宁宗去世后，权臣燕铁木儿仍然没有放弃自己的算盘，他意图立养子燕帖古思为帝。然而，燕帖古思的生母、皇太后卜答失里却并不赞同。卜答失里说：“吾子尚幼，妥懽帖睦尔在广西，今年十三矣，且明宗之长子，礼当立之。”（《元史》卷三八《顺帝本纪一》）中书右丞阔里吉思，被派往静江（今广西桂林）迎接妥懽帖睦尔北返大都。
顺帝妥懽帖睦尔像
妥懽帖睦尔为明宗长子，他的生母罕禄鲁氏，是其父亲北狩时所娶的妃子。至顺元年，明宗皇后八不沙与妥懽帖睦尔生母罕禄鲁氏均被杀害。妥懽帖睦尔先被驱逐到朝鲜半岛的大青岛中，并被限制与外界接触。一年之后，元廷诏告天下，又将他放逐到广西静江。元廷当时发布诏书，声称明宗在朔漠的时候，就常常说妥懽帖睦尔不是自己的亲生儿子。也正是由于此诏书带来的影响，元、明之际，民间有传言说元顺帝是宋恭帝赵㬎的亲生儿子。最有名的记载是元末明初人权衡所撰写的《庚申外史》，该书记载说，赵㬎驻锡甘州山寺的时候，与一位逻禄女子（即指顺帝生母罕禄鲁氏）结合，后生一男孩。恰巧此时和世㻋流亡西北，途经甘州山寺，见到赵㬎的小孩，十分喜欢，于是“因求为子，并其母载以归”。此类传言，当属无稽。元文宗当时之所以诏告天下，说妥懽帖睦尔不是明宗亲生儿子，主要是为了消除妥懽帖睦尔对自己皇位可能存在的威胁，同时也试图剥夺他将来出来争夺皇位的合法性。有说法称，文宗遗诏妥懽帖睦尔继位，其实也只是出于猜测，或者是出自妥懽帖睦尔一方的说法。
至顺三年十一月宁宗死后，当月，妥懽帖睦尔就被迎回到大都。燕铁木儿出城迎接妥懽帖睦尔归来时，两人骑马并行。燕铁木儿向妥懽帖睦尔表达自己推戴的意思，试图向妥懽帖睦尔示好。大概是由于害怕，妥懽帖睦尔一言不发，这使得燕铁木儿对他的疑虑进一步加大。妥懽帖睦尔到达大都好几个月，仍未能即位，就是由于燕铁木儿的反对。不过，为更好地控制妥懽帖睦尔，燕铁木儿将女儿嫁给了他。
至顺四年（1333）五月，燕铁木儿死。六月，妥懽帖睦尔才正式即位于上都，是为元惠帝（后世多称“元顺帝”）。顺帝尊卜答失里为太皇太后，由她临朝称制。卜答失里当时与妥懽帖睦尔约定，将来顺帝应将帝位传于自己的儿子燕帖古思，就像武仁授受那样，兄弟叔侄，世世相继。这年十月，改元“元统”。
顺帝即位后，明宗旧臣就向他进言，天下大事最好交给大臣去处理，要是你自己亲政的话，出了任何问题，将来恶名都由你一人背负。面对太皇太后与权臣乱政的局面，顺帝出于无奈，只得采纳这位明宗旧臣的意见。他任命伯颜为“太师、中书右丞相、上柱国、监修国史，兼奎章阁大学士，领学士院、太史院、回回、汉人司天监事”。自此，元王朝又进入了伯颜专权的时代。
伯颜专权后，他意图剪除燕铁木儿的势力，燕铁木儿的儿子唐其势也采取了针锋相对的措施。顺帝欲立唐其势为中书左丞相，唐其势并未领受，他的目标显然是中书右丞相的位置。后至元元年（1335）五月，伯颜以退为进，“请以右丞相让唐其势”，顺帝未予同意。六月，伯颜密奏唐其势及其弟塔剌海谋逆，唐其势受到整肃被杀，燕铁木儿的势力遭受沉重打击。伯颜的实力进一步得到强化，顺帝下诏罢左丞相，伯颜由此成为独相。
伯颜虽是位专断权臣，不过他还是试图有所作为的。他建议顺帝改元“至元”，这一举动的意味十分明显，就是对重现世祖忽必烈时期的那种盛世充满了渴望。伯颜在各方面进行了一些改变。他在经济上有所改革，减少宫廷支出，减轻赋役税收，增加对各地的赈济，这些应该说是值得称道的。然而，在政治、文化上，他禁止汉人参政，取消科举，禁止汉人学习蒙古语。后至元元年十一月，他甚至要求顺帝下诏停止科举取士，史称“至元废科”。后至元三年（1337）四月，他要求“省、院、台、部、宣慰司、廉访司及郡府幕官之长，并用蒙古、色目人。禁汉人、南人不得习学蒙古、色目文字”。他也严禁汉人养马和拥有武器。更为令人震惊的是，“是岁（后至元三年）……伯颜请杀张、王、刘、李、赵五姓汉人。”虽此记载真实与否尚待证实，不过，伯颜针对汉人的举措，实在是太过激进。这些政策必然加深蒙、汉间的对峙，同时也使得顺帝对他更加不满。
伯颜把持朝政，他甚至并不把顺帝放在眼里。后至元六年（1340）二月，乘伯颜外出至柳林（今北京通州区）狩猎的时候，在伯颜之侄脱脱等人的协助之下，元顺帝下诏罢黜中书大丞相伯颜，将其贬逐至河南，出任河南行省左丞相。顺帝在罢黜伯颜的诏书中声讨了伯颜的种种恶行：
朕践位以来，命伯颜为太师、秦王、中书大丞相，而伯颜不能安分，专权自恣，欺朕年幼，轻视太皇太后及朕弟燕帖古思，变乱祖宗成宪，虐害天下。加以极刑，允合舆论。朕念先朝之故，尚存悯恤，今命伯颜出为河南行省左丞相。（《元史》卷四十《顺帝本纪三》）
伯颜最后在放逐途中死去。在罢黜伯颜事件中起过重要作用的御史大夫脱脱，被任命为知枢密院事，并特许他悬带弓箭、环刀出入宫廷。脱脱曾长期担任怯薛，出任内廷的重要职位；他还曾追随汉儒吴直方学习儒学。
通过罢黜伯颜，顺帝有效地控制了政局。他又转而对文宗的势力加以整肃。这年六月，他下诏撤文宗庙主，将太皇太后卜答失里迁往东安州安置，将太子燕帖古思放逐至朝鲜半岛，并在次月将燕帖古思处死。据《元史·文宗本纪四》记载：“后至元六年六月，以帝谋为不轨，使明宗饮恨而崩，诏除其庙主。放燕帖古思于高丽，未至，月阔察儿害之于中道。”
后至元六年十月，脱脱被任命为中书右丞相。从此，脱脱登上历史舞台。顺帝宣布改元“至正”，“以至元七年为至正元年，与天下更始”。十九岁的元顺帝与二十六岁左右的脱脱，两位血气方刚的年轻人，锐意改革，推行新政，史称“脱脱更化”。脱脱的改革主要体现在以下几个方面：
一是恢复伯颜罢废的科举取士制度。后至元六年十二月，顺帝下诏复科举取士制。至正元年（1341），恢复乡试，次年举行会试和殿试。此次恢复科举的举措，史称“至正复科”。此后，科举取士一直持续到至正二十六年（1366），也就是元亡的前两年。
二是减免天下税粮和盐税以及商业税，减轻民众赋役负担；缩减开支，改善政府财政状况；同时，开放“马禁”等针对汉人的限制政策。
三是于至正三年（1343）三月，脱脱担任“都总裁官”，监修辽、金、宋三史。中书平章政事铁木儿塔识、中书右丞太平、御史中丞张起岩、翰林学士欧阳玄、侍御史吕思诚、翰林侍讲学士揭傒斯为“总裁官”（《元史》卷四一《顺帝本纪四》）。参与修史的还有党项人余阙、蒙古人泰不花、畏兀儿人廉惠山海牙等，可谓云集了各族学者。《宋史》、《辽史》、《金史》三部正史，正是多民族学者共同合作的结晶。
脱脱更新旧政的诸多举措，使得元王朝后期的政治局面为之一新。脱脱可以说是元王朝后期有作为的一位政治家，时人也称其为“贤相”。
至正四年（1344）五月，脱脱因病辞职。随后，由阿鲁图接任中书右丞相。至正七年（1347），别儿怯不花为中书右丞相；这年十二月，又以朵儿只为右丞相。至正九年（1349）闰七月，脱脱再次被起用为中书右丞相。
至正十年（1350），通货膨胀再起，经济形势恶化，元廷下诏，“天下以中统交钞壹贯文权铜钱壹千文，准至元宝钞贰贯，仍铸至正通宝钱并用，以实钞法，至元宝钞通行如故”（《元史》卷四二《顺帝本纪五》）。(www.xing528.com)
至正十一年（1351），元廷命贾鲁以工部尚书为总治河防使，主导治理黄河之事。为治理黄河水患，民众的徭役负担增重。这年的五月，刘福通、韩山童起兵反元，他们以红巾为号，史称“红巾军起义”。他们最初借助明教、弥勒教、白莲教等民间宗教，倡言“天下大乱，弥勒佛下生”，焚香聚众，发动起义。红巾军源于河北、河南、山东等地，后来又进一步往南方湖北、江淮地区发展，声势浩大，成为反抗元廷最为重要的力量。
至正十一年九月，为扑灭红巾军起义，脱脱推荐自己的弟弟、御史大夫也先帖木儿为知枢密院事，率大军出征河南。十二月，也先帖木儿复上蔡县，擒韩咬儿等至京师，将其处死。这年年底，元廷宣布右丞相脱脱治河功成。
然而，也先帖木儿的胜利只是暂时的，随后他所率领的军队即遭遇败绩。至正十二年（1352）三月，也先帖木儿被召回京。当时朝廷已出现声音，“言也先帖木儿丧师辱国，乞明正其罪。”也先帖木儿是脱脱的弟弟，又是由他提议领兵出征的，出现这种局面，脱脱显得极为被动。由此事件可以看出，脱脱在朝廷中的政敌已经抬头，或者说顺帝对脱脱似乎快失去信心和耐心了。这年七月，脱脱请求亲自率师出讨徐州，得到顺帝同意。当时有大臣上书直言劝止脱脱出征：“大臣天子之股肱，中书庶政之根本，不可以一日离。乞诏留贤相，弼亮天工，如此则内外有兼治之宜，社稷有倚重之寄。”（《元史》卷四二《顺帝本纪五》）然而，顺帝显然是希望脱脱率师平叛的。这次脱脱出征，果然旗开得胜，击败了徐州的红巾军，顺利归朝。至正十四年（1354）九月，脱脱最后一次受命出征高邮，取得一定胜利，局面在向好的方向发展，张士诚有束手就擒的可能。然而这年十二月，监察御史袁赛因不花等上书要求弹劾脱脱：“脱脱出师三月，略无寸功，倾国家之财以为己用，半朝廷之官以为自随。又其弟也先帖木儿，庸材鄙器，玷污清台，纲纪之政不修，贪淫之心益著。”顺帝接受了要求弹劾脱脱的建议，以脱脱劳民伤财为由，削去脱脱的官爵，听候进一步发落。
脱脱被顺帝反复变换数个地方安置，以求将他的威胁降至最低。至正十五年（1355）底，脱脱最终被政敌毒死，这应该是出自顺帝的命令。随后，脱脱一系被整肃干净。脱脱一死，元王朝彻底滑向深渊，再无转机，直至倾覆。
元顺帝本人在处置脱脱前后的一段时间里，面对红巾军等义军四处蜂起的危机，已无力剿灭、控制；面对政府财政上的困顿局面，他也无法应对。元顺帝已逐渐怠于政事，荒于游宴，一心研修藏传佛教的密宗仪式，沉湎于“房中运气之术”，逐渐失去了最初的那种励精图治的雄心壮志了。《元史》卷四三《顺帝本纪六》记载了顺帝在处置脱脱这一年中的几件大“闲事”：
帝于内苑造龙船，委内官供奉少监塔思不花监工。帝自制其样，船首尾长一百二十尺，广二十尺，前瓦帘棚、穿廊、两暖阁，后吾殿楼子，龙身并殿宇用五彩金妆，前有两爪。上用水手二十四人，身衣紫衫，金荔枝带，四带头巾，于船两旁下各执篙一。自后宫至前宫山下海子内，往来游戏，行时，其龙首眼口爪尾皆动。
又自制宫漏，约高六七尺，广半之，造木为匮，阴藏诸壶其中，运水上下。匮上设西方三圣殿，匮腰立玉女捧时刻筹，时至，辄浮水而上。左右列二金甲神，一悬钟，一悬钲，夜则神人自能按更而击，无分毫差。……其精巧绝出，人谓前代所鲜有。（《元史》卷四三《顺帝本纪六》）
这就是我们常说的，元顺帝颇具“匠材”的一面，他设计制造的金人玉女自动报时器，精巧绝伦，无怪乎被戏称为“鲁班天子”。然而，作为一代帝君，他不费心去思考治国平天下之术，却耽于各种杂耍玩意，国家岂能不亡！
顺帝之所以处置脱脱，或许是由于顺帝担心脱脱会像燕铁木儿、伯颜那样专横难制。当然，还有另外一个理由是，脱脱在顺帝欲立爱猷识理达腊为太子这件事情上，显得很不积极，所以招致顺帝对他的不满。
顺帝原本有一位蒙古的正皇后，生有一子，后来早夭。爱猷识理达腊成为顺帝的长子。由于爱猷识理达腊的生母是位来自高丽的贡女奇氏，包括脱脱在内的许多大臣都反对将他立为太子。爱猷识理达腊虽然自幼便交给脱脱家抚养，然而由于他的出身问题，脱脱对于立他为太子之事，一直持保留意见。顺帝本人宠爱高丽奇氏，将她立为二皇后，然而这显然又是不符合蒙古传统法度的。顺帝本人对爱猷识理达腊十分疼爱，至正八年、九年的时候，先后诏令爱猷识理达腊学习畏兀儿文字以及汉人文书，为他将来接替皇位、处理政务打下基础。至正十三年（1353）六月，爱猷识理达腊被强行立为太子，顺帝“以立皇太子诏天下”。此时，正是脱脱面临失去顺帝宠信的尴尬时刻。脱脱于至正十五年被整肃后，皇太子爱猷识理达腊的册封大典终于举办。
至正十五年脱脱被杀之后，顺帝先后任命汪家奴、定住、搠思监等人为中书右丞相，面对群雄并起的局势，他们已无能为力。元廷已是疲于奔命，大元覆亡为时不远了。
至正二十年（1360）前后，朝廷内部出现了皇帝与皇太子之间的斗争。太子试图早日继位，他与父皇关系紧张起来。顺帝已无法有效地控制整个政局。当时主要的将领也分为两派，一派以孛罗帖木儿为主导，他与顺帝关系密切；另一派是以察罕帖木儿以及其子王保保（扩廓帖木儿）为主导，倾向于支持太子爱猷识理达腊。这两大派别，基本把持了至正后期的朝政。两派间互相攻伐，局面显得异常混乱，元王朝可谓内忧外患。
至正二十五年（1365），两派之间的斗争，最终以孛罗帖木儿被诛而收场。顺帝将孛罗帖木儿的首级送至逃到山西太原的太子那里，以示和解，并召皇太子返回京师。此时，距离元王朝的收场，也就只剩两三年的时间了。南方朱元璋的势力正在逐步地扩大，且声势浩荡。
徐达像
至正二十七年（1367）八月，顺帝诏命皇太子总天下兵马：“爰命以中书令、枢密使，悉总天下兵马，诸王、驸马、各道总兵、将吏，一应军机政务，生杀予夺，事无轻重，如出朕裁。”此举意味着顺帝逐渐要退出政治舞台。太子亲政之后，很快就将扩廓帖木儿的势力打压下去。然而，此时的元王朝气数已尽。
至正二十八年（明洪武元年，1368）闰七月底，大明的军队进逼大都，顺帝带着三宫后妃、皇太子、皇太子妃以及臣僚往上都方向逃遁。八月初，明大将徐达所统领的军队攻破大都。元王朝至此正式宣告覆亡。
1369年，顺帝又北逃至应昌府（今内蒙古自治区赤峰市克什克腾旗西北）。1370年四月，顺帝因痢疾在应昌府去世。五月，大明军队来袭应昌府，皇太子爱猷识理达腊带着十余名随从，往更北的和林方向逃去。他的儿子和众多妃嫔被明军抓获。不久，爱猷识理达腊在和林称帝。该政权继续沿用“大元”国号，史称“北元”。
顺帝一朝，历时三十余年。他是在位时间最长的元代皇帝。虽然顺帝早年锐意图进，然而他最终无力挽狂澜于既倒。他接手的是一个潜伏着各种危机的国家：权臣当道，派系倾轧，赏赐无度，财政困难，民众负担沉重；外加水灾、旱灾、地震频繁，疾疫、饥荒不断。至正年间，以红巾军为代表的各路义军纷起，给元王朝以沉重的打击。明初朱元璋第一文臣宋濂说：“钦惟皇上龙飞江左，取天下于群雄之手。”是的，灭亡元王朝的力量并不只是朱元璋所领导的军队，而是至正中、后期兴起的各路义军。最终，朱元璋从各路义军中脱颖而出。
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