发展伊斯兰院校符合印尼高等教育的要求，也为印尼高等教育增添了亮丽的民族特色。1945年6月8日，由伊斯兰教领袖在雅加达成立了伊斯兰高等学校，后搬迁至日惹。1950年，印尼政府接管，发展为国立伊斯兰高等学院。1960年，在国家政策的引导下，日惹的国立伊斯兰高等学院与雅加达的伊斯兰学院合并。1963年，印尼总统发布法令，授权宗教部长在全国发展伊斯兰高等教育。
这一时期印尼的高等教育事业蓬勃发展（见表5-2），为高等教育的发展奠定了坚实的基础，基本上实现了由为荷兰殖民政府服务向为印尼政府服务的转变；开始接受西方欧美等国的教育模式，并逐步改变原来荷兰殖民者的教育模式，发展具有印尼本土特色的高等教育发展模式；印尼高等教育自身功能也由单一的教学向多元的教学、科研和社会服务发展。
表5-2 1963年印尼高等院校统计
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