在康熙时期，有两个代表性文字狱。第一个是康熙二年（1663）结案的庄氏明史案，这也是清朝第一个重要的文字狱。顺治年间，浙江湖州富商庄廷鑨得到明末宰相朱国祯所著《明史》稿一部，庄氏在此基础上请人进行增编，其中对清朝多有指斥的文句，如指斥明将降清者为叛逆、用南明永历等朝的年号。书编成后，庄廷鑨已经去世，其父庄允诚将之刊行。不料有人向朝廷告发，庄允诚被逮入京，死于狱中，庄廷鑨被掘墓开棺焚骨，所有与此书有关的人都被处死，被杀者达70余人，被充军边疆者达500多人。然而，此时执政者为鳌拜等人，康熙帝年纪尚轻，未曾亲政，庄氏史狱在很大程度上还不算是康熙皇帝本人意愿的表达。
康熙八年（1669），权臣鳌拜被剪除，年轻的康熙皇帝得以亲政。那时他对汉族儒臣充满敬意，熊赐履、李光地等人颇受重用。康熙帝又设南书房，征召沈荃、张英等人入侍。在这些儒臣的悉心指导下，康熙帝系统学习了儒家学说及文章、书法，对汉人饱学之士充满敬意。康熙十八年（1679），随着平定三藩之乱的战事接近尾声，清朝又开博学鸿儒科，广泛征召明末遗民入仕清朝。虽然黄宗羲、顾炎武等海内大儒仍未出仕，但士林与朝廷的关系大为缓和。黄宗羲的弟子万斯同、顾炎武的外甥徐乾学、追随孙奇逢的汤斌等人，都开始加入为清朝服务的士人之列。自此以后二十余年间，朝廷与士林关系较为融洽。
然而，随着时间推移，康熙皇帝对这些儒学大臣和士人的态度开始发生改变。康熙晚年亲自处理了一个文狱大案，即《南山集》案。(www.xing528.com)
戴名世（1653—1713），安徽桐城人。康熙四十八年（1709）中进士，授翰林院编修，入明史馆。他著有《南山集》，将方孝标之《滇黔纪闻》采录其中，用南明弘光、永历等年号，或曰以“世祖虽入关十八年，时三藩未平，明祀未绝，若循蜀汉之例，则顺治不得为正统”，而倡“本朝当以康熙壬寅（即元年）为定鼎之始”。康熙五十年（1711）十月，左都御史赵申乔疏参戴名世“妄窃文名，恃才放荡，前为诸生时私刻文集，肆口游谈，倒置是非，语多狂悖。今身膺恩遇，叨列巍科，犹不追悔前非，焚削书板，似此狂诞之徒，岂容滥厕清华”。康熙皇帝谕令严查。至康熙五十二年（1713），此案审结，戴名世拟凌迟，方苞等人死罪。康熙帝命只斩戴名世一人，其余涉案三百余人均免死，方孝标后人方登峄、方云旅、方世槱俱从宽免死，并妻子充发黑龙江。
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