1980年代，自然保护的方法初步形成，工作的重点转移到了生态系统保护和保护区系统的合理化工作上，并在实践中提出了保护“生物多样性”的概念，即从保护单一物种的栖息地到在特有种、稀有种、濒危种、受危种以及生态系统关键种分布的地区和生物多样性的热点地区建立自然保护区。
1982年5月，为了纪念联合国人类环境会议十周年，联合国在内罗毕召开了人类环境特别会议，通过了《内罗毕宣言》。《宣言》指出了进行环境管理和评价的必要性，认为环境、发展、人口和资源之间的紧密而复杂的相互关系，只有强调这种相互关系，并采取一种综合的方法，才能使环境无害化和社会经济持续发展。
第三届世界国家公园和保护地大会于1982年10月在印度尼西亚的巴厘岛召开，重点关注保护地在维护社会的可持续性方面所起的作用，并要求建立一个统一的保护地类别体系以便更科学地管理，满足保护地的保护和发展的需要，并维持二者的平衡。(www.xing528.com)
同时，这种耗资巨大的保护也引起了质疑，有一种观点认为有些物种可以允许绝灭，又称“优先筛选”，因为这也是一个自然的过程。贯穿于1980年代的许多管理行动的潜台词都包含有这样一种概念——所有濒危物种的幸存都要付出一定的代价，这种代价是这些物种本身或者那些承受着压力的保护运动的倡导者不得不付出的[58]。
这一时期，自然保护联盟和世界自然基金会（World Wildlife Fund，WWF）发布了一个重要文件《全球自然保护策略》，它的目标是寻求在一个理性的全球发展计划中整合自然保护和对自然资源的利用，要求把保护工作纳入到全球发展议程的核心部分，同时也将保护工作的方向盘交给了全球发展议程，一时间“为了发展而保护”的理论开始占据优势，自然保护联盟甚至在1981年到1987年期间运作过一个以“为了发展而保护”为名称的中心，“保护”开始成为“发展”的从属工作。[59]
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