上海的崛起和庚申之难的冲击，使苏州由江南经济中心变为上海的腹地。这座有着辉煌历史、灿烂文化的千年古城，一方面在海派文化和对外贸易的影响和带动下，开放性和商品性在慢慢渗透；但是，另一方面，传统观念在强大惯性的传导下，一直延续不断，保守性和顽固性仍然紧紧地束缚着前进的步伐。整个晚清时期，江南市镇的数量都在快速增加，然而，从乾嘉到清末，松江、常州、苏州三府市镇数量的增长速度，松江为190%，常州为148%，苏州仅为106%。就连郁达夫游历苏州后，也说苏州“只可以说是十八世纪的古都了”，这里的建筑和街道，“没有一件不在那里夸示过去的中国民族的悠悠的态度”。
苏州在嬗变，但是，脚步却有些迟疑，有些滞后；而古城，更是在乱世之中走向衰败。
辛亥革命打破了几千年王朝更替的历史循环，延续了两千多年的专制皇权体制被打破。旧的体制被打破了，但是，新的体制并非短期内能够建立起来。整个民国初年（1912—1927），中华民族都处在风雨飘摇之中，千年古城自然也不能例外。
自从袁世凯窃取革命果实后，中国就陷入了军阀混战乱局。当时江苏为直系军阀所控制，背后的靠山是英美帝国主义；而浙江、安徽则为皖系军阀控制，背后的靠山是日本。盘踞江苏的直系军阀齐燮元，为了夺取盘踞在浙江的皖系军阀卢永祥的上海地盘，发动了江浙战争。虽然在江浙两省绅商的积极呼吁和奔波周旋下，第一次没有打起来，于1923年8月签订了《江浙和平公约》，但是，到了第二年也就是1924年的9月，齐燮元的军队从南京出发，开赴苏州、昆山、太仓、嘉定，以昆山为总兵站，向卢永祥部发起进攻，结果，短短几日，苏州城内市肆被抢劫一空。9月11日，齐燮元军退兵经过苏州时又进行了一番抢劫、杀戮，苏州城再次遭到洗劫。
这次江浙战争卢永祥失利，结果惊动了远在东北的直系军阀张作霖。张作霖为了策应卢永祥，于9月15日举兵入关，第二次直奉战争爆发。冯玉祥趁机发动北京政变，吴佩孚被拉下了台。张作霖和冯玉祥共推皖系段祺瑞执政，段祺瑞又任命卢永祥为江浙宣抚使。卢永祥东山再起后，组织“宣抚军”，任命奉军张宗昌为总司令，以期夺回被齐燮元占据的江苏地盘，于是第二次江浙战争于1925年1月爆发。齐燮元纠集残部，在镇江与张宗昌发生激战，没几天就被打败了，一路南逃，先至苏州、再至上海，最后逃到了日本。在经过苏州时，又是一番抢劫，就连苏州周边的常熟、太仓、昆山也未能幸免，常熟被勒索了9万大洋，太仓26个乡市仅有3个未被波及，昆山更是“被灾者凡九”。
一方面是军阀之间的地盘争夺，另一方面是反帝反封建的浪潮，没有人顾及苏州古城的兴废。就在这十几年间，盘门到葑门段、南童梓门附近城墙先后坍塌。到了1929年，阊门与胥门之间的城墙坍塌了18处；1934年学士街莲花巷底、天官坊陆家花园、高井头尤家花园又坍塌了11处。虽然这期间部分城墙有所修复，但是，到了1937年，在日本炮火的轰击下，再次遭到破坏。
1937年卢沟桥事变爆发后，由张治中担任司令的京沪警备司令部在苏州成立。“八一三”淞沪会战爆发后，国民政府编订全国战区，其司令部长官部即设在苏州，负责统一指挥第8、9、15集团军作战，另外在昆山设立前敌总指挥部，负责前线指挥，苏州迅速成为战时交通枢纽和后方基地，遭到日本飞机长达3个多月的狂轰滥炸，共有4200多枚炸弹落入苏州古城，其中，1937年11月13日到15日，短短3天时间，日寇向苏州古城投下一千多枚炸弹和燃烧弹，古城内着火面积达到三分之一，苏州遭到重创。女作家谢冰莹目睹了这次灾难，她在《地狱中的天堂》中写道：“这样美丽，这样静穆，这样雅致而富足的苏州，如今却变成像地狱般的凄惨、荒凉、恐怖了！苏州，你这饱受敌机蹂躏的天堂，两个多月来，你已经受够了轰炸，受够了机关枪的扫射，你已成为百孔千疮、奄奄一息的死城了。”
苏州古城不仅遭到日军的无情摧残，而且差一点又一次被自己人给烧毁了。就在苏州沦陷前夕，驻防在苏州的陆军87师参谋长夏声接到一封公函，上面写着：“奉委座谕，为了执行长期抗战政策，我军最后从苏州撤退时，应先派员向兵站总监部领取火油二十箱、硫磺一百斤，在苏州城厢内外，放置五十把火头，纵火焚烧，使苏州化为焦土。仰即遵办。”夏声看了这个公函只不过是用便笺写的通知，既非公文，也没有印信，怕自己担不了这个责任，就派人到无锡请示长官，但是长官已经撤退到了镇江，去请示的人还未赶到镇江，日寇就已经兵临城下，苏州城最后逃过被化为焦土的命运。(www.xing528.com)
不过，虽然逃过了被焚烧的命运，却并没有逃过被日寇蹂躏的下场。当11月19日日军进城时，尽管百分之七八十的居民逃了出去，但是苏州城仍然被日军烧杀抢劫了一番。日军进城后就开始杀人放火，从接驾桥、东西中市到阊门、石路，日夜火光冲天，一直持续了一个星期。从此，苏州人民在日寇的统治下过着悲惨而又屈辱的生活，也走上了波澜壮阔的抗日斗争。
这次沦陷，苏州古城内外一片狼藉，多处城墙被炸毁，城内建筑更是被烧无数。不过，在日伪时期，苏州古城的几处城墙也曾得到修复。1940年修复了平门至金门、金门至胥门之间7处被毁坏的城墙；1944年修复了齐门附近的城墙，但是，后来齐门两侧的城墙废毁。
1953年，为开辟城南商业区，城南部分城墙先后被拆除。1958年，苏州市人民委员会下发通知，要求“本市的城墙，除部分城门、城墙保留，作为历史遗迹供人参观研究外，其余全部拆除”，“各级组织必须加强协作，当作政治任务来完成”，并设立了拆城办公室。随后，因拓宽或者开辟新路，单位新建或者扩建，“备战”“备荒”取城墙土做坯烧砖，构筑防空工事，兴建民居住宅等多种原因，城墙被不断损毁和拆除，城基也被大量占用，到20世纪80年代初，苏州古城仅存盘门两侧200米、金门到阊门之间不到7米等少数的城墙，其他或已变成住宅等建筑，或已成为绿化带、防空洞，或已成为土堆、废墟。
城墙是这样，城内的河道、建筑也同样未能幸免。在全国“大跃进”的背景下，苏州提出了变“消费性城市”为“生产性城市”的口号，强调利用城市空间，走自成体系的工业化道路。为了发展工业和文教卫生事业，许多古建筑和园林被改造为工厂、学校、医院，相当部分的水巷被填埋，不少古桥被水泥桥梁所取代，古城区原有的古宅民居也因被纳入对私改造的范围而安置了大量居民，这些导致苏州古城历史风貌和传统文化遭到破坏。
经历两千多年风雨的苏州古城已经伤痕累累，直到改革开放的春风吹拂中华大地，苏州这座古城才得以重新焕发生机。
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