1241年，窝阔台合罕死于盛年之期。在他去世之后，被称为“乃马真六皇后”（也有人指出“六”字可能是“大”字之讹，认为“六皇后”应是“大皇后”）的脱列哥那，临朝称制摄政，时间长达五年之久。新的大汗之所以迟迟未能产生，主要是由于黄金家族内部对于继承人的人选问题，存在重大分歧。
窝阔台生前原本已指定由“皇孙”失烈门作为自己的继承人。失烈门是窝阔台所钟爱的第三个儿子阔出的长子。阔出早在1236年便战死疆场，窝阔台对失烈门也就宠爱有加。然而，由于脱列哥那的反对，失烈门没能继承汗位。脱列哥那更倾向于由自己的儿子贵由继承汗位。不过，此举遭到黄金家族内部的激烈反对，其中以拔都为首的术赤系诸宗王的反对尤为突出，而与拔都关系近密的拖雷系诸宗王，也并不支持脱列哥那。成吉思汗的幼弟、窝阔台的叔父铁木哥·斡赤斤，意图领兵西进首都哈剌和林地区，觊觎汗位。不过，当他听闻贵由已领兵回到叶密立（今新疆维吾尔自治区额敏县）时，斡赤斤知趣地回到了自己在东方的营地。
拖雷和妻子唆鲁禾帖尼（壁画，佚名）
贵由为窝阔台长子，曾受命征伐辽东有功，后又同拔都等参加“长子西征”。在进讨钦察、斡罗斯诸城池的战役中，贵由屡立战功。因此，无论从资历还是从战绩等方面来看，贵由都具有一定的优势。
为让贵由顺利登上汗位，脱列哥那派出使臣游说各支宗王和各派将领，并召集他们前来哈剌和林参加选汗大会。拔都以患脚病为由，拒绝参加推举贵由为大汗的忽里台。拖雷之妻唆鲁禾帖尼及其诸子，在审时度势之后，大概意识到对抗窝阔台家族的时机尚未成熟，于是同意推举贵由为大汗。
1246年，诸道宗王和将领们会聚哈剌和林附近夏营地的答兰答八思之地，参加忽里台，共同推举贵由为大汗。
贵由汗虽登上汗位，脱列哥那却仍手握大权，所谓“朝政犹出于六皇后”。不过两三个月之后，她就去世了。脱列哥那摄政期间，对于帝国的管理十分混乱。她重用一个名叫法蒂玛的女臣，打击窝阔台时期的异己大臣，并任命奥都剌合蛮为理财大臣，四处敛财。帝国大小事务，悉听奥都剌合蛮裁决。更有甚者，脱列哥那将起草诏书用的印玺和白纸交由奥都剌合蛮自行处置，而不必向她报告。等到贵由汗权力和地位巩固之后，他首先提审法蒂玛并将她处死，对奥都剌合蛮则处以腰斩之刑。
贵由汗与拔都汗之间的矛盾，早在第二次西征的时候就已产生。这次拔都又不参加推举贵由为汗的忽里台，两人之间的矛盾进一步激化。贵由汗继承汗位后，为加强对帝国西部地区的控制，派遣心腹野里知吉带全权处置帝国西部阿姆河以西地区的军事、赋税征收等诸多事务。当地的军队和各被征服地区的统治者，均需听命于野里知吉带。此举最为明显的意图是针对拔都汗的。据西方史料记载，野里知吉带其实是奉了贵由汗的密令，以清除拔都派驻在高加索地区的将领为主要任务。
1248年初，贵由汗以叶密立的空气更适合他的身体状况、那里的水土也更适宜他养病为理由，率领大军浩浩荡荡离开哈剌和林向西进发。拖雷妻子唆鲁禾帖尼察觉贵由汗“西巡”十分仓促，猜测他或许别有用意，于是暗中派遣使者密告拔都：“请作好准备，贵由汗已率领大军向[你们]那边推进。”拔都汗接获密报后，随即整饬军队，准备迎战（《史集》第二卷）。贵由汗与拔都汗之间的冲突似乎已迫在眉睫。然而，贵由汗西行至横相乙儿（今新疆乌古伦河上游河曲处）之地时，突然去世，他与拔都之间的战争也就戛然而止了。这就是史家们所说的“定宗（贵由汗）征拔都”事件。
贵由汗暴崩，疑窦丛生。根据蒙哥汗时期出使蒙古的西方传教士鲁布鲁克的记载来看，拔都汗与贵由汗之死关系密切。不过，我们今天已无法弄清事实真相了。鲁布鲁克记载的这则传闻，或许还应该从当时整个黄金家族内部各支之间新的政治斗争中去进行理解。(www.xing528.com)
贵由汗去世后，遗孀斡兀立·海迷失护送他的灵柩到他自己的封地叶密立的斡耳朵那里，并按照蒙古惯例，斡兀立·海迷失临朝称制。拔都汗以年老、体弱、脚疾为由拒绝奔丧，并以年长者的身份，对窝阔台后裔的那些“幼辈宗亲”发号施令。一方面他敦请斡兀立·海迷失摄政，另一方面他又四处派出使臣，召集蒙古诸宗王和各级那颜、将领，到他位于中亚草原的驻地召开忽里台，商议推举新大汗。
拔都支持拖雷之子蒙哥继承汗位。拔都十分清楚，自己家族早在父辈时代就得不到大部分人的支持，在竞争大汗宝座上处于劣势，而且与察合台系关系不和，如今与窝阔台系的关系又僵持不下；此外，自己和诸兄弟的封地处在辽阔的钦察草原地带，远离漠北蒙古本土，可以形成自己独立的王国。因此，拔都及诸兄弟并无意争夺大汗之位，而是选择支持拖雷家族，以最大限度地获取自身利益。拖雷家族从成吉思汗那里继承了大部分的家产，实力非同凡响，再加上当时拖雷妻子唆鲁禾帖尼与以拔都为首的术赤系关系密切，且拥有超凡的政治谋略和远见。因此，拖雷家族在新一轮的汗位争夺中，具有十分明显的竞争优势。
1250年，推举新汗的忽里台在阿剌脱忽剌兀（巴尔喀什湖东岸某处）召开，唆鲁禾帖尼虽极力劝说察合台系与窝阔台系的宗王们参加大会，不过他们中的大多数都拒绝与会。斡兀立·海迷失则派出了自己的使臣八剌参会。唆鲁禾帖尼命蒙哥带领诸弟及家臣前去参加忽里台。拔都在这次忽里台上极力称赞蒙哥：他完全具有大汗所必需的禀赋和才能；他曾率军参加西征立有大功，攻城略池无数，窝阔台合罕以及其他诸多宗王都是有目共睹的；成吉思汗家族中惟有他才具有统御国家和军队的清晰思维和能力；而且，按照蒙古札撒和习俗，蒙哥父亲拖雷是成吉思汗的幼子，成吉思汗的“位子”只有拖雷家族才有资格继承。
当时，斡兀立·海迷失的使臣八剌提出了反对意见。他指出，窝阔台合罕曾指定由失烈门继承汗位，这是众所周知的事实，如今失烈门仍健在，你们将把他置于何地？八剌的意见遭到蒙哥弟弟木哥的驳斥。木哥说，窝阔台合罕的命令，谁也不敢违背，然而你们在议定贵由为汗时，就已经违背了窝阔台合罕的遗命了。八剌顿时语塞。
在这次忽里台上，拔都和蒙哥同盟获得了胜利，蒙哥被推举为大汗。由于此次忽里台不是在蒙古本土召开的，并不具有十分合法的地位，窝阔台和察合台家族不予承认。唆鲁禾帖尼和蒙哥又邀集各支宗王到斡难河畔的传统之地阔帖兀阿阑召开忽里台。拔都指派弟弟别儿哥率大军随同蒙哥前往，为其助阵。东、西道诸宗王以及诸大将，如铁木哥·斡赤斤的后裔塔察儿、大将速不台之子兀良合台等，都到会推举蒙哥登位。窝阔台和察合台家族的不少宗王仍坚持不愿参会，导致大会拖延许久未能召开。
唆鲁禾帖尼凭借自身威望，精心谋划，最终还是动员到部分窝阔台系和察合台系的宗王参加了大会。1251年六月，在斡难河畔的忽里台上，蒙哥被正式推举为大汗。按照蒙古人的习俗，每当新汗继位，大家便一起宴饮作乐，时间持续一周至一个月不等！据说当时负责宴饮服务的饮用库和厨房，每天要供应两千车的酒和马湩（马奶酒）、三百头牛马以及三千只羊。
蒙古汗统终于完成了由窝阔台系到拖雷系的转移。然而，这种转移是以牺牲整个黄金家族内部的团结为前提的。它为此后大蒙古帝国的分裂，以及元代所谓蒙古诸王的“叛乱”问题，埋下了祸根。
从窝阔台去世（1242）至蒙哥汗登位（1251）的十年间，除贵由汗短暂当政外，在长达七八年的时间里，蒙古人没有大汗，只有皇后摄政监国。大蒙古国的政局动荡不安，当时形势是“中外恟恟”。在此期间，蒙古诸王与守旧勋贵，利用西域商人肆意敛财，致使朝政紊乱，百姓不堪。蒙哥汗虽登上汗位，但他需要面对的是一种所谓“法度不一，内外离心”的窘迫局面。他将如何收拾这种混乱的局面呢？
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