高等教育的结构主要包括学科专业结构、层次结构、形式结构、地区结构等。它是影响和决定高等教育效益的基本因素。少数民族高等教育的结构，必须适应并服务于民族地区各方面建设。然而，目前少数民族高等教育结构仍存在许多不合理的地方，如在学科专业结构上，专业和课程设置不合理，脱离民族地区实际需要的情况依然严重存在；在层次结构上，专科生教育、本科生教育、研究生教育发展比例不适当；在形式结构上，民族成人高等教育、理工类院校等的发展还相对缓慢。改革少数民族高等教育的结构体制，主要包括以下几方面的内容。
（1）学科专业结构的优化。必须适当压缩一些长线专业，稳定并加强基础学科，适当发展新兴和边缘交叉学科。应根据民族地区经济和社会发展的实际需要，加大少数民族医药、保健、法律、教育、经济、农业、牧业、商业、电子、机械、建筑、水利、管理等应用性专业的比重。同时，由于突出民族特色是少数民族高等教育生存和发展的立足点和出发点，因此，在优化学科专业结构时要注意体现出鲜明的民族和地域特色，与民族经济建设和民族文化发展密切结合起来。
（2）层次结构的优化。少数民族高等教育过去基本上是重视单一的本科教育形式，专科教育发展不足，研究生教育比较薄弱。从目前及今后民族地区经济建设和社会发展的趋势看，民族地区对专门人才的需求将是多层次的，必须使三种不同层次的教育发展比例逐渐趋于合理。因此，少数民族高等教育除继续发展本科教育，大力发展专科教育外，还要适当发展研究生教育，培养高层次的专门人才。要通过高等教育层次结构的优化，进一步增强民族院校适应地方经济与社会发展的能力，提升在国民高等教育体系中的地位。(www.xing528.com)
（3）优化形式结构。应逐步改变以往仅重视民族高等院校教育的状况，积极发展民族高等院校教育以外的各种类型教育，包括民族成人高等教育、民族高等职业教育、民族远程教育、民族高等自学考试教育等。特别是要加强民族成人高等教育和民族高等职业教育，逐步形成包括民族普通高等院校、民族成人高等院校、民族高等职业教育、民族地区远程网络高等教育等在内的多元化、开放性的少数民族高等教育结构体系。
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