林则徐的晚年也和清王朝一样，处于风雨飘摇之中。他拖着疲惫的身体继续过着忙碌的官场生活。林则徐在东归途中接到不必来京的命令，命他以三品顶戴署理陕甘总督。1846年，他又接替病故的邓廷桢，出任陕西巡抚。在陕西巡抚任上，陕西遭遇了严重大旱，鉴于“民为邦本，民宁邦固”的民本思想，林则徐实行了一系列缓和民情的政策。1847年，林则徐任云贵总督，在云贵总督任上处理了云南保山汉族地主的武装暴乱。1849年，林则徐获准因病开缺，返回家乡福州。
1850年2月25日，道光帝死，咸丰帝继位。清廷准备起用年迈的林则徐去镇压天地会起义。咸丰帝于1850年10月命林则徐为钦差大臣，前往广西，镇压太平军。林则徐由福州启程，11月22日病逝于潮州普宁，终年66岁。12月15日，清廷晋赠其太子太傅，照总督例赐恤，历任一切处分悉行开复，谥“文忠”。
20世纪三四十年代，有学者赞扬林则徐的个人品德与毅力，称赞他是民族之光，但却责备他对外知识浅陋，不能正确认识英国，认为他在禁烟中的蛮干导致鸦片战争发生。“边衅”问题确实很复杂，但仅以此来批判林则徐对西方认识浅薄的话，未免吹毛求疵。认识西方是要在与西方打交道的过程中一步步完成的，林则徐便是如此。他在禁烟中采取协商方式与英商纠缠于具结，因为他认为“夷人最重然诺，即议一事，订一期，从不爽约，其视出结之事，绝无仅有，非比内地公牍，结多而滥，以致视为泛常。彼愈不肯轻易具结，即愈知其结之可靠，亦愈不能不向其饬取”。而林则徐禁烟后已经认识到：“抑知夷性无厌，得一步又进一步，若使威不能克，即恐患无已时，且他国效尤，更不可不虑。”近代中国人是花了半个世纪才一步步了解西方、认识西方的。
与国内林则徐形象形成鲜明对比的是，从鸦片战争直到现代，西方人对林则徐的评价一直是多元化甚至喜剧化或小丑化的。比如美裔学者张馨保对林则徐的个人品德操守给予了足够好的评价，但说到虎门销烟，却是全盘否定，认为那是一场“虚幻的胜利”。(www.xing528.com)
建国后的一系列中国近代史著作将林则徐定位为抵抗英军侵略的民族英雄，将虎门销烟看作中国人民反抗外来侵略的标志性事件。在中国的历史特别是革命史的叙事中，林则徐已经成为一个极具象征意义的符号。自然也有学者认为这种“神化”历史人物的做法并不是历史研究的客观做法。
对于当事人来说，是非成败、荣辱功过均已过去。林则徐是中国古代士大夫的典范，他的抱负就是经世致用、读书报国。他与道光帝似乎并不仅限于君臣关系，他一生都感谢道光帝的知遇之恩，即使被贬戍边。“一介寒微，渥被圣明知遇”，若“苟志存温饱，念重身家，是已失读书致用之本心，更何以仰酬君上？”对于道光帝的委任，林则徐认为自己需要且有责任以“自持刻苦，不避怨嫌，以防意者防川，以纠心者纠吏”回报。所以得到被遣戍边疆的谕旨后，他才并没有抱怨，甚至一直渴望还能有机会得到皇帝的召见，只是道光帝始终没有回应。
纵观林则徐一生，有太多的地方值得我们学习和缅怀，他的爱国精神，他的刚正不阿，他的清正廉洁……他无法以一己之力救赎暮色西垂的大清王朝，但他留下了太多宝贵的精神财富，大抵可以用他自己的一句诗来概括：“苟利国家生死以，岂因福祸避趋之。”
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