努尔哈赤留下的八王共治政治遗产，在皇太极继位后很快就暴露出缺陷。首先，自1616年开始实行的四大贝勒“南面共坐”、共同理政的制度，此时愈发难以贯彻落实。皇太极虽为大汗，但论年龄他最小，因此每日上朝，身为大汗的他要先给三位兄长行礼请安，显得权威扫地。几大贝勒各掌一两旗部众人马，必然各有私心，乃至分裂的苗头逐渐显露，表现最为突出的就是二贝勒阿敏。
阿敏是舒尔哈齐的儿子，当年其父被圈禁、兄长被杀时，阿敏24岁，多亏代善等人苦苦求情，努尔哈赤才放过阿敏。此事对阿敏的影响很大，虽然后来他位列四大贝勒，拥有镶蓝旗一旗人众，但从他后来在皇太极时代的种种行为来看，他对努尔哈赤的仇怨一直埋藏在心中，他一直在等待时机自立门户。1627年后金军由阿敏、岳托等率领攻伐朝鲜，一路势如破竹，连陷定州、安州、平壤，朝鲜国王被迫请和，订“江都之盟”。之后阿敏继续挥师进攻，直至江华岛，在朝鲜国王一再恳求下，方才讨论班师之事。但阿敏表示准备留在朝鲜，不想回去了。他说：“吾恒慕明帝及朝鲜王城郭宫殿，今既至此，何遽归耶？我意当留兵屯耕，杜度与我叔侄同居于此。”阿敏此举无异于一种分裂行为，杜度马上变色反驳说：“上乃我叔，我何肯远离，何为与尔同居？”[2]岳托、济尔哈朗等也极力反对。阿敏考虑若其他各旗人马都撤离，仅留自己镶蓝一旗，势单力孤，无奈只得回师沈阳。外居朝鲜的目的虽未实现，但阿敏仍在寻找其他时机。当初他父亲准备移居黑扯木而不得，最终被幽杀，阿敏便冒着极大的风险，移驻黑扯木，终于了却其父当年之心愿。当皇太极责怪他违规越界时，阿敏一言不发，但这种分离倾向犹如当年阿敏的父亲舒尔哈齐准备离开努尔哈赤择地另居一样，足以引起皇太极的警惕。1630年，阿敏因为弃城等罪状，被皇太极下令革职圈禁，丧失一切权力，数年后死于禁所。镶蓝旗则交给济尔哈朗统领。
另外一个难以驾驭的大贝勒是莽古尔泰。1631年，莽古尔泰在大凌河之战与皇太极发生争执，御前露刃，被革去和硕贝勒称号，次年死去。
两大贝勒或死或禁，剩下的代善名义上有两旗之众，但实际上他的儿子岳托、硕托、萨哈廉等早都站在皇太极一边。四大贝勒共理朝政的格局已经难以维系，1632年，代善恳请皇太极一人南面独坐，主动放弃与大汗南面共坐的权力。(www.xing528.com)
皇太极的这些措施虽然会得到诸多年轻贝勒的支持，但也遭到失去权力和地位者的反抗。1635年，莽古尔泰的妹妹莽古济格格等密谋造反，被告发，皇太极大开杀戒，处死莽古济和莽古尔泰之子侄等多人。此后皇太极将原来的正黄旗改为新的正蓝旗，交由其子豪格统领；又将原来的正蓝旗拆分，并入镶黄旗，形成新的正黄、镶黄两旗，由他自己统领。[3]正如当初努尔哈赤剪除舒尔哈齐势力，皇太极消灭正蓝旗核心势力并对该旗进行重组，虽然手段残忍，但意味着再次消除了即位以来宗室内部的离心势力。这不仅使其个人地位更加稳固，后金政局也终于摆脱了统治者高层一直潜藏的分裂危险，这对这个新生政权的发展至关重要。八旗体制仍然存在，但皇太极在八旗中独领三旗，奠定了优势地位，这也成为上三旗形成的起点。此外，统领镶蓝旗的济尔哈朗和统领镶红旗的岳托为皇太极亲信，至于两白旗中的阿济格、多尔衮、多铎兄弟，年纪尚幼，也只能唯皇太极之命是从。
皇太极所做的这些政治斗争与实施的改革措施，虽然没有改变八旗私属的性质，但结束了努尔哈赤晚年以来八王共执国政的局面，使后金政权的权力得到集中，保证令行禁止。更重要的是，这些斗争与变革，防止和避免了潜在的分裂危险，使后金政权能够保持统一，并最大限度地整合、集中有限力量，这是后金能够与蒙古、朝鲜，甚至是大明王朝一决高下的关键所在。否则，一旦各旗各自为政，陷入分裂与内斗，不要说与其他势力角逐，自保亦难。
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