东晋时的会稽郡，在军事上有着特殊作用。司马睿定都建康，会稽郡便成了朝廷的东南门户，对拱卫京师、靖兵勤王具有举足轻重的意义。王舒以来，扬州一旦有战事，会稽内史往往都督浙江东五郡军事，或保境安民，或誓师勤王。在扬州境内发生的几次动乱，如平王敦、苏峻，征孙恩、卢循等，会稽内史厥功甚伟。
永昌元年（322），王敦以讨刘隗、刁协为名举兵武昌，沈充亦于吴兴起兵相应，战乱延及会稽。王敦为策反会稽内史熊远，加封他为宁远将军，但熊远性廉直，不愿附逆，对王敦的封号“拒而不受，不输军资于（沈）充，保境安众为务”[34]。在这次内乱中，会稽虽未参与战争，但充分体现了其战略地位。太宁二年（324）的战乱，则更加体现了会稽郡对于拱卫京师的军事价值。这次战乱与会稽郡关联颇大，一开始王敦首先就向会稽发难。当时会稽内史为周札，周氏一门五侯，宗族强盛，王敦颇为忌惮，也严重影响了沈充在吴兴的权势。在钱凤的怂恿下，王敦萌生剿灭吴兴周氏之意。于是尽杀周札兄弟子侄，并遣沈充进军会稽，周札战死。[35]周札的继任者是邓攸，以护军将军之尊迁任会稽内史。明帝本意是让邓攸牵制王敦，但“有恶（邓）攸者，诬攸尚白敦兵数”[36]。虽然明帝并未深信，但为安全计，仍调邓攸为太常卿。邓攸的继任者是致仕的宗正卿虞潭，王含、沈充攻逼京都，虞潭招合宗人及会稽郡士族，共起义军万人奔赴国难，明帝手诏征虞潭为冠军将军、会稽内史。虞潭义军到达西陵，沈充等已兵败被擒，虽没有具体参战，但抄其后路，足可动乱军心。虞潭以讨沈充之功，进爵零县侯。王敦之乱，使朝廷当政者看到了会稽郡的重要军事地位，是靖兵勤王的外援屏藩。
苏峻、祖约之乱是王敦之乱的延续。两人并为流民帅，东晋朝廷对率众南来的流民帅一直深怀疑忌，往往都使之滞留于淮河南北，不让过江。为平王敦之乱，才从郗鉴等议，召临淮太守苏峻、豫州刺史祖约入卫京师。内乱平息，苏峻以军功加官晋爵，为历阳太守，屯兵建康上游。祖约所统之众，亦自中原南渡淮河，屯驻寿春。王敦之乱虽平，流民帅却分居要害，威胁建康。早在太宁三年（325）末，朝廷就有征苏之意，司徒王导以王舒为抚军将军、会稽内史，形为外援。咸和二年（327），苏峻联合祖约以诛庾亮为名，起兵谋逆，随即攻陷姑孰、宣城，所向披靡。不久又攻占京师，劫掠宫室，涂炭建康，并自任骠骑将军、录尚书事，挟天子以自重。会稽内史王舒等受太后之诏，聚合义兵，西渡浙江，与敌军交战多次，“是时临海、新安诸山县并反应贼，舒分兵悉讨平之”[37]，其子王允之更是功勋卓著，歼敌无数。王舒以平苏峻功封彭泽县侯，卒赠车骑大将军、仪同三司。(www.xing528.com)
以上两次战乱都使会稽内史的地位得到了大幅提升，不仅个人晋爵封侯，同时也使这一职位变得更加重要。
孙恩、卢循之乱，也充分体现了会稽内史的重要性。隆安三年（399），司马元显纵暴吴会，孙恩揭竿起义，因袭会稽，杀害内史王凝之，旬日之中即拥众数十万，朝廷震惊。于是遣淝水战役中的北府名将谢琰为会稽内史、都督五郡军事，并对他寄予厚望，“琰以资望镇越土，议者谓无复东顾之忧”。然而谢琰“无绥抚之能，不为武备”[38]，轻敌冒进，最终被孙恩所害。会稽内史继任者是北府名将刘牢之，孙恩之乱全仗牢之及其手下参军刘裕得以平定。刘裕也因平定孙恩之乱而逐渐掌握兵权，最终代晋自立。
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