大德十一年春成宗崩逝时，海山尚在按台山（今阿尔泰山）地区。这年的三月，他才回到哈剌和林。
成宗皇后卜鲁罕为了阻止海山南下争夺帝位，企图先以皇后身份摄政，由阿难答辅政，然后再将阿难答扶正为帝。控制着中枢和卫军系统的中书右丞相哈剌哈孙，以及御史台的许多官员，都反对卜鲁罕的这种企图。哈剌哈孙一面称病与卜鲁罕周旋，一面派人通知海山及其弟爱育黎拔力八达快速返回大都。
哈剌哈孙等爱育黎拔力八达到达大都后，赶在卜鲁罕意图发动政变夺权之前的一天，将京师卫军交予爱育黎拔力八达，由他率卫军入宫，拘禁卜鲁罕、阿难答等反对派。爱育黎拔力八达很快控制了局面，并暂时监国执政，虚位以待兄长海山。
答己皇后像
1307年三月，海山在哈剌和林即受到诸王推戴；五月，海山到达上都，爱育黎拔力八达与母后答己，到上都与海山相会。左、右部诸王都会聚到上都，参加忽里台。忽里台上议决废皇后卜鲁罕，将其出居东安州，后又赐死；安西王阿难答等人，也被处死。
1307年五月二十一日，海山于上都即位，是为元武宗。次月，武宗下旨：“诏立母弟爱育黎拔力八达为皇太子，受金宝。”
武宗之所以立弟弟爱育黎拔力八达为太子，一方面自然是对他拥戴之功的回报，另一方面实在是出于无奈。在爱育黎拔力八达获权监国时，母后答己请来阴阳家为她的两个儿子推算星命，结果显示若立爱育黎拔力八达为帝，则国运可以长久，立海山为帝则国祚短促。于是，答己派遣近臣去告知海山，认为阴阳家的推算不能不慎重考虑。答己的意思十分明显，就是希望海山能接受自己的劝退主张，让爱育黎拔力八达来当皇帝。海山接到这个消息后，十分愤怒，他对心腹大臣康里脱脱说：
我捍御边陲，勤劳十年，又次序居长，神器所归，灼然何疑。今太后以星命休咎为言，天道茫昧，谁能豫知？设使我即位之后，所设施者上合天心，下副民望，则虽一日之短，亦足垂名万年，何可以阴阳之言而乖祖宗之托哉！
海山对于帝位的渴望是十分强烈的：即便做一日皇帝，也足可名垂万年。他对母后答己极为不满，派遣康里脱脱至大都入见太后答己，表明自己当仁不让的态度和决心；同时，亲率大军分三路东进，准备以武力作为后盾夺取政权。答己意识到事态的严重性，于是在两个儿子间居中作出协调：爱育黎拔力八达结束摄政，海山即位为帝；作为回报，海山立爱育黎拔力八达为太子，并约定“兄弟叔侄，世世相承”。母子三人间，“三宫共处”，天下协和。当然，这样的安排只能说是一种暂时的妥协，它所确定的原则随时可能被抛弃。
武宗即位后，以知枢密院事朵儿朵海为太傅，中书右丞相哈剌哈孙为太保，并录军国重事；知枢密院事塔剌海为中书左丞相；床兀儿、阿沙不花、明里不花同为中书平章政事；阿里为中书左丞；塔思不花、康里脱脱为御史大夫。除哈剌哈孙等少数成宗时期旧臣得以续用外，武宗大量地换上了追随自己镇守北边时的心腹旧部。
为了获取更多支持，武宗大量地给诸王、臣僚加官进爵。两年间加封了十四个“一字王”，而且打破只有大汗之子才能加封的惯例。中书宰执官员达到十四名之多，御史大夫则多达四员，以至于当时大臣惊呼，这种状况实在是“前制所无”。武宗上台之后，我们可以发现，中书省、御史台官员屡屡陈奏，政务大多“非祖宗成法”，要求予以更正。这就非常清楚地表明，武宗实行的不少政策是违反世祖、成宗以来的规矩的。
与此同时，为酬答诸王、功臣、将领的推戴之功，武宗又在经济上大加赏赐。原本按照成宗赏赐数额的标准给予赏赐即可，没想到武宗根本不予理会，即便是已经得到赏赐的，还另外再行追加赏赐。当时右丞相哈剌哈孙曾进言：“诸王、驸马会于和林，已蒙赐与者，今不宜再赐。”海山回答说：“和林之会，国事方殷。已赐者，其再赐之。”此外，武宗又大兴土木，兴建各类建筑。由于赏赐无度，政府开支太巨，财政状况愈趋恶化。
这也就无怪乎《元史》这样评价武宗：“武宗当富有之大业，慨然欲创治改法而有为，故其封爵太盛，而遥授之官众，锡赉太隆，而泛赏之恩溥，至元、大德之政，于是稍有变更云。”
武宗即位不到两个月时间，就因赏赐无度，出现财政上的困难。大德十一年（1307）七月，或许是出于对哈剌哈孙的不信任，武宗将他外调到漠北和林行省担任左丞相，出镇北边。面对财政经济的困难局面，武宗不是缩减开支、裁撤冗员，而是走上了世祖时阿合马、桑哥时期当政理财的老路。这年九月，武宗下诏恢复设立尚书省，负责“分理财用”，“以脱虎脱、教化、法忽鲁丁任尚书省，仍俾其自举官属。”当时御史台官员立即上奏反对，没想到武宗回答说：他们三人既然有意愿试行，那就姑且让他们试试吧。大概是由于遇到的阻力太大，尚书省当时没能立即成立。
至大二年（1309）八月，时隔近两年时间之后，由于滥赏无度，财政仍持续恶化，武宗还是决意设立尚书省：
立尚书省，以乞台普济为太傅、右丞相，脱虎脱为左丞相，三宝奴、乐实为平章政事，保八为右丞，忙哥铁木儿为左丞，王罴为参知政事，中书左丞刘楫授尚书左丞、商议尚书省事，诏告天下。（《元史》卷二三《武宗本纪二》）
尚书省的官员大多是武宗旧幕僚，有些官员甚至是有贪腐不良记录的前朝理财官僚。尚书省成立之后，它首先采取的经济措施就是“变更钞法”，“颁行至大银钞”。当时元廷下诏规定：“至大银钞一两，准至元钞五贯、白银一两、赤金一钱。”“中统交钞，诏书到日，限一百日尽数赴库倒换。”很明显，这一措施使得至元钞贬值，通货膨胀再起，结果必致百姓遭殃。
尚书省官员们并无力改变财政状况持续恶化的状况，他们却照样获得武宗的垂青。三宝奴获授“答剌罕”称号。“答剌罕”曾是授予那些对大汗有救命之恩的少数人的，拥有此称号的人可“自在快活”，享有“九罪弗罚”、随时可以出入宫禁等特权。以三宝奴为代表的一大批武宗亲信近臣，转而又干预宫廷内政。
元仁宗爱育黎拔力八达像
至大三年（1310），三宝奴等游说武宗废掉爱育黎拔力八达，改立长子和世㻋为皇太子。康里脱脱极力反对此事。《元史·康里脱脱传》记载了康里脱脱与三宝奴就废立太子之事的辩论：
脱脱曰：“国家大计不可不慎。曩者太弟躬定大事，功在宗社，位居东宫，已有定命，自是兄弟叔侄世世相承，孰敢紊其序者！我辈臣子，于国宪章纵不能有所匡赞，何可隳其成？”三宝奴曰：“今日兄已授弟，后日叔当授侄，能保之乎？”脱脱曰：“在我不可渝，彼失其信，天实鉴之。”
三宝奴虽不以为然，但也无力改变康里脱脱的反对立场。最终，改立皇储之事也就不了了之。史料并未提及武宗对于此事的态度，不过非常明显，若无武宗的默许或授意，此事是不敢被提出来再加讨论的。(www.xing528.com)
至大四年（1311），也是在春天的正月，武宗去世。武宗蒙古语尊号为“曲律合罕”。他在位不满五年，去世时仅三十一岁。
武宗甫一去世，皇太弟爱育黎拔力八达便执掌大权，迅速地完成了兄弟间的权力过渡，历史上称之为“武仁授受”，是为元仁宗。仁宗在辅助武宗“削平内难”夺取皇位中已施展了自己的能力；自武宗即位以来，他又兼领中书令、枢密使等职，得以“百揆机务”，积累了丰富的治国经验。因此，他的执政能力和手段是毋庸置疑的。
仁宗上台之后，便表现出他的魄力和决断能力。他迅即罢废尚书省，以“变乱旧章，流毒百姓”的罪名，将丞相脱虎脱、三宝奴，平章乐实，右丞保八，左丞忙哥铁木儿，参政王罴等悉数逮捕。随后，三宝奴、乐实、保八、王罴等皆被处死，只有忙哥铁木儿受杖刑，流放海南，免去一死。这主要是由于忙哥铁木儿身份特殊，他的祖母与母亲都与皇室关系密切，并且与随后在仁宗一朝权焰熏天的中书右丞相铁木迭儿之间，又有着特殊的裙带关系。
在清洗完武宗旧臣之后，仁宗征召世祖时期熟悉政务、声望卓著的老臣平章程鹏飞、董士选，太子少傅李谦，少保张驴，右丞陈天祥、尚文、刘正等人入朝辅政。随后又以云南行中书省左丞相铁木迭儿为中书右丞相，太子詹事完泽、集贤大学士李孟并为平章政事。
至大四年三月，仁宗正式即皇帝位。他在即位诏书中声称：“今则上奉皇太后勉进之命，下徇诸王劝戴之勤，三月十八日，于大都大明殿即皇帝位。”诏书中对于他与武宗间“兄弟叔侄，世世相承”的约定，只字不提。显然，仁宗对于兄长武宗的态度是心存不满的。
仁宗在罢废尚书省后，随后又下诏废至大银钞和至大铜钱，恢复行用中统钞，武宗朝以理财为核心的多项政策均被废止。仁宗还抑制诸宗王、贵戚等由分封而所获取的特权，规定各封地的正达鲁花赤均由中央派遣，诸王只有任命副达鲁花赤的权力，以此加强皇帝的权力。同时，仁宗裁省冗司冗员，整顿吏治，规范用人机制，对于武宗时期和尚道士、戏子乃至酒肉贩夫都能到中枢任职的现象，予以禁绝。在仁宗的种种努力下，整个社会风气为之一新。
仁宗朝所带来的最重要的改变，当然不只是上述与经济、政治相关的政策，而是它明确地将尊用儒术作为“从新拯治”的重心。仁宗朝皇庆、延祐年间，更是以“儒治”而著称于世。它最具有深远影响的政策是，皇庆二年（1313），元廷正式下诏恢复科举取士制度。在北方，该制度自金亡以来，已停废达八十年之久；在南方，自南宋灭亡以来，也已中断三十余年。
仁宗之所以推行科举，与他早年师从名儒李孟学习儒家的伦理和政治观念有着很密切的关系。皇庆二年的夏天，仁宗与李孟讨论用人方略问题，李孟进言说：“人材所出，固非一途，然汉、唐、宋、金，科举得人为盛。今欲兴天下之贤能，如以科举取之，犹胜于多门而进；然必先德行经术，而后文辞，乃可得真材也。”
仁宗听了李孟的建言之后，深以为然，决意推行科举。十月，“敕中书省议行科举”；十一月，颁行科举诏。仁宗设科取士，目的就是要“经明行修，庶得真儒之用；风移俗易，益臻至治之隆”（《元史》卷八一《科举一》）。
仁宗在《行科举诏》中明确表示，历代以来科举考试科目首重词赋，大多“浮华过实”。仁宗要施行的科举考试科目有三，除古赋、诏诰章表外，主要是“明经”、“策问”。“经疑、经义以观其学之底蕴”，“复策之以经史时务，以考其用世之才”（郑玉《师山集》卷三《送唐仲实赴乡试序》）。程朱理学对儒家经典的阐释，被确立为考试的标准。当然，它也逐渐获得了官方意识形态的地位。当时规定，每三岁一次开试，设乡试、会试、殿试三道，分左、右两榜，分别录取汉人、南人与蒙古人、色目人。
延祐元年（1314）八月，全国举行乡试，延祐二年（1315）录取进士五十六人；延祐五年（1318）录取进士五十人，共得进士一百零六人。仁宗朝于延祐年间的开科取士，史称“延祐复科”。许多士人通过这一途径而走上仕途。
作为“崇文右儒”象征的另一件大事，是仁宗允准纂修的《风宪宏纲》，在延祐三年（1316）五月修成。该书以格例、条画的形式将世祖以来有关风纪的“政制法程”，类集成书，它分成三纲一目。三纲是《诏制》、《条格》和《断例》，一目是《别类》。该书直至英宗至治三年（1323），才审定颁行，不过其题名已改为《大元通制》。这是元代法制史上具有里程碑意义的一部“法典”。
延祐初年的诸多儒治措施中，有一项遭到民众的强烈反抗，这就是所谓的“延祐经理”。当时南方诸王、豪富及寺观隐占大量官田、民田，强者田多税少，弱者产去税存，赋役不均，严重影响政府的财政收入。延祐经理的本意，是通过检核地方上田土占有的实况，理算租税数额，调整赋役负担。延祐元年冬，仁宗派遣张驴等人分道经理江浙、江西、河南三省田粮，“诏江南东、西道及浙西道民先自实土田”。然而，由于地方吏治的腐败，地方富豪互相勾结，“经理考核多失其实”，反而成为一项暴政，有些地方甚至出现逼死民众、拆毁民房、发掘民众坟茔以及虚报田亩等恶劣事件。其中反响最为巨大的，就是引发了江西宁都州民蔡五九聚众起义反元。为平息民怨，仁宗被迫下诏，凡在三省经理中查出的漏隐田土，免征租税三年。延祐五年（1318），又下诏罢河南新括民田，依旧例输税；江西部分地区，因民众反抗，亦曾诏免新税。可以说，“延祐经理”的出发点是值得称道的，不过却造成了不好的影响，成为仁宗在位时的一项弊政。[7]
仁宗与儒臣们在推行“以儒术治国”的中原传统方针的时候，其实一直受到以其母后答己和中书右丞相铁木迭儿为首的集团的掣肘。答己对仁宗的偏爱，从两个儿子争位中就已表露无遗。仁宗受儒家传统熏陶，对母后答己极其孝顺。这导致他在面对答己集团时，只能谨慎小心，无力加以约束，致使许多改革成效大打折扣。铁木迭儿因为与答己关系近密，受到她的强力庇护，仁宗对他的许多贪奸不法行为，根本无法追究。仁宗曾两度欲治铁木迭儿之罪，均以失败告终。
《便桥会盟图》（局部，元代陈及之绘）。图中绘初唐“便桥会盟”的故事，突厥可汗颉利原计划进犯长安，正遇见前来制止战争的秦王李世民（即后来的唐太宗），便跪在桥头求和。作者有感而发，劝谕当朝天子以和为贵。旧传为辽画，据考，画中的颉利及仆从系元代蒙古人服饰。
仁宗之所以对答己和铁木迭儿软弱，还有一个重要的原因就是他存有私心。他想改变和武宗之间达成的“兄终弟及，叔侄相继”协议，欲改立自己的儿子硕德八剌为皇太子。在这个问题上，他需要得到答己和铁木迭儿的支持。
延祐二年十一月，仁宗采取行动，封武宗长子和世㻋为周王。次年（1316）三月，又令周王出居云南。《元史·明宗本纪》称：“延祐三年春，议建东宫，时丞相铁木迭儿欲固位取宠，乃议立英宗（即硕德八剌）为皇太子，又与太后幸臣识烈门谮帝于两宫，浸润久之，其计遂行。于是封帝为周王，出镇云南。”可见，封和世㻋为周王，确实就是仁宗与答己、铁木迭儿合谋而达成的结果。
和世㻋一行刚至陕西，其父武宗的不少旧臣就前来相会，就其被贬往云南之事进行商议。最终，和世㻋采取了兵变的措施。由于当时和世㻋在关中的军事力量有限，在以兵变表达不满之后，他选择逃往阿尔泰山以西地区，依靠察合台后王的支持，以积聚力量。和世㻋也由此成为一位镇戍北边的宗王，这为他以后夺取帝位奠定了基础。
这年十二月，仁宗下诏：“立皇子硕德八剌为皇太子，兼中书令、枢密使，授以金宝，告天地宗庙。”（《元史》卷二五《仁宗本纪二》）
延祐二年、三年之后，仁宗已基本失去以儒治国的热情，在位的最后几年，基本碌碌无为，乏善可陈。延祐七年（1320），又是春天正月，仁宗驾崩，时年三十六岁。三月，仁宗子硕德八剌即帝位，是为元英宗。
仁宗在位九年，蒙古语尊号“普颜笃合罕”。《元史》评价仁宗：“天性慈孝，聪明恭俭，通达儒术，妙悟释典。”
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