尽管燕王朱棣处处小心翼翼，但还是走漏了风声。燕王府长史葛诚向朝廷告密，说燕王大举招兵买马，有不轨之迹。
齐泰、黄子澄闻报，立即向建文帝建言： “燕王谋反昭然若揭，陛下必须趁早下手。”柔弱的建文帝回答道：“我即位不久，已接连削藩，如今再夺燕王，该如何向天下解释呢？”齐、黄答道： “先发者制人，后发者为人所制，陛下万万不要落得为人所制的境地。”但建文帝又言道： “燕王足智多谋，善于用兵，如今虽称有病，恐怕仍难以对付。”经过二人反复劝说，建文帝鼓起了削燕的勇气，他随即采取一系列防范措施：调都督宋忠屯开平；命徐凯练兵临清，耿瓛练兵山海关；令永清左卫移驻彰德，永清右卫移驻德州；调燕王府护卫蒙古旗兵指挥观童入京师。建文帝要对朱棣下手了。
就在这时，京城内流唱起这样一首歌谣： “莫逐燕，逐燕燕高飞，高飞上帝畿。”（《明史纪事本末·燕王起兵》卷十六）是警告，还是威吓？
建文元年（1399）元月，燕王护卫百户倪谅上书朝廷，告发燕王府校官于谅、周铎等人密谋造反。朝廷立即将二人斩首，并将朱棣训斥一番。
燕王府护卫百户邓庸上京办事，齐泰将其突然逮捕，在严刑逼供下，邓庸和盘托出了燕王举兵的准备情况。这时，建文帝才知道事态的严重性。他下令北平都指挥使张信伺机动手，剪除燕王。
张信接到圣谕后甚感恐惧，其母见儿子心事重重，便再三追问，得知原委后，对张信说道： “此事万万不可为。你父在时，常言王气在燕，你不能胡为，免得招致灭门之祸。”听了母亲的话，张信始终不敢行动。在朝廷与燕王的斗争中，张信想置之度外已不可能，斟酌再三，他决定投向朱棣。于是便到燕王府告密。
燕王朱棣对关键时刻调至北平的张信存有戒心，听说张信来见，燕王称病不起。最后张信改乘妇人小轿才进入王府。见到朱棣后，张信直言道：“我知道殿下没病，如今我奉有朝廷密旨，捉拿殿下。殿下果真无他意，请随我赴京。若另有主张，请不必隐瞒。”朱棣知道张信所说是实，便将真心想法说出，然后立即召见姚广孝等人，急定起兵之计。
就在张信向燕王告密的同时，张昺、谢贵则按照建文帝密令采取行动，他们调集卫卒入城，加强防务，准备不日缉拿朱棣。(www.xing528.com)
七月六日，有人窃得张昺密件，燕王朱棣知道情况后，急令亲信张玉、朱能率八百壮士入卫王府。朱棣向二人道： “敌众我寡，怎么办？”朱能说：“只需擒住为首者，余下敌众再多，也无能为力。”姚广孝也献计说：“如今朝廷既遣内使逮捕王府官属，我们正可以将计就计，把王府属官名单开列，交付内使，请他召张昺、谢贵二人入府逮人。待其入府，只需缚一夫之力，便可大功告成。请藏壮士于端礼门内，伺机而发。”（《明通鉴》卷十二）
张昺、谢贵二人见了官属名单，毫不怀疑地进入了燕王府，朱棣请他们坐下，仆人献上西瓜，朱棣对二人言道：“这是新进的西瓜，请尝一尝。”说罢自己拿起一块西瓜，欲食又止。突然，朱棣大声说道： “如今平民百姓、兄弟宗族之间，尚知相恤，我身为天子亲属，却不能保旦夕之命。事已至此，天下还有什么不可为？”随即将瓜掷在地上。这是先定好的暗号，埋伏的勇士见此暗号，便一拥而上，将二人绑住。这时，张昺、谢贵才知上当中计。随同张、谢前来的士兵见将帅迟迟不出，便引兵退去了。朱棣随即处斩了二人。
等到张昺、谢贵被杀的消息传出后，北平都指挥司中忠于朝廷的将士便攻打王府。早有准备的王府将士先发制人，经过一昼夜激战，全歼城内明军，整个北平城为朱棣所控制。
建文元年（1399）七月七日，燕王朱棣聚集将士，举行誓师大会，他慷慨言道：
“我‘太祖高皇帝、孝慈高皇后嫡子，国家至亲。受封以来，惟知循分守法。今幼主嗣位，信任奸宄，横起大祸，屠戮我家。我父皇母后创业艰难，封建诸子，藩屏天下，传续无穷。一旦残灭，皇天后土，实所共鉴。《祖训》云：‘朝无正臣，内有奸恶，必训兵讨之，以清君侧之恶。’今祸迫予躬，实欲求生，不得已也。义与奸恶不共戴天，必奉行天讨，以安社稷。天地神明，昭鉴予心。”（《奉天靖难记》卷一）
这里，朱棣以祖训中“朝无正臣，内有奸臣，必训兵讨之”为由，宣布起靖难兵，以清君侧。其实，这是对祖训的断章取义。《祖训》的实际内容应是：“如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之。”朱棣之所以改变说法，是想师出有名罢了，这是不得已之计。
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