在伯颜进入临安之前，文天祥和张世杰等大臣，曾经请求皇太后、皇后和皇帝往沿海地带或者到海上去，以躲避元军锋芒，不过遭到拒绝。为保存赵宋余脉，在部分大臣的保护下，南宋度宗的两个儿子益王赵昰（shì）和广王赵昺（bǐng），秘密逃出摇摇欲坠的都城临安。两位皇子在陈宜中等大臣的护卫下，辗转经婺州（今浙江金华）、温州等地，最后到达福建地区。
1276年五月，先后抵达福州的南宋大臣陆秀夫、张世杰、陈宜中等，拥立益王赵昰为帝，是为宋端宗，随即改元景炎。宋端宗封广王赵昺为卫王，任命陈宜中为左丞相兼枢密使，张世杰为枢密副使，陆秀夫为签书枢密院事；原本追随宋恭帝北上的文天祥，后来也从伯颜处逃脱南来，被任命为枢密使同都督。
流亡福建的南宋小朝廷，打算以福建、广东等地为基地，伺机北上收复江西和两浙部分地区。然而，元军很快进逼闽广地区，这个南宋小王朝根本无力抵抗。陈宜中等人不得不于1276年十一月，又护送端宗赵昰与卫王赵昺浮海由福州逃往泉州、潮州、惠州等地。
1277年初，忽必烈因为北方有叛王骚扰，对南方的注意力有所减弱，南宋方面曾经主动出击江西、广东地区，但很快遭到元军的反击，南宋方面以失败告终。为最后消灭南宋残余势力，元军派出水师循海追击端宗与卫王昺。
1278年初，端宗等逃至雷州半岛一带。由于元军追击紧迫，南宋小朝廷仓皇失措，端宗所乘“龙舟”曾一度倾覆。端宗因惊吓、疲劳过度，于这年四月病死于碙洲（位于今广东省雷州湾）。五月，张世杰与陆秀夫等大臣，又立即拥立卫王赵昺为帝，并于是年改元祥兴。当时，赵昺仅八岁。六月，张世杰、陆秀夫等带着小皇帝昺逃至广东新会南面的崖山，坚守抵抗。而此时的陈宜中则逃亡至占城（今越南地区），继续抗元，后客死他乡。1279年正月，元军大将张弘范挥军直向崖山，张世杰兵败溺亡。最终，陆秀夫在四面楚歌声中，背负着小皇帝昺投海而死。至此，南宋彻底覆灭。
早在1276年底的时候，文天祥并没有与陈宜中、张世杰等一起护送小皇帝沿海南下。他由闽西北进入赣南，计划回到家乡募兵，组织军队继续抗元，并欲北上收复故土。文天祥转战闽赣两地，曾经一度有所战绩。然而，1277年八月，文天祥在江西兴国一带遭遇惨败，损失近二十万人，妻女被元军抓走。他随后转入岭南地区，带领残存的军队，继续抗元。
至元十五年十二月二十日，文天祥最终在广东五坡岭被张弘范统领的军队捕获。元代刘岳申撰写的《文丞相传》记载了文天祥被抓时的详细情景：当天中午，文天祥正在一个名叫五坡岭的地方准备生火做午饭的时候，元军步骑突然出现。文天祥知道已无法逃脱，于是赶紧从怀里取出早已备好的毒药樟脑丸子吃下。为让药效尽快发挥作用，以免生擒受辱，他仰头喝了很多水。令人意外的是，或许是由于喝下去的水不干净，引起腹泻，樟脑丸根本没起作用。文天祥没有死去，最终被元军生擒。
文天祥一见到张弘范，就慷慨陈词，大骂不已，唯求速死。不过，张弘范却以礼相待。张弘范是被誉为灭金第一功臣的河北汉人世侯张柔的儿子。张弘范极力劝说文天祥投降元朝。然而，文天祥意志坚决，始终不肯屈服。
至元十六年（1279）正月，张弘范试图让文天祥写信给仍在抵抗中的南宋大臣张世杰，帮忙劝降。文天祥写下《过零丁洋》一诗予以回绝，由此留下了“人生自古谁无死，留取丹心照汗青”的千古名句。这年的二月二十六日，文天祥被押解北上，当年十月一日抵达大都（今北京）。文天祥自视为“楚囚”，被押解北上途中曾被“系颈絷足”。不过，由于他身份特殊，北解途中待遇似乎还是不错的。从至元十六十月抵达大都，到至元十九年十二月被忽必烈下令处死，文天祥被囚禁于大都监狱长达三年零两个月之久。文天祥在狱中的生活待遇，并不算太差，狱中不仅可见客会友、弹琴论道，还有棋琴笔墨书册等可供消遣。我们今天能读到的许多诗作，大多写于狱中，辗转而流传下来。当时，有吉安老家来的伙夫，在看押文天祥的监狱附近搭起简舍，天天为文天祥烧菜送饭，直到文天祥被杀。
从文天祥被元军抓获，到其被处死的三年多时间里，文天祥是不是从来都是“只求一死”呢？他究竟有没有“不死”的想法，或者说存有一种“求生”的本能意识呢？这是一个难以捉摸，却又不得不让我们去面对的一个问题。这对于我们更全面地认识英雄人物的内心，是有帮助的。
我们知道，文天祥被俘之初，他就毫不犹豫地选择自杀，希望能“速死”，以保全自己始终忠于南宋的志节。不过遗憾的是，当时并没能如愿。在被俘最初的那一年（1279）里，他祈求“速死”的态度十分坚决；不过在“速死”不得、“求死”不能之后，文天祥的心态似已有微妙改变。
据《宋史·文天祥传》记载，元廷对文天祥的劝降意图，一直没有改变。元廷非常希望文天祥能出来做元朝的大官，当然最主要的目的是为了获得南宋的人心，减少抵抗的力量。大概在忽必烈亲自出面劝降文天祥之前，元廷派出原南宋官员王积翁等人前去狱中游说文天祥降元，仍然许以高官厚禄，希望文天祥能为元王朝服务。当时天祥回答说：“国亡，吾分一死矣。傥缘宽假，得以黄冠归故乡，他日以方外备顾问，可也。”这句话的意思非常明确：只要不强求他出仕元朝，他可以选择不死，并愿作为一个方外道士，或可为元廷顾问。
然而，这一说法又备受质疑，有论者以为，这话是王积翁等人从狱中带出来的，经过他的转述，已不可信。曾与文天祥一同被押解北上、关系近密的邓光荐，后来著有《文丞相传》，对于此事，他曾指出，所谓“方外备顾问”的说法，其实只是王积翁等人向忽必烈提出的一种建议而已，目的是希望能最终释放文天祥。
邓光荐《文丞相传》的说法，或许是实情，也或许是为英雄讳言。文天祥一直与道教有非常深密切的关系，他早年的许多诗作都与道教有关，即便身系牢狱，他仍“静传方外学，晴写狱中诗”。元廷还曾派遣当时有名望的道士到狱中与文天祥见面，表面是为探讨道教，实则也是劝降。
文天祥若真有悠游方外、以求不死的想法，并非绝无可能。我们今天去读文天祥被俘三年的诗作时可以发现一个很明显的特征：被俘的最初一年里，文天祥言死、寻死、求死的意念十分强烈；等到次年，“求死”的慷慨言辞，已逐渐减弱。当然，岁月总是最易消解人的意志的，文天祥若果真有不死的想法，那也是正常人的想法。这丝毫不损害他的英雄形象。(www.xing528.com)
从文天祥被俘到被杀，江南士人的反应究竟如何呢？这里不得不提及王炎午。王炎午曾作《生祭文丞相文》，其目的是“速丞相之死”。王炎午期望文天祥速死殉宋节，这代表了当时不少原南宋士人的想法。汪元量曾到狱中探视文天祥，“勉丞相必以忠孝白天下”。当日文天祥所处境地尴尬，“死”或“不死”，已非个人之事。文天祥被执后，他屡次写诗剖白：“速死不得，天祥已悔；求死不能，奈何奈何。”倘文天祥有不死之想法，已难见容于江南士人。
在降元与死节的选择上，似乎有两人可略作比较，这就是谢枋得与郑思肖。谢枋得曾五次拒绝元廷征召，不愿出仕元朝。在面对降元或者死节问题上，谢枋得表现得毫不含糊，只要不做元朝大官，他可以选择做元朝子民；倘若逼迫其出来做官，使其失忠宋之节，谢枋得则“惟愿速死”。最终，谢枋得被逼迫北行至大都，不久他便选择绝食而死。
郑思肖反元的志节非常强烈，他不愿臣服于元王朝的统治，始终忠宋，自称南宋“孤臣”。他将自己的居室命名为“本穴世界”，寓“大宋”两字。郑思肖精于画无根的兰花，他说“头可得，兰不可得”。入元之后，郑思肖并未选择以死殉节。郑思肖不死的理由，是希望能亲眼目睹宋室中兴，这在他的《警终》、《大义略叙》等多篇文章中均有表露。他甚至认为“大宋不以有疆土而存，不以无疆土而亡”。倘若以此反观文天祥，他或有不死的想法，那实在也是再正常不过的事情。
文天祥是个顶天立地的英雄，其最终引刀为快，以死全节，足可为万世人杰。不过，历史往往并非只是非黑即白的简单呈现，它有其自身的多面性和丰富性。“黄冠归故乡”之说，或非空穴之风。
文天祥囚于大都监狱三年余，如何处理文天祥成为元廷一个十分棘手的重大政治问题。蒙元方面的伯颜、唆都、张弘范等人，均曾领教过文天祥的激烈不屈的意志。文天祥刚至大都，元廷又派遣原南宋丞相留梦炎、宋末帝瀛国公、阿合马、孛罗等出面劝降，始终没有结果。至元十九年，忽必烈决定亲自出面劝谕。无奈文天祥仍是不愿出仕元朝，最终被忽必烈赐死。
忽必烈为何最终还是处死了文天祥呢？《元史·世祖本纪》将元廷赐死文天祥之事，归因于中山府一位名叫薛宝住的奸民上匿名书，告发有人意欲挟持文天祥以反元。至元中期的时候，刘岳申为文天祥立传，他所撰写的《文丞相传》将元廷处死文天祥的责任推到一个名叫麦述丁的参知政事身上，说正是在他的极力进言下，才促成元廷赐死文天祥。
关于文天祥被杀的缘由，值得注意的还有邓光荐撰写的《文丞相传》，该传要早于受到元官方认可的刘岳申所作《文丞相传》。对于文天祥被杀缘由，邓光荐提到以下四点：一是麦述丁极力劝说忽必烈杀文天祥；二是“闽僧”谏言，就是有个福建籍的僧人曾观测天象，认为天象于元不利；三是所谓“三台拆”；四是薛宝住与匿名书之事。邓光荐所列举的这四点，虽都与文天祥之死有关，但似乎都未及要害。
文天祥被处死半个世纪后，元官方于至正三年至五年（1343—1345）编修《宋史》，其中的《文天祥传》对于文天祥之死始末以及各种缘由，述说十分详备，归纳起来也主要有以下四点：一是当日宰执议论不释文天祥，此显然是指麦述丁；二是“闽僧”进言，大言天象于元不利；三是中山府薛宝住的叛乱以及京城现匿名书事；四是阿合马被汉人击杀。
与邓光荐所述不同的是，《宋史·文天祥传》特别提及阿合马被杀事，这件事关乎当日元王朝政局的稳定。这正是修撰《宋史》史家们的目光敏锐处。至元十九年，元廷所发生的诸多政治事件中，影响最巨者莫过于宰执大臣阿合马被杀。阿合马为忽必烈皇后察必的陪嫁侍臣，极为得宠。他被击杀似乎是汉人谋划很久的一件事情。朝廷重要宰执官员惨被锤杀，忽必烈对此极为震动。将阿合马被杀事件，与当日汉人起事的情势联系起来观察的话，我们不能说它是一件完全孤立的事件。或许正是因为回回人阿合马被汉人击杀，麦述丁才极力谏言处死文天祥。若从其身份属性去考虑的话，这也符合实情。
元廷处死文天祥，是元王朝对故宋遗留政治问题加以处置的一步棋。文天祥不降元，他始终就是南宋存续的一种象征。对于南宋遗民们来说，只要他存在，恢复大宋就还存有希望。这是元王朝最为担心的事情。文天祥可以说是一颗随时可能爆炸的“定时炸弹”。因此，处死文天祥成为当时忽必烈的必然政治抉择。他要彻底地瓦解南宋遗民们的抵抗意志。
灭宋之前数年，文天祥曾赴北与伯颜谈判，蒙古人当日的态度是“决不动三宫九庙”。等到南宋灭亡之后，“三宫”被北押至大都，仅获“免牵羊系颈之礼”，算是一种优待的礼遇。到至元十九年的时候，宋末帝瀛国公及宋宗室等，又进一步被北撵至上都，宋故相文天祥则被处死。不仅如此，紧接着又出现更为骇人的事件，那就是杨琏真伽盗掘位于绍兴的南宋皇陵。他们之所以要盗掘南宋皇陵，一方面是为了获取财宝，另一方面是要毁弃南宋皇帝们的尸骨，以一种“厌胜”术，来彻底地压制南宋复国的任何可能。这一系列事件发展的逻辑链条，可谓清晰可见。
至元二十三年，忽必烈派程钜夫南下求贤，这或许正是忽必烈对原南宋地区统治态度的一种调整。他试图重新建立起与江南的良好关系，以安抚南方士人与民众。杨琏真伽盗掘宋皇陵事件的余响，一直延续至元明之际。
明人宋濂《书穆陵遗骼》提及此事，他将盗掘宋陵的责任全部推到西番僧身上，按该文所述，出主意的是嗣古妙高，赞成其事的是杨琏真伽与桑哥。这完全不同于元代周密、陶宗仪等人的记述。明代人的这种描述不免让人怀疑。明太祖朱元璋反元，他的旗号就是“驱逐胡虏，恢复中华”。宋濂为明太祖随侍文臣，许多诏命典诰都出自他的手笔，宋濂撰写的这篇文章，显然是明朝官方立场。明廷故意将掘宋陵之事的责任全部推到西番僧身上，而将汉族僧人完全排除在外，这不能不说是出于政治上的考虑。
南宋灭亡时，全太后与宋恭帝赵㬎被押解至大都。在处死文天祥前后，全太后与宋恭帝又进一步被递解到上都。全太后在上都入庵为尼，最后终了于北方。赵㬎从大都被发配到上都后，于至元二十五年（1288），又被发配到吐蕃学习佛法，当时年仅十九岁。赵㬎后来拥有“合尊大师”之号，又号“木波讲师”。他对佛教因明学的研究，造诣极深，成为一代学问大家。1323年，由于元王朝内部的政治争斗，赵㬎最终没能逃过劫难，被元廷赐死。据说他死时流的血是白色的。
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