朱棣是以藩王起兵才夺取皇位的，藩王对皇权的危害朱棣是再清楚不过的了。为了防止类似自己的事情发生，巩固业已取得的皇位，朱棣决定削藩。
与建文帝相较，朱棣削藩则有策略得多。他采取了欲夺先予的计策。即先恢复藩王，再削夺藩王。
朱棣之所以要先恢复藩王地位是有深刻原因的。朱棣刚坐上皇帝宝座，皇位未稳，需要得到广泛支持。而藩王们由于与自己同病相怜，是朱棣的最有力的支持者。在政局未稳的形势下，是千万不能削夺他们的。另一方面，朱棣自己起兵是打着维护祖制、反对削藩旗号的，突然自己又宣布削藩，无疑是自我否定，民众也难以接受。因此，朱棣登基后，便恢复被建文帝削夺的各藩王旧位。
永乐元年（1403）正月，朱棣宣布恢复被建文帝废革的周王橚、谷王橞、齐王榑、代王桔、岷王楩的藩王爵位，并对他们增加岁禄，如周王加岁禄五千石，谷王加岁禄两千石。永乐六年（1408），令原为太祖分封的沈王、安王、唐王、郢王、伊王分别就藩潞州、平凉、南阳、安陆、洛阳。后来又分封自己的儿子朱高煦为高阳王、汉王，朱高燧为赵王。
复位后的藩王错误地估计了形势，他们认为“靖难”的胜利是他们自己的胜利，朱棣只是恢复了他们本应有的地位。居藩不法之事便屡屡发生。如齐王朱榑，广招异人术士，阴蓄刺客，命护卫据守青州城，不准守吏登城巡夜，并将守吏杀死。谷王朱橞，杀王府长吏，招匿亡命，造战舰、弓箭。
朱棣本来就想削藩，只是一时觉得时机不成熟，而现在藩王们的种种劣迹为削藩提供了口实。永乐四年（1406）八月，朱棣宣布削夺齐王，永乐十四年（1416）废谷王为庶人。
朱棣削藩手段与建文帝不一样，他是有选择地进行。对于危及皇权的藩王坚决削夺；对于劣迹昭著，不影响王权的，则仍保留其位。如伊王朱㰘击伤百姓，将男女剃光头发，剥去衣服，以此取乐，民怨沸腾，但因不害皇权，未被剥夺。(www.xing528.com)
削去二王藩位后，朱棣又采取了一系列措施，从制度上限制诸王。
首先是将镇抚北疆的藩王迁入内地。建文四年（1402），迁宣府谷王入湖广长沙。永乐元年徙东北宁王于江西南昌。永乐五年（1407），改封韩王于平凉。
其次，削夺藩王护卫。诸王拥有军队是危害皇权的根源，朱棣看准时机，以各种罪名削夺诸王兵权。永乐元年（1403）四月，削夺代王桔护卫，仅给三十名校尉做随从。七月以罪夺岷王护卫。永乐四年（1406），调蜀王椿护卫入云南，为沐晟节制。永乐十年（1412），削辽王植护卫。永乐十四年（1416），削汉王高煦二护卫。永乐十九年（1421），削周王二护卫。这样一来，藩王的军队基本上被削夺。
第三，派武将戍边，取消藩王对将帅兵权的节制。洪武时期，用诸王戍边，当地军队受他们节制。朱棣接受诸王节制军队的教训，决定用武臣将兵，镇守边关。同时派宦官作为监军，分镇各边关。宣布藩王不得节制武将。永乐元年（1403）冬，秦王朱尚炳一行赶到潼关。时天已黑，潼关将士闭关，秦王令人叩关，守将姚镇道：“朝廷禁门，深夜不得启也。”秦王入京后向朱棣诉说：“潼关姚镇指挥慢朝廷甚，夜不容入关。”姚镇到京师，当着满朝文臣说道：“潼关，国家重地也。臣止知陛下，非知秦王。”朱棣赐宝钞奖励了他。
朱棣虽然没有尽削诸藩，但由于采取了上述措施，各藩王从藩屏帝室、镇守一方的地位，变成为仅坐食禄米的皇室地主。对于这种变化， 《明史·诸王传》载道：“自是以后，矫枉鉴覆，法网綦密。……藩封之局，日剥月削，虽支子代有封立，而恩泽递降，规制无如。其旧封远者，宗派繁昌，禄秩难给，末胄疏属，不免饥寒。即号称雄藩，而牵于文法，长吏得以束缚之，所谓维城之寄无有也。”
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